В. И. Ленин высоко ценил В. Р. Менжинского, испытанного, высокообразованного революционера, всегда спокойного, выдержанного и крайне скромного человека. По предложению Ленина Вячеслав Рудольфович был назначен народным комиссаром финансов. На его плечи легла сложная задача — сломить саботаж царских чиновников и овладеть Государственным банком, который В. И. Ленин называл крепостью капиталистического строя. Менжинский выполнил доверие партии, Ленина. Финансы страны были изъяты из рук эксплуататоров и поставлены на службу революции, народа.
Центральный Комитет партии и Советское правительство направляли В. Р. Менжинского на самые ответственные посты. Вячеслав Рудольфович стал одним из первых советских дипломатов. После Брестского мира он был назначен Генеральным консулом РСФСР в Берлине.
В ноябре 1918 года, в связи с аннулированием Брестского договора, Вячеслав Рудольфович отзывается из Германии и избирается народным комиссаром рабоче-крестьянской инспекции на Украине. Вскоре его назначают одним из руководителей ВЧК. С тех пор до конца жизни он находился на постоянно действующем фронте борьбы с контрреволюцией.
Отличительными чертами Менжинского как чекиста были прозорливость и умение учитывать конкретную политическую обстановку.
В связи с победами на фронтах гражданской войны у отдельных работников особых отделов ВЧК стали проявляться настроения благодушия и беспечности. В условиях, когда началась подозрительная возня империалистов на наших западных границах, подобные настроения могли иметь гибельные последствия. В. Р. Менжинский обратил внимание особых отделов на необходимость усилить бдительность и розыскную деятельность по выявлению контрреволюционных и шпионских организаций, особенно связанных с белопольской разведкой.
Предостережения Менжинского оказались своевременными. 25 апреля 1920 года панская Польша двинула свои войска против Советской России. Вслед за ней начала наступление врангелевская армия, окопавшаяся в Крыму. В тылу и на фронтах Красной Армии пришли в движение законспирированная до поры до времени белопольская и белогвардейская агентура. 8 мая диверсанты подожгли военные склады в Хорошеве под Москвой. Взлетели на воздух и некоторые другие оборонные объекты.
Все это потребовало от чекистских органов быстрых и решительных ударов по врагу. В связи с отъездом Ф. Э. Дзержинского на польский фронт В. Р. Менжинский был назначен начальником Особого отдела ВЧК.
Менжинский работает дни и ночи, распутывая сложные нити шпионажа и диверсий, по отдельным фактам и показаниям добираясь до центров вражеских организаций.
Напряженная работа, недоедание, невероятное напряжение физических и моральных сил отразились на здоровье В. Р. Менжинского. Летом 1921 года он тяжело заболел, по вопреки запретам врачей продолжал работать. В. И. Ленин, узнав об этом, позвонил в ВЧК и просил Вячеслава Рудольфовича взять отпуск и строго выполнять советы врачей.
Владимир Ильич хорошо знал страстную революционную натуру Менжинского, которого от работы могли удержать не врачи и не телефонные звонки старших товарищей, а партийная дисциплина. Так появилась записка В. И. Ленина в Секретариат ЦК РКП(б):
Предлагаю ЦК постановить:
Обязать т. Менжинского взять отпуск и отдохнуть немедленно впредь до письменного удостоверения врачей о здоровье. До тех пор приезжать не больше 2—3 раз в неделю на 2—3 часа.
С образованием в 1923 году Объединенного государственного политического управления В. Р. Менжинский был назначен первым заместителем председателя ОГПУ.
В это время Ф. Э. Дзержинский, продолжая оставаться руководителем советской разведки, работал одновременно наркомом путей сообщения, а затем председателем ВСНХ.
Особенно ярко раскрылся чекистский талант Менжинского в 1923—1926 годах в борьбе с искусно замаскированными врагами Советского государства.
Под руководством Ф. Э. Дзержинского и В. Р. Менжинского органы ОГПУ вскрыли и разоблачили шпионско-диверсионные организации, действовавшие под крышей германских фирм «Кестер», «Сименс» и «Всеобщая электрическая компания», английского концессионера Уркварта и других. Была выявлена широкая сеть резидентуры разведок Англии и Финляндии. Перед военным трибуналом предстали 26 англо-финских агентов. Обезврежена группа немецких террористов (Вольшт, Киндерман, Дитмар), проникших в СССР под видом «делегации ученых». Ликвидированы крупные организации фальшивомонетчиков.