На галерах пушки размещали на носу, чтобы их огнем дополнять действие металлического тарана, предназначенного для переламывания весел вражеских галер. Кроме того, тараном можно было нанести удар в корпус судна неприятеля, чтобы сцепить корабли для абордажной атаки. Такие тараны не могли потопить судно, как подводные тараны боевых кораблей классического периода: в Средневековье такие приспособления были уже забыты. Пушки, как и тараны, предназначались для обездвижения вражеской галеры во время абордажа.
Боевые галеры постепенно изменялись. В середине XVI в., помимо установки артиллерийского вооружения, прибегли к усовершенствованиям, облегчившим работу на веслах. Традиционная система alla sensile, при которой весло управлялось одним гребцом (как правило, на галере на каждой скамье-банке располагалось по три гребца, и каждый из них работал своим веслом), уступила место гребле scalocco: на каждую банку приходилось одно весло, которым орудовало от трех до пяти человек. Это позволило увеличить число гребцов, причем теперь можно было разместить новичков между умелыми работниками без снижения эффективности гребли. Специалисты долго дискутировали о достоинствах каждой из систем — их рассуждения весьма напоминали прения между современными экспертами относительно слабостей и достоинств тех или иных видов вооружения. Однако оба метода требовали большого количества гребцов, что было основной проблемой, связанной с применением галер.
Галеры показали свою эффективность в 1538 г. под Превезой в сражении с венецианско-габсбургским флотом. Турки выволокли свои галеры на берег так, чтобы судовые орудия смотрели в сторону моря. Таким образом, они получили устойчивые орудийные платформы, а когда флот христиан отступил, отдохнувшие экипажи оттоманских галер смогли настичь и взять на абордаж некоторые из судов противника.
Основную роль в поражении оттоманского флота под Лепанто сыграли шесть венецианских галеасов. Это были трехмачтовые купеческие галеры с латинским (косым) парусным вооружением, переоборудованные в боевые суда. Галеасы были длиннее и имели большее водоизмещение, чем обычные галеры. Их орудийные платформы размещались и на носу, и в корме, а иногда и по бортам. Дополнительное преимущество обеспечивала большая высота борта: с судна можно было вести огонь по палубам противника. При ударе в борт неприятельской галеры или по ее веслам большая масса галеаса также давала преимущество. Битва при Лепанто была последним крупным сражением галер в мировой истории. С каждой стороны участвовало порядка 230 судов, на которых находилось около 100 тысяч человек. Данные о потерях сильно варьируются, наиболее вероятные сведения говорят о том, что турки потеряли 113 галер и еще 130 были захвачены противником, тогда как потери победителей составили всего 12 галер.
Лепанто (Нафпактос) — город в Греции на северном побережье Коринфского залива. Морское сражение произошло 7 октября 1571 г. в проливе Патраикос, у мыса Скрофа, между объединенными силами Священной лиги (Испания, Венецианская республика, Папа Римский, Мальтийский орден, Генуя, Сицилия, Неаполь, Савойя, Тоскана и Парма) и флотом Османской империи. Турецкий флот насчитывал около 210 галер и 66 галеотов.
В XVII в. основную роль в морских сражениях в Средиземноморье стали играть парусные суда. Парус уменьшил зависимость боевых судов от баз и дал им возможность нести больше орудий. Кроме того, парусные суда лучше, чем гребные, переносят непогоду.
Галеры оставались важным видом оружия в мелководных акваториях, где парусникам с большой осадкой приходилось остерегаться мелей — например, в Финском заливе. Здесь галеры широко использовались в ходе русско-шведского конфликта, в том числе в войне 1788–1790 гг. Помимо всего прочего, весельные суда обладают большей маневренностью по сравнению с парусниками. Именно поэтому за пределами Европы боевые корабли западных стран играли лишь ограниченную роль в прибрежных районах, а также в руслах и дельтах рек. Эта ситуация оставалась неизменной до появления в XIX в. плоскодонных пароходов, вооруженных стальными пушками. Так, в XVI в. африканские суда прибрежного плавания, движимые с помощью шестов и несущие отряды лучников и метателей дротиков, способны были отражать набеги португальцев на западном побережье Африки. Хотя им было нелегко нападать на крупные высокобортные португальские корабли, эти суда оказывались достаточно малоразмерными и быстрыми, чтобы не стать легкой мишенью для португальских пушек.