Все крестьянские и инородческие бунты, происходившие в Оренбургском крае на протяжении XIX в. по преимуществу имели местный характер. Правительство, учитывая национальную и сословную рознь населения Оренбургского края, легко подавляло возникающие беспорядки, посылая против крестьян башкир и казаков, а против башкир и казаков регулярные войска. Так например, в 1807 г. башкиры усмиряли уральских казаков, а в 1837 г. уральские казаки усмиряли башкир и т д.
Раздел Оренбургской губ. в 1850 и в 1865 и упразднение Оренбургского края в 1881 г.
В 1850 г. из состава Оренбургской губ. были выделены г. Самара и уезды: Бугульминский, Бугурусланский и Бузулукский, которые вошли в состав вновь образованной Самарской губернии. Оренбургский военный губернатор был переименован в Оренбургского и Самарского генерал-губернатора, в ведении которого по прежнему сосредотачивалось все управление Оренбургского края, а резиденция оставалась в г. Оренбурге.
В 1865 г. последовал новый раздел Оренбургской губернии, из состава которой была выделена вновь образованная Уфимская губерния. К Оренбургской губернии отошли пять уездов: Оренбургский, Орский, Верхнеуральский, Троицкий и Челябинский, все остальные уезды вошли в состав Уфимской губ.
Башкиро-Мещерякское войско и военно-кантонная система управления были упразднены; башкирский народ получил волостное устройство и был подчинен ведению гражданского управления губернии.
Одновременно с этим было преобразовано управление Казакской ордой в «Область киргиз Оренбургского ведомства», которая была выделена из состава Оренбургской губ. и получила самостоятельное управление на правах губернии.
С отменой крепостного права для Оренбургского края открылся новый период колонизации. Бывшие крепостные крестьяне центральной России, получившие ничтожные земельные наделы и обремененные тяжелыми выкупными платежами, устремились в Оренбургский край, где еще много было свободных земель.
В 70-х годах, с постройкой жел. дороги Самара—Оренбург, переселенческий поток быстро увеличился. На этот раз правительство само было заинтересовано в том, чтоб увеличить земледельческое население края и пришло на помощь переселенцам, установив льготный тариф для проезда по жел. дороге.
По проекту генерал-губернатора Крыжановского правительство приступило к раздаче «пустопорожних» башкирских земель русскому населению, но земли стали раздавать не крестьянам-переселенцам, а чиновникам и офицерам, которые должны были привлечь крестьян в качестве арендаторов своих земель.
«Свободные» казенные и башкирские земли были разбиты на участки в 150—500 и 1000 десятин, которые стали продавать чиновникам и офицерам по льготным ценам или давать даром, в виде пенсии за службу.
Осуществляя эту меру правительство полагало создать в лице новых владельцев земли помещичий класс, который завел бы в крае усовершенствованный способ обработки земли. Но правительство не достигло своей цели. Под флагом раздачи «свободных» земель на самом деле произошло расхищение башкирских и казачьих земель. Участки земли стали получать все без изъятия должностные лица края, начиная от генерал-губернатора, получившего 6 тыс. десятин, и кончая повивальной бабкой. К расхищению земли примкнули петербургские чиновники, смотревшие сквозь пальцев на вопиющую земельную вакханалию, которая разыгралась при попустительстве генерала Крыжановского.
Чтоб судить о колоссальной наживе хищников земель, достаточно сказать, что банки под залог «купленных» у казны участков земли, выдавали ссуду в 10 раз превышающие те суммы, за которые были куплены участки в рассрочку на 37 лет.
В период 1876 по 1880 г. таким образом были расхищены казенные земли Оренбургской губ. до 80 тыс. десятин и до 400 тыс. дес. казачьих земель.
Одновременно с расхищением казенных земель началась бешеная скупка земель у башкир вотчиников. Помещики и капиталисты скупали тысячи и десятки тысяч десятин по 9—16 коп. за десятину и фунт чая.
Наконец расхищение земель в Оренбургском крае обратило на себя внимание правительства. В марте 1881 г. в Оренбургский край был командирован сенатор Ковалевский, который произвел ревизию и прекратил земельную панаму. Льготная продажа земель была прекращена, но все расхищенные земли остались закрепленными за их новыми владельцами.