Однако ситуация и в самой Грузии была нестабильной. 21 декабря 1991 года части грузинской Национальной гвардии под предводительством Тенгиза Китовани подняли мятеж, впоследствии поддержанный вооруженными формированиями «Мхедриони» Джабы Иоселиани. В Грузии началась гражданская война. В итоге 6 января 1992 года президент Грузии Звиад Гамсахурдиа и члены правительства были вынуждены покинуть страну. 29 декабря Джаба Иоселиани освободил из тбилисской тюрьмы лидера Южной Осетии Тореза Кулумбегова, похищенного ранее. Кулумбегов вновь возглавил Верховный Совет Южной Осетии. В самой Грузии в марте 1992 года к власти пришел сподвижник Горбачева, бывший министр иностранных дел СССР Эдуард Шеварднадзе.
Но относительное затишье длилось недолго. 19 января 1992 года прошел референдум о независимости Республики Южная Осетия. Свыше 98 процентов принявших участие в голосовании высказались за независимость Южной Осетии. В феврале 1992 года грузинская артиллерия и бронетехника, расположенные вокруг города Цхинвала, начали интенсивные обстрелы жилых кварталов и учебных заведений югоосетинской столицы. Обстрелы продолжались до 13 июля 1992 года.
20 мая 1992 года произошло одно из наиболее известных преступлений грузинских боевиков. Расстрел у села Зар колонны беженцев, направлявшихся в Северную Осетию. Были убиты 36 человек в возрасте от 11 до 76 лет, среди них – 19 женщин, детей и стариков. Более 30 человек получили тяжелые ранения.
С ноября 1989 по июль 1992 года, по разным оценкам, в результате агрессии Грузии против Южной Осетии погибло от 2 до 4 тысяч мирных жителей осетинской национальности; более 3,5 тысячи человек было ранено; около 300 человек пропало без вести; свыше 40 тысяч человек вынуждены были оставить свои дома и переселиться в Россию; свыше 100 осетинских сел сожжено; разграблено или уничтожено оборудование всех заводов и фабрик на территории Южной Осетии; взорваны мосты. На территории Северной Осетии было зарегистрировано более 20 тысяч беженцев из Южной Осетии и свыше ста тысяч беженцев-осетин из Грузии.[5]
Дагомысский мир
Боевые действия, сошедшие на уровень одиночных огневых контактов и рейдов, были прекращены после подписания Дагомысских соглашений. Дагомысские соглашения предусматривали прекращение огня и создание органа для урегулирования конфликта – Смешанной контрольной комиссии (СКК), в которую вошли грузинская и югоосетинская (в грузинских источниках называемая «цхинвальской») стороны, Россия и в качестве отдельной стороны – Северная Осетия.
13 июля 1992 года были прекращены артобстрелы Цхинвала. 14 июля 1992 года в зону конфликта были введены миротворческие силы в составе трех батальонов (российского, грузинского и осетинского).
2 февраля 1993 года произошло принятие концепции социально-экономической и культурной интеграции севера и юга Осетии. 6 марта 1993 года Верховный Совет СевероОсетинской ССР признал Республику Южная Осетия. В октябре 1993 года Верховный Совет Республики Южная Осетия принял отставку своего председателя Тореза Кулумбегова. Председателем Верховного Совета Республики Южная Осетия – руководителем страны – стал ректор Юго-Осетинского государственного педагогического института доктор исторических наук, профессор Людвиг Алексеевич Чибиров.
14 сентября 1993 года было заключено российско-грузинское соглашение о восстановлении экономики Южной Осетии.
В сентябре 1993 года Звиад Гамсахурдиа вернулся в страну и возглавил вооруженные отряды своих сторонников, действовавшие в Западной Грузии (Зугдиди). До конца октября звиадисты без боя заняли всю территорию Самегрело (Мингрелии), часть Имерети и Гурии. Для сохранения своей власти Шеварднадзе был вынужден обратиться за военной помощью к России в обмен на подписание договора о вхождении Грузии в Содружество Независимых Государств и согласие на участие России в миротворческих операциях в Южной Осетии.
2 ноября 1993 года очередная сессия Верховного Совета приняла Конституцию Республики Южная Осетия. Этот день является Днем Конституции Республики Южная Осетия.
27 мая 1994 года прошли выборы в Верховный Совет Республики Южная Осетия. Большинство голосов получила Коммунистическая партия Южной Осетии. Получив поддержку депутатов компартии, беспартийный Людвиг Чибиров был вновь избран председателем Верховного Совета. В августе 1994 года Чибиров подал в отставку, однако депутаты проголосовали за то, чтобы Чибиров остался на своем посту.
30 октября 1995 года в Цхинвале состоялась первая грузино-осетинская встреча с участием представителей России, Северной Осетии и ОБСЕ. Была достигнута договоренность аннулировать решение Верховного Совета Грузии о ликвидации автономии Южной Осетии и решения Верховного Совета Южной Осетии о выходе из состава Грузии. Начался переговорный процесс между Южной Осетией и Грузией.