Скоро Поль Джонс начал убеждаться в правоте слов о несправедливости. Началось с того, что решающую роль в победе под Очаковом приписали гребной флотилии Нассау-Зигена. Но это же ложь, протестовал наивный Поль Джонс, и пытался доказать, что основная заслуга в разгроме турецкого флота принадлежит его парусной эскадре. Как бы то ни было, он считал себя обойденным, возмущался несправедливостью, жестоко страдал от уязвленного самолюбия. Кончилось тем, что непокорный Поль Джонс, не привыкший подчиняться, отказался салютовать новому вице-адмиральскому флагу Нассау-Зигена, повышенному за победу в чине. Ему же, Полю Джонсу, пожаловали всего лишь орден Св. Анны. На мундире прибавился еще один знак отличия, но удивить этим бывалого моряка было трудно. Как сказал первый американский поэт Филипп Френо, воспевший победу Поля Джонса, «и шрамы на груди так и остались его единственным орденом».
Сохранился вполне беспристрастный рассказ о том, что Поль Джонс и здесь, в России, оставался тем же, кем он был у английских берегов. Рассказ этот был записан со слов старого запорожского казака Ивака, участника баталии с турками, которому иноземец контр-адмирал подарил на память кинжал с надписью: «От Поля Джонса запорожцу Иваку». Так вот, этот Ивак вспоминал, как накануне сражения Поль Джонс с переводчиком явился ночью к запорожцам, поужинал с ними, угостил водкой, слушал их грустные песни и будто бы даже прослезился. Потом он выбрал лодку, приказал обернуть тряпками весла, встал на руль и с тремя казаками отправился прямо к турецким кораблям. По дороге их окликнули со сторожевого баркаса, в ответ казак прокричал, что они везут соль туркам, и их пропустили. После чего Поль Джонс осмотрел все вражеские суда и на одном из них мелом по-английски написал «Сжечь. Поль Джонс». И на следующий день во время боя действительно сжег одним из первых именно это судно.
Надо сказать, что Полю Джонсу не по душе были разного рода иноземцы-авантюристы, служившие в русском флоте, с которыми он не умел ладить, но, как пишет С.-Э. Морисон, «ему понравились русские моряки, как офицеры, так и матросы». Невзлюбил он и заносчивого вице-адмирала Нассау-Зигена. Отношения их все больше принимали характер конфликта. Никак не мог поладить недовольный американец и с самим Г. А. Потемкиным. В «крайне возбужденном состоянии» он написал светлейшему князю письмо, жалуясь и выговаривая за обиды и несправедливость. Тот счел за лучшее избавиться от беспокойного американца. Под благовидным предлогом Поля Джонса отправили в Петербург. Здесь его снова приняла императрица, благодарила за «пыл и усердие», проявленные на службе, но назначения никакого он не получил. Правда, пока его еще принимали при дворе несмотря на интриги и наветы англичан, проживавших в русской столице. О нем они распространяли самые несообразные слухи, будто он был контрабандистом, убийцей собственного племянника и т. д. Впоследствии в своих мемуарах, изданных посмертно в двух томах в Париже в 1798 году, Поль Джонс писал, что в этих интригах заключена была главная причина постигшей его в России неудачи.
Особенно пострадал престиж Поля Джонса из-за следственного дела, начатого против него весной 1789 года. Его обвинили в насилии над несовершеннолетней «девицей Катериной». Что же произошло на самом деле?
Вот как объяснял всю историю сам Поль Джонс французскому посланнику графу Сегюру, единственному, кто навестил его в эту трудную минуту, застав моряка сидящим перед заряженным пистолетом. «Однажды утром, — рассказал Поль Джонс, — пришла ко мне молодая девушка и просила дать ей работы, шить белье или зачинить кружева, при этом она очень неприлично заигрывала со мной; мне стало жаль ее, и я советовал ей не вступать на такое низкое поприще, вместе с тем я дал ей денег и просил уйти. Но она оставалась, и тогда я, выйдя из терпения, повел ее за руку к дверям. В ту минуту, как дверь отворилась, юная негодница разорвала себе рукавчики и косынку, надетую на шею, подняла крик, что я ее обесчестил, и бросилась на шею своей матери, которая ждала ее в передней. Они обе удалились и подали на меня жалобу». Поль Джонс, видимо не без оснований, полагал, что испортить таким образом его репутацию пытались местные англичане, что это было делом их рук.