В 1942 году М. А. Евсеенко снова возвращается в Москву в качестве заместителя, а в 1944 году становится первым заместителем наркома нефтяной промышленности. Все эти годы он непосредственно отвечал за бесперебойное обеспечение фронта нефтепродуктами, занимался перебазированием нефтяных предприятий в восточные районы страны, являлся одним из организаторов освоения месторождений «Второго Баку».
В 1946 году М. А. Евсеенко стал министром нефтяной промышленности восточных районов СССР, при объединении нефтяных министерств в 1948 году — первым заместителем министра. В это время он уделял много внимания развитию геолого-разведочных работ на нефть и газ, совершенствованию техники и технологий бурения глубоких скважин.
И вот в 1955 году Михаил Андрианович становится министром нефтяной промышленности СССР. Он полностью отдается любимому делу, вносит большой вклад в подготовку разведанных запасов нефти и газа, в решение проблем рациональной разработки месторождений и др. Но наступают новые времена. По инициативе Хрущева распускаются министерства и образуются совнархозы. С 1958 по 1963 год Михаил Андрианович являлся председателем Чечено-Ингушского совнархоза. Несмотря на то, что в круг его обязанностей в это время входит очень много различных вопросов, Евсеенко постоянно бывает на грозненских нефтепромыслах, внимательно отслеживая развитие нефтяного дела в этом районе.
Но в последующем Михаилу Андриановичу не удается вернуться к столь любимому нефтяному делу. В 1963 году, после упразднения совнархозов, его назначают заместителем начальника Главного управления геологии и охраны недр при Совете министров СССР, затем заместителем председателя Геологического комитета РСФСР. А в 1965 году Евсеенко становится первым заместителем министра геологии СССР. В этом качестве он проработал более десяти лет и по состоянию здоровья вышел на пенсию в 1976 году. Он ушел из жизни после тяжелой и продолжительной болезни 2 марта 1985 года.
К середине 1950-х годов назрела необходимость выделения газовой промышленности в самостоятельную отрасль народного хозяйства. По этому поводу весной 1955 года к правительству страны обратился министр нефтяной промышленности Н. К. Байбаков. В мае того же года вопрос о развитии газовой промышленности и задачах по газоснабжению городов в 1955–1960 годах был рассмотрен правительством. Н. К. Байбакову, занявшему к тому времени пост председателя Госплана СССР, было поручено возглавить комиссию, специально созданную для рассмотрения этого вопроса. В ее состав вошли М. 3. Сабуров, И. Ф. Тевосян, А. Г. Шереметьев, М. А. Евсеенко и А. Б. Зверев. Комиссия сделала вывод о необходимости выделения газового дела в самостоятельную отрасль народного хозяйства.
В качестве первого шага реализации этого предложения было решено вывести строительную отрасль из Министерства газовой промышленности. Весной 1955 года было создано Министерство строительства предприятий нефтяной промышленности СССР. Министром назначается А. К. Кортунов.
Министром нефтяной промышленности назначается Михаил Андрианович Евсеенко — нефтяник с большим стажем. В 1946 году он возглавил Министерство нефтяной промышленности восточных районов, а с 1948 года был первым заместителем объединенного Министерства нефтяной промышленности СССР, возглавляемого Н. К. Байбаковым.
В мае 1955 года Н. К. Байбаков назначается председателем Госплана СССР, а С. А. Оруджев становится заместителем министра нефтяной промышленности СССР. Расширяется круг решаемых вопросов, появляются новые задачи, требующие оперативного вмешательства. Сабит Атаевич с головой уходит в работу, часто бывает в командировках по стране, изредка выезжает за рубеж.
В том же году он во главе делегации министерства посещает Китайскую Народную Республику и знакомится с ее нефтяной промышленностью. Его поражают бедность и трудолюбие китайского народа, его оптимизм и любознательность. Во время визита решаются вопросы командирования советских специалистов на нефтяные месторождения Китая и подготовки китайских специалистов в техникумах и вузах СССР. Домой Сабит Атаевич возвращается, наполненный впечатлениями и творческими планами.
Но 1956 год принес потрясение советскому народу. Во второй половине февраля проходит XX съезд партии, на котором Н. С. Хрущев выступил с секретным докладом, разоблачающим культ личности И. В. Сталина. Съезд утверждает новый, шестой пятилетний план развития народного хозяйства страны на 1956–1960 годы. По этому плану приоритеты отдаются развитию тяжелой промышленности, энергетики и сельского хозяйства.
2 августа 1956 года в целях обеспечения всемерного развития газовой промышленности и широкого использования газа в народном хозяйстве, увеличения доли газа в топливно-энергетическом балансе страны и организации производства химической продукции из газа Совет министров СССР принял постановление об образовании Главного управления газовой промышленности при Совете министров СССР — Главгаза СССР. Начальником Главгаза СССР был назначен Алексей Тихонович Шмарев. На Главгаз СССР возлагались задачи по ведению поисково-разведочных работ на газ, по добыче и организации использования природных и попутных нефтяных газов, по переработке сланцев, углей и торфа для получения искусственных газов и химических продуктов, по руководству проектированием, строительством и эксплуатацией предприятий по добыче и производству газов и магистральных газопроводов для снабжения населенных пунктов и промышленных предприятий, по руководству научно-исследовательскими работами в области газовой промышленности, по разработке перспективных планов добычи, переработке горячих газов и использованию их в народном хозяйстве.
Оруджев был делегатом исторического XX съезда партии и слушал секретный доклад Хрущева, разоблачающий культ личности Сталина. Стало ясно, что после этого произойдут большие перемены в высших эшелонах власти. Кто-то из делегатов от Азербайджана высказал мысль, что в числе наказанных будет и бывший первый секретарь Азербайджана Багиров, который к тому времени уже больше года ждал суда в одном из следственных изоляторов Москвы.
Справедливость восторжествовала. В 1956 году Багиров, как сообщник Берии, предстал перед судом Военной коллегии, проходившим в Баку. На этом процессе еще раз вскрылась подлая, двуличная сущность недавнего партийного бонзы и практически безраздельного хозяина Азербайджана. «На суде бледный и обмякший Багиров, признавшийся в тяжких преступлениях, заявил, что заслуживает за свои злодеяния не просто расстрела, а четвертования, — пишет Н. К. Байбаков. — Вот, мол, сам осознал, чистосердечно оценил, чего заслуживает — пусть учтут и… тут же попросил о снисхождении к нему, «торжественно» обещая отдать остаток жизни служению Родине. И здесь, на краю смерти, он пытался выторговать смягчение приговора, хоть как, но лишь бы жить. Однако «вышки» ему избежать не удалось».
Военная коллегия Верховного суда СССР «за нарушение социалистической законности» приговорила Багирова к смертной казни. Вместе с Багировым по процессу проходили бывшие наркомы внутренних дел Азербайджана Т. М. Борщев, Дагестана — Р. А. Маркарян и Армении — X. И. Григорян, которые также были осуждены и расстреляны.
В конце января 1957 года широкому кругу руководителей страны для обсуждения была разослана записка Н. С. Хрущева об улучшении руководства промышленностью и строительством. Причиной ее появления стал нарастающий дефицит бюджета СССР. В частности, для покрытия валютных расходов страны всё больше золота приходилось продавать за рубеж.
Суть записки заключалась в предложении отменить ведомственное подчинение предприятий и отдать их в ведение регионов, образовав крупные территориальные советы народного хозяйства — совнархозы. Предполагалось, что в этом случае ресурсы будут распределяться рациональнее и все возникающие проблемы будут решаться быстрее. Министерства за ненадобностью ликвидировались.
В ходе обсуждений предложение Н. С. Хрущева поддержали: первый секретарь ЦК компартии Узбекистана Н. А. Мухитдинов, председатель Совета министров Украинской ССР Н. Т. Кальченко, первый секретарь Ленинградского обкома КПСС Ф. А. Козлов, первый секретарь Московского обкома И. В. Капитонов. Против высказались председатель Совета министров СССР А. Н. Косыгин, его первый заместитель М. Г. Первухин, а также В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов и первый секретарь ЦК компартии Украины П. Е. Шелест.