Процесът на проникване на Запада в Япония се оказва решаващ в друг аспект. Той подготвя почвата и създава предпоставките за затварянето на страната — акт, който се явява завършек на конфликта между централната военно-феодална власт, „шогуната“, и католическото духовенство.
Наскоро след посещението си в езуитската света обител в Северен Кюшу през 1587 година Хидейоши издава първия анти-християнски декрет. Като обвинява езуитите, че подбуждат и подкрепят преследването на местните религии и че подпомагат португалските търговци да продават като роби в чужбина японски селяни, Хидейоши дава заповед за изгонване на всички католически мисионери от страната в срок от двадесет дни. Въпреки забраната обаче голяма част от мисионерите остават в страната и намират убежище в районите около Нагасаки, където има най-много покръстени. Десет години по-късно, през 1597 година, разярен от наглостта на католическото мисионерство, Хидейоши издава нов декрет за строга забрана на християнството и предприема първите репресивни мерки срещу проповедниците и последователите на чуждата вяра — екзекутирането в Нагасаки на двадесет и седем християни, между които седем испански францисканци, трима езуити и седемнадесет покръстени японци. През 1590 година Хидейоши прехвърля администрацията на главното пристанище на Южна Япония — Нагасаки, под контрола на централната власт, тъй като дотогава градът фактически се управлява от езуитите, чиято мисия е пуснала дълбоки корени в Нагасаки и околностите му. Тези безкомпромисни мерки на Хидейоши са реакция на реалната опасност от ново разединение на страната и възможна военна намеса от страна на Испания посредством нейните пратеници в страната — католическите мисионери.
След като шогунът Иеясу Токугава поема властта, католическото мисионерство също се ползува първоначално с благоразположението на върховната власт. Иеясу Токугава проявява търпимост към западното духовенство, доколкото може да се възползува от неговата посредническа роля в търговията със Запада. През 1600 година в Япония пристигат първите холандски и английски търговци, между които е Уилям Адамс, впоследствие станал приближен на шогуна и подпомогнал ускоряването на конфликта между шогуната и езуитските мисионери. Убедил се в политическите амбиции на Испания и Португалия, прикрити с атрибутите на божията благословия — кръста и Евангелието, Токугава предприема първата превантивна мярка срещу опасността от по-нататъшни опити на западните колонизатори за анексиране на японските острови подобно на Филипините, Гоа и Макао. През 1615 година Токугава издава указ за забрана на християнството и изгонване на католическите мисионери от страната. Християнството е подложено на гонения и репресии. Неговите най-уязвими точки — Нагасаки, близката планинска местност Унзен и остров Амакуса, стават арена на безмилостно преследване на покръстените японци и католическите проповедници, които се крият по тези места. Кулминацията на тези събития е селското антифеодално въстание в Шимабара, едно кърваво събитие, което дава тридесет и пет хиляди народни жертви и влиза в историята като най-голямото антифеодално въстание в средновековна Япония.
В Нагасаки, известен като „западната врата на Япония“ и на остров Амакуса — кътче от стара Япония с дива природа, с идилични католически църквици и твърде малко цивилизация, — се съхраняват реликвите на тези смутни времена в няколко музея на християнството: църковни книги и речници, печатани в католическата семинария; записки и документи на мисионерите; дървени табелки с надписи в забрана на християнството, предмети на католическия ритуал, между които статуетки на будистката богиня на милосърдието Каннон с кръст или с образ на дева Мария, известни като Мария-Каннон, с които покръстените японци са заблуждавали властите; знамето, с което четиринадесетгодишният юноша Широ от Амакуса повежда въстаналите селяни срещу войските на феодалите в Шимабара.