Поскольку эфирное тело является своеобразным камертоном нейроэндокринной системы, и каждый канал стхула-праны сохраняет информацию о нормальном (стандартном) физиологическом уровне соответствующих гормонов, ферментов и биологически активных веществ, любые стойкие нарушения эфирного тела неизбежно приводят к рассогласованию работы центров нейроэндокринной системы, развивается так называемый «гиперадаптационный синдром». Согласно Аюрведе, нарушения в эфирном теле выводят из равновесия вату, питту и капху. Однако люди из-за недостаточной чувствительности не ощущают начала заболевания и редко обращаются к врачу на этом этапе. Современная же медицина может выявить болезнь на этой стадии лишь с помощью достаточно дорогостоящих биохимических и инструментальных исследований.
Аюрведические каноны достаточно подробно описывают ранние признаки третьей стадии болезни в зависимости от разбалансировки той или иной субдоши. Пульсовая диагностика также является методом очень точного выявления нейроэндокринных нарушений. Чтобы привести в равновесие вату, питту и капху, чаще всего достаточно правильно подобрать диету и соответствующие образ и ритм жизни. В некоторых случаях необходимо добавить в рацион определенные биологически активные пищевые добавки и фитопрепараты. Аюрведой созданы специальные лекарства, относящиеся к категории расаяны (приводящие в равновесие нейроэндокринную систему и обладающие омолаживающим действием). Используются, естественно, и методы, применяемые на более ранних стадиях; особенно эффективна мармавидья.
Эндотоксическая стадия (ама-викрити) связана с образованием и накоплением амы (продуктов неполного метаболизма). Нарушение гормонального равновесия вызывает разбалансировку в работе пищеварительных и клеточных ферментов. Образующиеся при этом «шлаки» поступают в кровь или аккумулируются в тканях. Некоторые «шлаки» являются весьма опасными химическими соединениями. Например, пигментный жир липофусцин способен, накапливаясь в нервных клетках, вызвать нарушение функции многих жизненно важных центров головного мозга. Свободные радикалы (супероксид-радикал, перекись водорода и гидроксильный радикал), образующиеся в результате окислительно-восстановительных реакций, могут повреждать эндотелий сосудов, способствуя развитию атеросклероза, вызывать быстрое старение костно-хрящевой ткани суставов и позвоночника за счёт появления поперечных «сшивок» молекул белка коллагена, нарушать коллоидное равновесие желчи, приводя к образованию камней. А накопление уратов и оксалатов вызывает развитие мочекаменной болезни.
Биологические дефекты органов тела могут быть следствием прарабдха-кармы (негативных наклонностей прошлых жизней), генетических проблем или приобретенных «поломок» из-за разрушительного действия факторов внешней среды (острые и хронические стрессы, неправильное питание, инфекции, проживание в экологически неблагоприятных зонах). Кармический механизм считается наиболее значимым, поскольку, с одной стороны, даже со смертью тела болезнь переносится в новое воплощение, а с другой — воздействиями только на физическое тело проблему полностью решить невозможно. Следует знать, что те или иные пороки ослабляют камертонные центры (чакры третьего круга) соответствующих жизненно важных органов. Так, гордыня ослабляет печень, эгоцентризм — сердце, а страх и лицемерие — почки. Накопление амы в организме вызывает общую слабость, повышенную утомляемость, раздражительность, чувство дискомфорта, сонливость, нарушения памяти, обильный налет на языке, дурной запах изо рта, потерю аппетита, повышенное газообразование, мигрирующие боли в животе, гнойничковые высыпания на коже и др.