Покидая Англию, Уоллес не был большим приверженцем христианской религии и по возвращении не изменился. В письме своему зятю-фотографу он вспоминал о своей юности, когда провел полтора года в семье священника и «почти каждый четверг слушал речи самого лучшего, самого серьезного и самого впечатляющего проповедника, с которым меня сводила судьба, но никакого воздействия на мое сознание это не оказало. С тех пор я много путешествовал и встречался с представителями разных народов и разных религий; я изучал людей и природу во всех аспектах и искал истину. В своем одиночестве я размышлял о таких загадочных вещах, как пространство, вечность, жизнь и смёрть. Я думаю, что многое узнал и многое проанализировал, взвесил доводы за и против, но остался при своем — я совершенно не верю в большую часть из того, что Вы считаете самыми непреложными святынями». По его словам, он «благодарен за то, что может видеть многое, достойное восхищения, во всех религиях».
Поэтому странно, что в своем описании Индонезии он практически не упоминал о распространенных там анимистических религиях, которые в определенном отношении напоминали его собственные взгляды. Большинство туземцев на островах, лежащих на окраинах архипелага, верили в духов и практиковали культ предков. Аборигены Серама, например, считались могущественными магами, способными входить в контакт с духами; на Амбоне полагали, что они могут летать по воздуху и разговаривать с умершими предками. Ко времени написания своей книги Уоллес также стал верить в возможность общения с душами умерших людей — он сделался ярым спиритом.
Спиритизм тогда был в моде. В шестидесятые и семидесятые годы XIX столетия имена нескольких спиритов и ясновидцев в Лондоне были у всех на слуху; они устраивали сеансы, о времени проведения которых публиковались объявления в газетах. Уоллес посещал сеансы с верчением столов, прохождением людей сквозь стены и парением в воздухе. Души умерших выстукивали свои сообщения. Уоллес сам проводил такие сеансы дома у Симса, с присущей ему наивностью рассылал приглашения коллегам-ученым и звал их поучаствовать — хотя бы для того, чтобы попробовать, что это такое. Но сама идея спиритизма была несовместима со строго научным и рационалистическим мировоззрением людей, к которым обращался Уоллес, — натуралистов практического склада. Над ним смеялись, а его репутация как ученого сильно пошатнулась.
Не уступая общественному мнению, он опубликовал статью «Научные аспекты сверхъестественного: обоснование желательности экспериментального исследования учеными предполагаемых способностей ясновидящих и медиумов». Возникло судебное разбирательство, на котором Уоллес выступал в качестве защитника обвиненного в шарлатанстве медиума, а Чарльз Дарвин анонимно оплатил часть расходов стороны обвинения.