Идейно-философска основа на културата, морала и етиката на самурайското съсловие е дзен-будизмът, достигнал апогея си под патронажа на шогуна и наложен от него на императорския двор. Доктрината и практиката на дзен допадат на самурайското съсловие и се възприемат като негово морално-етично верую заради съзерцателния им, но не отвлечен характер, заради това, че не се уповават на свещени писания, че търсят пътя към истината не в наизустяването на религиозни текстове, а в собствения духовен мир чрез самовглъбяване и концентриране на мисълта. Дзен учи, че човек може да намери своето място във вселената на духа посредством Удорито и постоянно самоизучаване и стремеж към идентифициране с природата. Както отбелязва Ясунари Кавабата: „При дзенската медитация всеки е господар на себе си и трябва да достигне просветление със собствени сили. Непосредственото възприятие е по-силно от теорията. Не чуждите уроци водят към просветление, а интровертното прозрение. Истината се крие в «неписаните букви», тя е отвъд границата на словесното.“ Чужд на догматизма и фанатичната привързаност към конкретен божествен образ, дзен разчупва конвенционалните рамки на религиозната представа и практика, като ги насочва към реалното човешко съзнание. Ето защо неговата философия прониква така дълбоко в съзнанието на самурайското съсловие и заляга в основата на самурайския кодекс „бушидо“ — пътят на война.
Сюжетната нишка на романа „[[5252|Шогун]]“ се опира именно на тази историческа действителност. На фона на стабилизиращото се феодално общество се откроява най-ярко и морално-етичният облик на нацията. Лоцманът на холандския кораб „Еразъм“, англичанинът Джон Блакторн, чийто прототип е Уилям Адамс — английски капитан на кораб, който акостира в едно от пристанищата на о-в Кюшу през 1600 г. Адамс впоследствие става съветник на Токугава по въпросите на търговията и навигацията и съумява да му разясни истинските цели на езуитската мисия в Япония и необходимостта от изгонване на католическите мисионери от страната. Още в първите си съприкосновения с ежедневието на японците е поразен от тяхната чистоплътност, от простотата и изяществото на техния бит, от силно развитото им чувство за дълг и отговорност към висшестоящия и от готовността им да се жертвуват в името на дълга и честта. Качества, които японците са придобили от три източника — шинтоизма, внушил им усет към природните красоти и култ към естественото, будизма, утвърдил вродения им стоицизъм към превратностите на съдбата, и конфуцианството, положило в основата на морала им верността като израз на дълг и признателност към старшия и висшестоящия. „Векът на воюващите държави“ и последвалите го битки за обединяване на страната, както и първите години на утвърждаване на единната военно-феодална власт в Япония, са времена, поставили на сурови изпитания духовната устойчивост на японската нация. Не случайно Джеймс Клавел акцентира в романа „Шогун“ върху тези добродетели на японския народ, но ги поднася на читателя в готов, декларативен вид, в разговорите на Тода Марико с Блакторн за дълга, верността и честта, „единствените думи и мисли, които ние имаме и от които се нуждаем“, за това, че „индивидът няма право да нарушава «уа» — хармонията на групата, към която принадлежи“. С думите на героинята: „Аз не съм смела, нито красива. Красиви са сабите, красива е честта.“ — Клавел сякаш иска да внуши на читателя да потърси тези морални добродетели в хладния блясък на самурайската сабя, в алената струя кръв при свещенодействието „харакири“ или както още го наричат „сепуку“. Разчитайки на ефектно емоционално въздействие, авторът представя морала на феодалния воин по-скоро като поведение. Той акцентира върху неговите външни прояви, а поставя на заден план дълбоките му религиозно-философски основи — учението на дзен и конфуцианските канони за синовния дълг и дълга на васала към суверена. Възприел го в такава светлина, неосведоменият читател е склонен да открие в него зърното на фанатизма, а не да го осъзнае като част от една комплексна духовна нагласа на нацията с плътна историко-философска подплата. Така Клавел подклажда и огъня на негативната реакция на японския читател и зрител, който не може да възприеме този толкова специфичен аспект на своето духовно изграждане — „бушидо“ — като голословен факт и осъжда Клавел, че го свежда до чист фанатизъм и диващина. Тази реакция е един съвременен паралел на опасението, което още на времето си Какузо Окакура изразява в своята „Книга за чая“ по повод на превратната представа, създадена на Запад за неговия народ: