Московское правительство в силу своей отдаленности от края и переживаемых смут в конце XVI и в начале XVII в. не могло упорядочить управление краем и обуздать дикое самоуправство воевод.
Наиболее культурный слой местного населения, главным образом муллы, выходцы из Казани, встали на стражу интересов башкир. К ним примыкали татарские князья, укрывшиеся из Казанского царства в Башкирию. Татарские муллы и князья вели среди башкирского народа пропаганду о необходимости борьбы с насильниками и организации башкирского национального государства. Леса и горы глухой Башкирии, ввиду полного отсутствия дорог, были недоступны для русских войск, в силу чего превратились в очаги национальной и религиозной пропаганды князей и мулл, которые разжигали в народе фанатическую ненависть к завоевателям.
Между тем уфимские воеводы, управлявшие Башкирией, в годы государственной смуты начала XVII столетия продолжали бесчинствовать, истощая терпение народа диким разгулом грабежей и самовольных захватов.
Недовольство башкирского народа росло с каждым годом, и правительство в конце концов решило прекратить ту вакханалию, которая разыгрывалась в крае на почве захвата башкирских земель.
В 1649 г. Правительство Соборным Уложением запретило переселение в Башкирский край из внутренней России и приобретение там земель. Однако мера эта запоздала; в Башкирии начались вооруженные восстания.
Еще в 1645 г. башкиры восстали и окружили гор. Мензелинск; однако восставшие были отражены русскими войсками, а зачинщики схвачены и казнены.
В 1662 г. восстание башкир вспыхнуло вновь. На этот раз во главе восставших стоял пламенный старшина Сеит, по имени которого и самое восстание получило название Сеитовского. Воспользовавшись настроением народа, угнетенного русскими властями и игом хищнического торгового капитала, — Сеит увлек башкирский народ идеей создания мусульманского государства в пределах Казанского царства и Сибири. К башкирам примкнули почти все инородцы края: казанские татары, черемисы, мордва, чуваши, мещеряки, калмыки и казак киргизы.
Соединившись с калмыками и казак-киргизами, башкиры подступили к г. Уфе и уничтожили в ее окрестностях все русские поселения, предавая села и жителей огню и мечу.
Восстание охватило огромный район. Повстанцы разгромили Казанский уезд и доходили до Верхотурья, Тюмени и Кунгура, повсюду уничтожая русские поселения.
Восстание старшины Сеита совпало по времени со знаменитым восстанием Степана Разина, почему правительство, занятое борьбою с последним, не могло выставить значительных сил для борьбы с башкирами.
Против старшины Сеита был послан воевода Зеленин с небольшим отрядом яицких и малороссийских казаков, но был отражен башкирами.
Воззвания уфимских воевод и разные посулы правительства башкирскому народу не имели никакого успеха. Только измена калмыцкого хана Аюки, который принял подданство Москвы, ослабила силы восставших.
Восстание было подавлено только в 1680 г и закончилось свирепыми казнями.
Часть повстанцев, спасаясь от преследования воеводы Зеленина, вторгнулась в Челябинский уезд — и произвела здесь большие опустошения Сибирских слобод.
Спустя всего три года, в 1683 г. снова вспыхнуло восстание башкир под Мензелинском, которое было усмирено яицкими казаками
После усмирения Сеитовского восстания Башкирия была настолько ослаблена, что Московское правительство нашло возможным совершенно покончить с автономным положением страны и включить ее в общую систему государственного волостного устройства. Башкирия была разделена на 4 административные единицы, получившие название дорог, — Казанскую, Осинскую, Сибирскую и Ногайскую; все эти дороги были разделены на волости, которые в свою очередь были приписаны к Казанскому, Осинскому, Кунгурскому и Мензелинскому уездам.
Вместе с тем были урезаны права провинциальных воевод, которым строго воспрещалось притеснять башкирское население и предписывалось «держать с ними привет и ласку и обнадеживать их государевой милостью».