Если бы фундаменталистскому духовенству удалось навязать свое видение того, какой должна быть "исламская республика", этот референдум мог бы стать окончательным. Но этого не произошло по нескольким причинам. Во-первых, фундаменталистский проект государственного устройства предусматривал главенствующую роль клерикального "лидера" верующих, а против этого принципа выступали практически все великие аятоллы, кроме Хомейни. Кроме того, клерикальные институты в шиитской традиции представляли собой довольно слабую модель для управления сложным индустриальным обществом. Отсутствие хорошей модели было, пожалуй, наиболее проблематичным, когда необходимо было провести различие между рутинной, технической политикой, которую могли бы проводить специализированные бюрократические структуры, и теми вопросами, которые духовенство должно было решать, поскольку они затрагивали и, следовательно, могли нарушать исламский закон. Поскольку граница между ними не всегда была очевидна, определение и контроль разграничения между ними требовали институтов более сложных и предсказуемых, чем харизматическая организация богословской семинарии.
Наконец, и это, пожалуй, самое главное, сам Хомейни не имел четкого представления о том, какое государство он хотел бы создать. Пока он оставался далеко и надолго доминирующим политическим влиянием в Иране, он, по-видимому, был склонен "разгребать проблемы", разрабатывая концепцию того, какой должна быть Исламская Республика. Во многих отношениях это затирание было реактивным, поскольку он просто создавал временные политические механизмы, чтобы отвергнуть институты и политику, предложенные его политическими оппонентами. Однако в какой-то момент это произошло.
Постепенный и несколько бессистемный процесс должен быть рационализирован, чтобы создать основу для стабильного политического порядка.
В начале июня Хомейни отметил шестнадцатую годовщину восстания против шаха в 1963 г., выступив с речью, в которой предостерег интеллигенцию от противодействия клерикальному правлению:
Те, кто не участвовал в этом движении, не имеют права выдвигать какие-либо претензии... Кто они такие, что хотят отвлечь наше исламское движение от ислама? ... Именно мечети создали эту революцию, именно мечети вызвали к жизни это движение... Так сохраняйте же свои мечети, о люди. Интеллектуалы, не будьте интеллектуалами западного образца, импортированными интеллектуалами; внесите свою лепту в сохранение мечетей.
К середине июля Временное революционное правительство разработало проект новой конституции, которая по своим основным положениям не отличалась оригинальностью. Несмотря на ликвидацию монархии, она была удивительно похожа на прежнюю конституцию 1906 г., которую оба шаха за время своего правления практически превратили в мертвую букву. Проект предусматривал сильную президентскую власть, парламент и Совет стражей, который должен был следить за тем, чтобы все законы соответствовали исламскому праву. Только пять из двенадцати членов этого совета должны были быть представителями духовенства. Остальные семь, т.е. большинство, должны были быть мирянами. При всем желании это был бы удивительно мягкий вариант того, что можно было бы считать возможным под рубрикой "исламская республика". Тем не менее, многие из тех же групп, которые критиковали референдум, теперь выступили против проекта. Другие, такие как аятолла Шариатмадари, Национальный фронт и Движение за свободу, поддержали его. Со своей стороны, Хомейни потребовал лишь изменить проект таким образом, чтобы женщины не имели права занимать должности судей и президента. В остальном он одобрил проект и рекомендовал вынести его на всенародное голосование без изменений.
Саид назвал проект "недостаточно исламским и светским" и, таким образом, "не оправдавшим ожиданий как светских, так и религиозных фракций". Поскольку предложенная конституция вызвала протест с обеих сторон, Хомейни выработал компромиссное решение, согласно которому для пересмотра основных положений будет избрана Ассамблея экспертов. Это отвечало требованиям светских партий, поскольку они рассчитывали, что им удастся либерализовать ограничения, содержащиеся в документе в отношении прав человека, гарантий социального обеспечения и демократического участия. Исламские радикалы, напротив, хотели сдвинуть рамки в гораздо более теократическом направлении. Поскольку выборы в Ассамблею экспертов были назначены на 3 августа, а светские партии уже были в ней, Хомейни мобилизовал духовенство, настаивая на том, что пересмотр проекта конституции является и их прерогативой, и их обязанностью.