В холодном храме соборной Преображенской церкви находился великолепный крестовидный иконостас с пилястрами, колоннами и обширными царскими воротами. Церковь освещалась через восемь окон, прорубленных в стенах, и через четыре окна, которые располагались в главном куполе. Над папертью возвышалась в один ярус деревянная колокольня, обшитая тесом и покрашенная белилами. На колокольне висело одиннадцать колоколов разной величины, самый большой из них — праздничный — весил более 50 пудов.
Церковь была обнесена деревянной оградой, снизу рубленой и обшитой тесом. Вверху между столбами ограды имелись решетки, покрашенные белилами. С южной стороны стояли «въезжие» ворота с двумя распашными полотнами и ворота для пешеходов. По сообщению священника Ивана Зуева, посетившего Пустозерск в 1899 году, в ограде церкви у крыльца находился «большой деревянный, более 1 1/2 печатных сажен, восьмиконечный крест, перенесенный сюда с места казни известного расколоучителя протопопа Аввакума».[164]
Посетивший эту церковь в 1843 году известный исследователь Печорского края Василий Николаевич Латкин писал, что церковь эта довольно обширна и хорошо украшена. Иконы покрыты богатыми, серебряными с позолотой, ризами. Имеется много икон и в серебряных ризах и окладах, а так же серебряных сосудов и других дорогих вещей. Из храма окрест виды очень красивы. Он находится на северном краю полуострова, а перед ним лежит Городецкое озеро, за ним песчаные мысы и бор, покрытый мелким сосновым лесом. Вдали видна деревня Устье.
А. А. Борисов. Церковь в Пустозерске
В 1897 году на пути к Карскому морю и на остров Вайгач Пустозерск посетил известный русский художник Александр Алексеевич Борисов и запечатлел на этюде единственную оставшуюся здесь Преображенскую церковь.
В 30-е годы нынешнего столетия колокольню Преображенской церкви разрушили и с самого храма скинули все пять глав. Церковь переоборудовали в начальную школу. Позднее в ней разместили дом-интернат для престарелых. В 50-е годы строение разобрали и перевезли в деревню Устье, где приспособили под склад, а позднее — под конюшню.
Деревянная шатровая одноглавая Никольская церковь, возведенная на деревянном фундаменте, построена в 1780 году взамен одноименной старой. Позднее эту церковь снаружи обшили тесом, а вокруг нее воздвигли деревянную решетчатую ограду. Над папертью церкви устроили деревянную в один ярус колокольню, но колоколов на ней не было. Вот как описывает эту церковь Василий Николаевич Латкин, посетивший ее в 1843 году: «…она много осела в нетвердом грунте; видно, что этот храм уже не для большого числа прихожан, оставшихся после переезда в Мезень воеводы с солдатами и канцелярией, и сообразно с ограниченными средствами жителей. В трапезе (трапезной. — Н. О.) огромная печь, кругом лавки, а в переднем углу большой стол; несколько мелких окон с южной стороны освещают ее; но ни одного окна нет на север».[165]
В 1855 году Никольская церковь была перестроена заново, но во время пожара, случившегося 26 октября 1885 года, сгорела. После этого она не восстанавливалась.
Деревянная шатровая двуглавая Георгиевская церковь построена в отдалении от остальных, на кладбище, в 1701 году. Над главами ее возвышались восьмиконечные кресты. При церкви была трапезная, наверху ее устроен придельный храм во имя Соловецких чудотворцев, преподобных Зосимы и Савватия.
В. Н. Латкин отмечал хорошую сохранность этой церкви. «Есть предание, что она построена из лиственничного леса, вырубленного в соседних борах. Этот небольшой храм полузанесен песками, а старики еще помнят, что здесь песку не было. Нынешней весной церковь была затоплена необыкновенным разливом воды; крыльцо, выходы и пол большею частью разломаны и поэтому вся утварь вынесена в новую церковь; три маленькие окна, прорубленные на разной высоте, освещают ее внутренность с полуденной стороны».[166] Позднее Георгиевская церковь была заново перестроена, а в 1847 году разобрана и перевезена в село Кую, где в то время создавали самостоятельный приход.
Согласно алтарной книге за 1802 год прихожанами Преображенской и Никольской церквей кроме жителей Пустозерской слободы были крестьяне из близлежащих деревень: Устье, Великовисочное, Лабожское, Пылемская, Оксино, Тельвиска, Екуша, Никитцы, Куя, Пойловская, Андег, Нарыга, Сопочная и Макарово.
К Пустозерскому приходу была также приписана часовня, находившаяся в становище Никольском на берегу Югорского Шара.
В то время в приходах трех пустозерских церквей числилось 266 дворов, в них проживало 1620 прихожан, в том числе 722 человека мужского пола и 898 — женского.