В отличие от прошлой навигации судоходство между восточным и западным берегами озера решили организовать по двум трассам: старой — между Осиновцем и Новой Ладогой, эксплуатировавшейся осенью 1941 года, и новой — через Шлиссельбургскую губу. Новая «малая трасса» была в четыре раза короче старой (около 30 км), но, чтобы ее использовать, надо было построить на восточном берегу Кобоно-Кареджский порт.
Зимой на обоих берегах Шлиссельбургской губы развернулось строительство новых причалов, пирсов — всего, что требуется для непрерывной приемки судов, быстрой их погрузки и разгрузки, сохранения грузов.
Перед началом навигации район строительства Осиновецкого порта посетил уполномоченный ГКО А.Н. Косыгин. Он поставил перед строителями сложную задачу: приспособить причалы для перевалки не только обычных, сравнительно легких грузов, на что рассчитывали при их строительстве, а и тяжелых грузов — станков, кранов, которые правительство решило эвакуировать из Ленинграда. Строителям отводился для этого жесткий срок — всего две недели. Но они справились и с этим заданием.
Во всех бухтах западного побережья были построены новые железнодорожные пути, а станцию Ладожское Озеро превратили в узловую.
На восточном берегу к открытию навигации был построен новый Кобоно-Кареджский порт с пятью пирсами общей длиной почти 3 тыс. метров и вновь уложенными железнодорожными путями, протянувшимися на 5700 метров.
Вся эта большая работа обеспечивала готовность портов принимать суда без задержек, производить погрузочно-разгрузочные работы, чтобы справиться с большим планом перевозок, утвержденным 9 апреля ГКО. По этому плану, в Ленинград предстояло завозить в сутки 4200 тонн грузов: 2500 тонн продовольствия, 300 тонн боеприпасов, 100 тонн военно-технического и санитарного имущества, 1000 тонн угля и жидкого топлива, 300 тонн горюче-смазочных материалов. Ежесуточный вывоз через озеро из Ленинграда определялся в 3000 человек и 1000 тонн грузов.
В целях успешного выполнения задания Военный совет фронта 27 июня изменил порядок руководства перевозками, подчинив управлению перевозок фронта все порты, пристани, причалы со всем их хозяйством и людьми. Северо-Западное речное пароходство отвечало за техническую эксплуатацию своих судов, командование Ладожской военной флотилии — за обеспечение перевозок по озеру.
Создание Кобоно-Кареджского порта, проведенные дноуглубительные работы открыли возможность эксплуатации второго военного фарватера — Кобона — Осиновец, вчетверо короче первого — из Новой Ладоги. По большой трассе рейсы совершали наиболее крупные озерные суда пароходства, транспорты, тральщики и канонерские лодки флотилии, а по малой — речные буксиры, тендеры, тральщики и баржи. Если в конце июня доставка грузов в Осиновецкий порт достигала в сутки лишь 3,2 тыс. тонн, то в дальнейшем ежесуточно перевозили по 6 и даже по 7 тыс. тонн.
В обратном направлении — из Ленинграда на Большую землю (помимо перевозки паровозов, вагонов, платформ, уникального оборудования — прокатных станов, мощных прессов, турбин, паровых котлов) — продолжалась эвакуация гражданского населения. Перевозки людей осуществляли преимущественно корабли флотилии. Лишь два транспорта — «Вилсанди» и «Чапаев» — перевезли около 166 тыс. человек. Всего в мае — ноябре 1942 года из Ленинграда было эвакуировано свыше 450 тыс. единиц промышленного оборудования, 137 паровозов и тендеров, 1622 вагонов.
Перевозка жидкого топлива по озеру наливными судами и цистернами была очень трудоемкой, а главное — не решала полностью проблему полного обеспечения войск и населения бензином, керосином, нефтью, мазутом. Поэтому еще в конце 1941 года у работников тыла фронта возникла идея прокладки трубопровода по дну Ладожского озера. Ее поддержали Военный совет фронта и Государственный Комитет Обороны.
2 апреля 1942 года в Кремле, у заместителя предсовнаркома СССР А.И. Микояна, состоялось совещание, на котором и рассматривался вопрос о строительстве бензопровода через Ладогу.
В короткий срок был разработан проект трубопровода длиной 29 километров (из них 21 километр под водой), сооружение на мысе Кареджи головной перекачечной станции с приемным фронтом слива на 10 цистерн и резервуарным парком, а на западном берегу, на станции Борисова Грива, — наливной станции, позволяющей одновременно загружать 10 железнодорожных цистерн.