По-видимому, для уставшего воевать Фортунатова теперь наступило время «собирать камни». Он налаживает работу в Аскании-Нова, а в январе 1921 года добрался до Харькова, в Наркомзем Украины, благодаря чему была создана комиссия по выработке декрета Совнаркома УССР от 8 февраля 1921 г. об Аскании-Нова. На основании его доклада у Д. 3. Мануильского, Реввоенсовет отдал приказ, запрещающий военным частям останавливаться в заповеднике.
Фортунатова определили заведовать научной частью Аскании-Нова. В 1923–1924 годах он трудился в Московском зоопарке, в 1925–1928 годах — снова в Аскании-Нова, теперь уже в качестве заведующего зоопарком. Позднее, сделавшись членом-корреспондентом Украинского комитета охраны памятников природы, Фортунатов возглавлял также Крымский, Приморские и Кавказский заповедники. В 1929 году раскрылось еще одно дарование этого необычного человека: под псевдонимом Б. Туров в издательстве журнала «Всемирный следопыт» он публикует научно-фантастический роман «Остров гориллоидов», в котором была впервые разработана широко использовавшаяся впоследствии идея создании армии из «очеловеченных» обезьян.
Но вскоре Фортуна отвернулась от бывшего буденновца. В 1933-м по стране прокатилась волна арестов бывших эсеров. В показаниях на следствии в ГПУ Фортунатов поведал о своих научных заслугах: «Итогом этой работы прежде всего явился зоопарк Аскания-Нова, поднятый в 1928 году на такую высоту, какой он никогда в прошлом, а также и в будущем не занимал. Второй моей работой этого периода была борьба за охрану природы Украины, которая закончилась декретированием сети Приморских заповедников. Третьей и главнейшей работой была разработка теории генетического синтеза»[42].
Помимо этого Борис Константинович вел сложнейшие работы по скрещиванию, благодаря которым удалось восстановить практически исчезнувшего в годы Первой мировой и Гражданской войн зубра. Еще он занимался восстановлением в заповедной асканийской степи степного орла, стрепета, байбака.
Фортунатов много публиковался в специальной научной печати, принимал активное участие в организации и проведении различных природоохранительных съездов и конференций. В 1932 году он становится членом Комитета по заповедникам при Президиуме В ЦИК, и незадолго перед арестом руководил проектировкой нового Московского зоопарка в Останкино.
Среди предъявленных Фортунатову обвинений были пункты о согласии «на активное участие в к-p организации, ставившей своей целью свержение соввласти», а также «в составлении и осуществлении вредительских планов гибридизации животных…следствием чего явилась затрата впустую крупных государственных средств и гибель ценных экземпляров животных…», а также в пособничестве «созданию условий для широкого распространения заболеваний среди ценных стад животных в заповеднике»[43].
24 февраля 1934 года постановлением Судебной тройки при Коллегии ГПУ УССР Фортунатов был осужден к заключению в исправительно-трудовых лагерях сроком на 10 лет. Заключение он отбывал в Карлаге, был досрочно освобожден, а в 1957 году реабилитирован. В Карагандинском исправительно-трудовом лагере отбывали срок многие научные работники, попавшие в разряд «врагов народа». В лагере были созданы проектно-конструкторское бюро, сельскохозяйственная опытная станция (СХОС), накопившая исключительно ценный опыт работы в деле освоения пустынных степей Центрального Казахстана. Через Карлаг прошли многие профессора Тимирязевской академии, А. Л. Чижевский, А. Н. Туполев… Что касается Фортунатова, то по сведениям журналистов казахстанской ежедневной газеты «Экспресс К», жизнь его оборвалась в Долинской больнице, в печально-знаменитой «столице» Карлага.