К середине дня Бородинского сражения центр боевых действий переместился к Курганной высоте. Для её защиты Барклай собрал все свои силы.
Против «батареи Раевского» было сосредоточено около 300 орудий. К 3 часам дня Курганная высота, покрытая трупами павших солдат, была взята. На помощь русской пехоте Барклай перебросил кавалерийские корпуса Корфа и Крейца и сам повёл кавалеристов в атаку. В этой схватке под ним убиты пять лошадей. Погибли два и ранены пять адъютантов Барклая. Он дважды едва не попал в плен, будучи окружён польскими уланами. К концу боя его мундир был обрызган русской и французской кровью.
В конце сражения Барклай приехал в Горки и здесь получил приказ Кутузова восстановить русские боевые порядки. По всей линии разожгли множество костров – по ним солдаты могли ориентироваться. Неожиданно ночью Барклай получил приказ Кутузова об отступлении и пришёл в ярость, не понимая, как можно оставить позиции, откуда противник был отражён.
Значение Бородинского сражения в судьбе Барклая огромно – впервые после долгого молчания русские войска приветствовали его появление громовым «ура!», что означало фактическую реабилитацию его личности в армейской среде. Он стал единственным генералом, награждённым орденом святого Георгия 2-й степени за Бородинское сражение.
Приехав в Москву 1-го сентября, Барклай осмотрел позицию, выбранную Беннигсеном, и признал её непригодной для сражения, о чём доложил Кутузову. Во второй половине дня в деревне Фили состоялся военный совет. На нём было принято решение об оставлении столицы без боя.
Вместе с войском Москву покидало и население. Барклай принял активное участие в организации прохода русской армии через Москву – благодаря этому всё прошло в необыкновенном порядке.
Вместе с армией Барклай перешёл на старую Калужскую дорогу и нагнал Кутузова у деревни Панки. В эти же дни Барклай узнал: в очередной раз без его ведома в арьергард Милорадовича передано около 30 тысяч человек из 1-й армии. Всё это крайне обострило отношения Барклая и Кутузова и подвигнуло командующего 1-й армией написать прошение об отставке по состоянию здоровья. Прошение подано Кутузову 21-го сентября – после прихода русской армии в Тарутино. Уже на следующий день Барклай отбыл из армии.
Из всех полководцев Отечественной войны 1812-го года Барклай де Толли недооценён более других и заслуживает большей признательности потомков. Но не он сделался народным героем. Ему досталась клевета, а не лавры. Меж тем он ещё до начала войны лучше остальных понимал положение вещей и придумал план спасения страны, твёрдо следовал ему, пока был в силах, несмотря на клеветников и интриганов. И его преемник вынужден был следовать этим путём, поскольку альтернативы этой стратегии не было.
Гений же Кутузова в очередной раз заблистал и во время изгнания французов из России. Английские дипломаты изо всех сил убеждали Александра: в интересах России добить Наполеона, ибо континентальная блокада несёт России лишения. Кутузов же прекрасно понимал: разгром Наполеона в российских пределах уже обеспечивает прорыв континентальной блокады, ибо для английской торговли открываются Россия и Скандинавия. А вот проливать русскую кровь ради английской морской торговли в Западной Европе совершенно не требовалось. Поэтому Кутузов выступил против преследования наполеоновских войск за пределами России.
Александр прислушался не к отечественному гению, а к иностранным советникам (и российским дворянам, заинтересованным в сырьевом экспорте). Вопреки мнению Кутузова русское войско перешло границу. Самому Михаилу Илларионовичу оставалось жить всего несколько месяцев. Но за эти месяцы он сумел сберечь немало наших солдат, уходя от кровопролитных лобовых столкновений: неудобное отступление французов под давлением, умело организованном Кутузовым, приносило французам куда больше потерь. Для императора Александра он обосновал свою тактику надобностью сохранения престижа победоносной армии. Кстати именно на этом престиже он сумел добиться ухода Пруссии из союза с Францией: 10-го февраля 1813-го Фридрих Вильхельм III подписал союзный договор с Россией, чему изрядно способствовало обещание Кутузова послать под Берлин одну из русских армий якобы ради подкрепления обороноспособности Пруссии. Словом, до последних дней жизни Кутузов оставался блестящим полководцем и не менее блестящим дипломатом в одном лице. С нашей точки зрения такое сочетание дарований является необходимым условием формирования стратегического мышления.