В период президентских выборов республиканская партия подчеркивала, что является сторонницей конституции 1787 г. и идеи прочного союза штатов в не меньшей степени, чем федералисты. В ряде штатов джефферсоновцы даже предпочитали называть себя «республиканскими федералистами», всячески отводили обвинения и связях с антифедералистским движением 1787–1789 гг. и возмущались попытками соперничающей партии утвердиться в качестве единственной хранительницы федеральной конституционной системы. Джефферсон уже в инаугурационной речи счел необходимым подчеркнуть единую позицию двух партий в отношении основ государственного союза и протянул поверженным соперникам «оливковую ветвь»: «Все мы республиканцы, все мы федералисты».
В годы президентства Джефферсона, а затем и его «наследника» по «виргинской династии» (четыре из пяти первых президентов североамериканской республики были выходцами из плантаторских верхов Виргинии) Дж. Мэдисона преемственность в политике двух партий распространялась на все новые сферы государственной деятельности. В некоторых случаях джефферсоновцам приходилось идти на уступки федералистским доктринам под давлением объективных, независящих от их мировоззрения требований развития американского капитализма. Так, уже в начале президентства Джефферсон должен был отречься от одной из основополагающих официальных доктрин республиканской партии — развития нации по «чистому» аграрному пути. В первом ежегодном послании конгрессу США он объявил «сельское хозяйство, мануфактуры, торговлю, мореплавание четырьмя столпами нашего процветания». Постепенно он вынужден был поступиться и принципом государственного невмешательства в частнокапиталистическое развитие, который также всегда занимал ведущее место в идейном арсенале республиканцев. С 1805-1806 гг. Джефферсон стал доказывать, что средства государственной казны должны активно использоваться для развития судоходства, каналов, дорожного строительства и даже для поощрения мануфактур. Он предал забвению и фритредерскую идею, признав, что государство обязано защищать национальную промышленность от иностранной конкуренции при помощи протекционистской политики. Джефферсон никогда не отказывался от планов преобразований, но с течением времени они стали все более половинчатыми и противоречивыми.
Склонность Джефферсона к компромиссам подтачивала цельность и единство республиканской партии, что выразилось в появлении в ней широкого спектра политических мнений, грозившего расколом республиканцев. Наиболее многочисленную группировку составляли так называемые старые республиканцы, твердо настаивавшие на осуществлении принципов, которым партия присягнула в 90-е годы. Под именем «старых республиканцев» выступали, однако, разнородные элементы. На правом фланге республиканцев-ортодоксов стояли консервативные политические деятели Дж. Тейлор, Дж. Рандольф, Э. Пендлтон, решительно требовавшие от правительства ни на шаг не отступать перед торгово-промышленными кругами (развитие торговли и мануфактур вело, согласно их риторике, к фатальной угрозе моральной и социальной деградации нации) и добиваться превращения США в чисто аграрную страну. Их доктрина носила откровенно реакционный характер, так как закрепляла господствующую роль в государстве за южными плантаторами. «Старые республиканцы» из плантаторских штатов восприняли как кощунство попытку Джефферсона включить в свою политическую стратегию идею межпартийного консенсуса и очень скоро оказались в оппозиции к администрации.
Иную группу «старых республиканцев» представляли политики, для которых приход к власти Джефферсона означал начало решительной борьбы за демократизацию всех сторон общественной жизни. Их опорным пунктом стала Филадельфия, а самой колоритной фигурой среди «радикальных республиканцев» был, безусловно, Дж. Логан, острый памфлетист, сохранивший до конца жизни верность эгалитарному социальному идеалу. Дж. Логан, подобно ряду других пенсильванских республиканцев, отверг попытки Джефферсона осуществлять нововведения при сохранении известной преемственности с политикой федералистов.