В 1950-е годы Хомейни стал учеником аятоллы Боруджерди, самого влиятельного духовного лица в Иране. Поскольку Боруджерди был очень консервативен и поддерживал шахский режим, Хомейни был политически неактивен. Однако после 1960 г. он вновь начал критиковать режим, на этот раз в качестве преподавателя этики в Куме. После смерти Боруджерди в 1961 г. Хомейни стал самостоятельным марджа'е-таклидом и вскоре начал публично выступать против режима. В январе 1963 г. шах предложил провести общенациональный референдум по принципам реформ, который впоследствии стал известен как "белая революция". Через два месяца аятолла Хомейни публично обвинил шаха в нападках на ислам. Критика Хомейни положила начало активному сопротивлению духовенства шаху и позволила ему возглавить это движение.
3 июня 1963 г. Хомейни выступил в Куме с речью, в которой высмеял шаха как бесхребетную марионетку непонятных ему сил:
Позвольте дать Вам совет, господин Шах! Уважаемый господин шах... Может быть, эти люди [советники и правящее правительство] хотят представить Вас евреем, чтобы я осудил Вас как неверующего, и они могли бы изгнать Вас из Ирана и покончить с Вами! Разве Вы не знаете, что если в один прекрасный день произойдут беспорядки и все перевернется, то никто из этих людей, окружающих Вас, не будет Вашим другом. Они - друзья долларов, у них нет ни религии, ни верности.
Хомейни также призвал "командиров великой иранской армии, ее уважаемых офицеров и благородных членов" присоединиться к "спасению ислама и Ирана". На следующий день он был арестован. После этого по всему Ирану начались демонстрации и беспорядки. После вмешательства других Великих аятолл Хомейни был освобожден и помещен под домашний арест. Когда в следующем году Хомейни вновь выступил против режима, он был сослан в Турцию. Оттуда он переехал в Наджаф (Ирак), один из самых святых городов шиитского ислама. Там он оставался до 1978 г., когда уехал в Париж.
Находясь в Ираке, Хомейни продолжал политическую оппозицию шаху, выступая с публичными заявлениями, в которых он связывал этот режим, западный империализм и сионизм. Его заявления широко распространялись внутри Ирана в виде магнитофонных кассет. В этот период из записей лекций, сделанных его студентами, была составлена книга "Исламское правительство". В этой книге Хомейни утверждал, что монархия и "династическая преемственность" чужды исламу, и тем самым делал вывод о нелегитимности шахского режима. Вместо монархии Хомейни заявил, что исламское право, изложенное в Коране и традиции, возникшей из практики Пророка, содержит "все законы и принципы, необходимые человеку для его счастья и совершенства". До возвращения Сокровенного Имама единственными людьми, которые могут толковать исламский закон, являются мусульманские юристы, и, следовательно, именно они должны управлять людьми. Хомейни призвал уламу очистить ислам, разоблачив развращающее влияние западной мысли и западного образа жизни. Те представители духовенства, которые поддерживали режим, подлежали остракизму и осуждению.