Собственно философская система В. В. Зеньковского состоит из трех разделов: гносеологии, метафизики и учения о человеке (антропологии). В сфере гносеологии Зеньковский стоит на точке зрения, которую он называет «христоцентрическим пониманием знания». Вообще, выстраивая свои концепции, он идет по пути критики как противоположных, так и близких ему взглядов, разоблачая первые и уточняя вторые, затем дает собственное понимание проблемы, после чего добытое таким образом положительное решение проблемы еще раз обосновывает с помощью христианского вероучения. Так, в гносеологии, преодолев односторонности учения С. Н. Трубецкого о «соборной природе человеческого знания» и немецкого трансцендентального идеализма, Зеньковский приходит к понятию «церковного разума», согласно которому метафизическую опору познания нужно искать в понятии Церкви. В результате, пишет Зеньковский, «мы приходим к христоцентрическому пониманию знания, т. е. к признанию, что светоносная сила, созидающая разум и регулирующая познавательные процессы, исходит от Христа (согласно формуле в Евангелии от Иоанна, гл. 1 о Христе, или свете, "который просвещает всякого человека, грядущего в мир"). Это истолкование знания решительно отвергает принцип "автономии" разума, что требует пересмотра всех принципов современной науки»[276].
В метафизике Зеньковский, отказавшись от построений В. С. Соловьева, приходит к «отвержению» всяческих форм неоплатонизма. Его онтология — это прежде всего учение о тварности бытия, самобытный вариант софиологии (хотя в ряде пунктов Зеньковский следует за С. Н. Булгаковым, он все же подчеркивает, что у последнего все эти построения являются лишь номинально сходными с основами христианской метафизики); он разработал также собственный вариант космизма и учения о мировой Душе.
В учении о человеке Зеньковский дает обобщающую формулировку тех психологических и педагогических идей, которые он разрабатывал в течение всей своей жизни. Поэтому, хотя третий том «Основ христианской философии» помешала написать ему болезнь и последовавшая за ней смерть, мы имеем все основания говорить о философской системе Зеньковского как о завершенной. «Путь человека,— считает Зеньковский,— на земле стоит под знаком "креста" (у каждого человека, по учению Господа, "свой крест", что обеспечивает несравнимость и своеобразие каждой личности), т. е. внутреннего закона, по которому может быть восстановлена утраченная (хотя в основе и неразрушенная) цельность в человеке. Отсюда понятна центральность в человеке его моральной жизни; освобождение от власти "душевных" движений, одухотворение всего состава человека есть вместе с тем наша подготовка к торжеству вечной жизни в человеке. Все педагогические усилия, какие вообще осуществимы, должны быть направлены на то, чтобы юное существо могло "найти себя" и творчески преображать свой состав, какой оно в себе находит, как взаимодействие наследственности, социальных и духовных влияний»[277].
Богословские взгляды Зеньковского изложены им в книге «Апологетика» (Париж, 1957), цель которой заключается в том, чтобы «во всех тех точках, где намечается действительное или мнимое расхождение знания и культуры с Церковью, показать, что правда христианства остается незыблемой»[278].
Особое место в творческом наследии Зеньковского занимает «История русской философии» — фундаментальное двухтомное исследование, изданное в Париже в 1948—1950 гг. и в 1953 г. переведенное на английский и французский языки. По охвату материала и глубине интерпретации это исследование до сих пор остается непревзойденным. Общая концепция истории русской философии Зеньковского вытекает из общих основ его мировоззрения. Русская философская мысль, по Зеньковскому, вполне оригинальна и коренится в глубинах православного миросозерцания русского народа. Прогрессивное развитие русской философии шло в направлении все большего уяснения собственных православных оснований. Процесс этот периодически нарушался «вторжением» западной философской мысли. С содержательной точки зрения Зеньковский оценивает эти «вторжения» отрицательно, но высоко ценит их значение для «философской техники». Поэтому в целом он высоко оценивает, например, такое чуждое ему направление, как русское неокантианство. И вообще история русской философии характеризуется, с одной стороны, как все большее приближение к Истине, а с другой — как совершенствование собственного познавательного аппарата, уточнение понятий, категорий, развитие самой «техники» философствования и т. п. Поэтому история философии вообще (и русской, в частности) никогда не может быть завершена. Об истории философии можно сказать словами Гёте: «Цель бесконечная здесь — в достиженье».