9 декабря 1990 года прошли выборы в Верховный Совет Юго-Осетинской Республики, бойкотированные жителями грузинских сел. 10 декабря 1990 года председателем Верховного Совета Республики Южная Осетия был избран Торез Кулумбегов. 11 декабря Верховный Совет Республики Грузия принял решение об упразднении осетинской автономии. В этот же день в Цхинвале в межэтническом столкновении погибли три человека, и 12 декабря Грузия ввела в Цхинвале и Джавском районе чрезвычайное положение.
В ночь с 5 на 6 января 1991 года в Цхинвал были введены подразделения милиции и национальной гвардии Грузии. Натолкнувшись на сопротивление осетинских отрядов самообороны и местной милиции, через три недели они были вынуждены оставить город.
7 января Президент СССР Михаил Горбачев издает указ «О некоторых законодательных актах, принятых в декабре 1990 года Грузинской ССР» с целью прекратить конфликт и зафиксировать советский статус-кво республик. Однако Горбачева здесь уже никто не слушал. Кроме того, имея печальный опыт попыток применения силы в Прибалтике, советское руководство предпочло воздержаться от силового вмешательства в разгорающийся конфликт. У первого и последнего Президента СССР, по всей вероятности, была надежда на мирное разрешение как этого, так и других этнических конфликтов, набиравших мощь на территории Советского Союза, через подписание нового Союзного договора.
К моменту начала первой в постсоветской истории войны между Грузией и Южной Осетией на территории Грузии проживало около ста тысяч этнических осетин. Судьба их оказалась незавидной. Осетин массово увольняли с работы. О том, что их ждет, недвусмысленно высказался глава Верховного Совета Грузинской ССР Звиад Гамсахурдиа:
«Осетины должны уйти. Это очевидно. Другого выхода нет».[3]
Грузинская сторона рассматривала сам факт существования Юго-Осетинской республики как провокацию Советского Союза (впоследствии – России) против суверенитета Грузии. Вот текст одной из листовок, распространявшихся на территории Грузии в этот период:
«Советским режимом в аннексированной им в 1921 году Грузии была создана Юго-Осетинская автономная область, чтобы в нужный момент инспирировать кровопролитие между братьями – грузинами и осетинами».[4]
1 февраля 1991 года Союз независимых энергетиков Грузии отключил энергоснабжение Южной Осетии. Следствием этого стали жертвы среди мирного населения. В доме престарелых замерзло несколько десятков стариков, в родильном доме умирали младенцы.
Зимой 1991 года начался массовый исход осетин из Южной Осетии в Северную. Беженцам приходилось пробираться по пояс в снегу через лес по объездной Зарской дороге длиной 25 километров до спасительного Рокского тоннеля. Остальные маршруты оставались блокированными грузинскими военными формированиями. Во Владикавказе открылся центр размещения беженцев.
Тогда же начался исход жителей грузинских сел из Южной Осетии. В 1991 году Южную Осетию покинуло около семи тысяч грузин. Их дома и грузинские школы были сожжены. Но и грузинские, и осетинские беженцы надеялись вернуться обратно.
Усугубило разруху восьмибалльное землетрясение, случившееся в Грузии и Южной Осетии 29 апреля. Погибли десятки людей. Многие остались без крова. В Джавском районе оказались разрушенными около 95 процентов всех зданий. Некоторые села были полностью похоронены под тоннами земли после оползней. Последствия землетрясения только усилили поток беженцев из Южной Осетии.
Южная Осетия и Абхазия, оставаясь в правовом поле СССР, приняли участие в референдуме 17 марта 1991 года, в котором Грузия участия не принимала, и высказались за сохранение Советского Союза.
К лету 1991 года действия грузинских вооруженных сил на территории Южной Осетии, как считают представители югоосетинской стороны, окончательно приобрели характер этнических чисток.
Грузинские полицейские силы контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвала и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам. Осетинские отряды, базировавшиеся в блокированном Цхинвале, испытывали острую нехватку оружия и боеприпасов и действовали мелкими диверсионными группами. Гуманитарная ситуация в бывшей автономной области и городе была катастрофической, в госпитале города в холодное время года температура воздуха не превышала 13–14 °C. Убитых приходилось хоронить в городских дворах.