После завоевания Казани колонизация Оренбургского края развивалась по двум направлениям: со стороны северо-востока из Пермской губ. и с юга, с низовьев р. Урала.
С северо-восточного направления колонизация края шла главным образом окско-волжскими инородцами — татарами, мещеряками, тептярями, были вытеснены из своих мест русскими колонистами. Эти народы поселившиеся в Башкирии, стали известны под общим названием ново-башкир. Немало среди этих новых посельщиков в крае было и выходцев из Азии — бухарцев, хивинцев, кара-калпаков, персов, туркмен. Поселившись среди башкир, ново-башкиры арендовали у коренного населения их землю и платили им оброк. Русское правительство, утвердившее за башкирами их земельные привилегии, вначале было склонно рассматривать это пришлое население чуть-ли не крепостными крестьянами вотчинников башкир.
Из Казанской и Симбирской губ., по мере их заселения, сюда двигались русские поселенцы, основавшие город Осу.
После завоевания Казанского царства правительство создало и укрепило новую пограничную Камскую линию, куда были переселены смоленские шляхтичи и пленные поляки, из которых здесь были сформированы драгунские и ландмилицкие полки для охраны этой линии. Еще позднее в Башкирию стали переселяться государственные крестьяне, которым правительство отводило в надел свободные земли, известные под названием «диких полей».
С постройкой военных крепостей в крае образовалось русское служилое население — воеводы, чиновники, солдаты, которые за свою службу стали получать в надел башкирские земли. По мере укрепления русского владычества в крае, в него устремился и русский торговый капитал. Русские помещики начали приобретать покупкой башкирские земли и переселять на них своих крепостных крестьян из внутренних губерний. Тобольские митрополиты и архиереи основали Митрополичью и Воскресенскую слободы в Челябинском уезде на башкирских землях; за помещиками и церквами мало-помалу были закреплены вотчинные башкирские земли, что вызвало огромное недовольство в народе.
После Стрелецкого бунта в 1698 г. в Уфу были переселены московские стрельцы с их семьями, где также получили в надел башкирские земли.
Весь этот военный и пришлый люд оседал на местах, захватывал лучшие башкирские земли, не особенно церемонясь с хозяином этих земель — башкирским народом, чем вызвал среди башкир вражду против русских переселенцев. Что касается колонизаторской волны, которая надвигалась в крае с нижнего течения р. Урала, то она имела менее мирный характер. Движение в низовье р. Яика «безвестных» русских людей началось с конца XV в. В царствование Ивана IV здесь были хорошо известны «воровские люди», которые пришли сюда с Волги и Дона. В 1577 г. из Московского государства на Волгу был послан с войском стольник Мурашкин, который очистил эту реку от шаек казаков, грабивших купеческие караваны, идущие по р. Волге. Часть этих казаков спустилась вниз по р. Волге и берегом Каспийского моря добралась до устья р. Яика и стала подниматься вверх по этой реке.
Край изобиловал богатствами природы и был необитаем. Казаки основали здесь свой городок, откуда и продолжали делать свои набеги на Волгу и Каспийское море, грабя персидских и русских купцов. По мере притока к ним новых «воровских шаек», казаки усилились и стали распространяться вверх по р. Яику. Здесь они столкнулись с ногайскими татарами, калмыками и башкирами и вступили с ними в борьбу. Они одолели ногайских татар и овладели их столицей Сарайчиком и таким образом закрепили за собой нижнее течение Яика. Продолжая продвижение вверх по реке, казаки достигли урочища Орешного и построили здесь «Казачий Яицкий городок», ныне город Уральск.
В виду того, что борьба с татарами, калмыками, башкирами и казак-киргизами, с которыми соприкасались яицкие казаки, становилась с каждым годом все труднее, они были вынуждены обратиться за помощью к Московскому царю и предложить зачислить их на государственную службу. Царь Алексей Михайлович с большой охотой принял на службу яицких казаков и пожаловал им р. Яик «в вечное владение», от вершины до устья.
Это еще более укрепило положение казаков на берегах р. Яика и оживило движение в край разной вольницы, за счет которой стало расти и крепнуть Яицкое казачье войско.
Башкирские восстания XVII в.
Русская колонизация Башкирии, как мы уже сказали, имела преимущественно земледельческий характер и несла в эту дикую страну соху и хлеб, но она сопровождалась грубыми и своекорыстными приемами политики местных русских властей в лице царских воевод. Преследуя свои корыстные цели, воеводы Московского царя отбирали у башкирского народа земли в свою собственность и собирали в свою пользу незаконные подати и грубо вмешивались во внутреннюю жизнь страны. Башкирский народ, сохранивший свою самобытность под властью татарских ханов, не мог примириться с насилиями и гнетом царских воевод.