Разрабатывались и другие варианты «Мистелей». Например, «Мистель-2» представлял собой связку Ju-88G1 с Fw-190A6 или Fw-190F8. В 1944 году было переоборудовано 75 стоявших на ремонте бомбардировщиков Ju-88G1 в «Мистели-2». Первый образец взлетел в ноябре того же года, планировалось поставить 125 экземпляров.
«Мистель-3» представлял собой модернизацию «Мистеля-2», у которого под фюзеляжем нижнего самолета устанавливалась дополнительная стойка шасси, сбрасываемая после взлета. Усиление шасси было вызвано несколькими авариями «Мистелей-2» из-за поломок стоек при взлете с плохо подготовленных аэродромов.
В октябре 1944 года 4-я группа бомбардировочной эскадры KG 101 была передана в состав II/KG 200, на ее вооружении состояло 60 «Мистелей». В декабре предполагалось осуществить массированную атаку военно-морской базы англичан в Скапа-Флоу, однако из-за плохих погодных условий атака не состоялась. Тогда немецкое командование перенацелило «Мистели» на применение их в рамках операции «Eisenhammer» («Железный молот»), которую запланировали на март следующего года. Суть операции, техническую часть которой разработал профессор Штайнманн из RLM еще в 1943 году, заключалась в единовременном нанесении бомбовых ударов по электростанциям, расположенным в европейской части территории Советского Союза, с целью парализовать оборонную промышленность. Для этих ударов разрабатывались специальные авиационные мины «Sommerballon» («Летний баллон»), которые должны были сбрасываться в водохранилища электростанций. Оставаясь на плаву, мина течением воды должна была доставляться к гидроэлектрическим турбинам или системам забора воды для охлаждения тепловых турбин и выводить их из строя. Для выполнения операции «Железный молот» требовалось около 100 «Мистелей». Согласно сценарию планировавшейся операции «Мистели» должны были взлетать с аэродромов в Восточной Пруссии, однако в марте эти аэродромы были захвачены наступавшими советскими войсками. В связи с изменением обстановки II/KG 200 получила приказ перенацелить свои «Мистели» для ударов по мостам на реках Одере, Нейсе и Висле. С апреля к этим боевым действиям была подключена бомбардировочная эскадра KG 30, частично перевооружившаяся на «Мистели». Согласно советским данным, 16 апреля 1945 года, после начала берлинской стратегической наступательной операции, 16 самолетов-спарок «Мистель» пытались разрушить переправы через Одер, чтобы остановить наступление войск 1-го Белорусского фронта на столицу рейха, но потерпели неудачу.
Разрабатывался вариант «Мистеля-3», который предназначался для многоразового использования в качестве сверхдальнего истребителя. При этом нижний самолет пилотировался своим экипажем, в носовой части фюзеляжа располагался радар, а в задней части кабины устанавливался пулемет MG-131, для достижения максимальной дальности подвешивались два сбрасываемых топливных бака емкостью по 900 л.
«Мистель-4» представлял собой связку из Ju-88G7 и истребителя Та-152Н. До конца войны их построили около 250 экземпляров, до 50 экземпляров захватили союзные войска в районе Мерсербурга.
Схема различных вариантов системы «Мистель» (сверху вниз): А — «Мистель» S1 (комбинация Jи-88А4 и Bf-109F4); Б — «Мистель» S2 (комбинация Ju-88G1 и Fw-190A8); В — «Мистель» S3s (комбинация Ju-88G10 и Fw-190A8)