Миранду обвиняли и в том, что он хотел покинуть страну. Но возможно ли это было? Ведь он находился под домашним арестом, без лошадей, без экипажа и не мог сделать ни шагу без разрешения властей. Миранда обвинил Комитет общественного спасения в отступлении от прежних обязательств.
Находясь в безвыходном положении, Миранда попросил своего доктора приготовить ему яд. Таким способом он хотел избежать гильотины. Это была не лишняя предосторожность. До революции в Париже был всего лишь один важный заключенный, теперь в Бастилии содержалось двадцать высокопоставленных заключенных. Всего же в Бастилии ждали приговора около сорока тысяч человек. Семь тысяч уже были гильотинированы. Париж оцепенел от страха.
В тюрьме Ла-Форс, однако, царила дружеская атмосфера. Миранда позже напишет о своем заключении в этой тюрьме как о «долгом путешествии в лодке, конечный пункт которого — либо счастливое прибытие в порт, либо гибель в открытом море; и никто не знает исхода, но время должно быть заполнено новыми знаниями». В Ла-Форс Миранда познакомился с маркизом Дю Шатле, который оказался приятным собеседником. Они часами говорили об искусстве, литературе и путешествиях. Вместе читали Тацита и Цицерона. Любили также развлечься игрой в карты. К их удивлению, из колод, выданных заключенным, были изъяты фигурные карты.
Дю Шатле принял решение покончить с собой. Он отравился, оставив все свое нехитрое наследство Миранде и другим заключенным. После этого дни тянулись совсем уныло.
В августе Миранда предстал перед Особым уголовным трибуналом революции. В сентябре его дело вновь рассматривал национальный Конвент. Миранда попросил, чтобы ему позволили отправиться в ссылку. Он сказал, что хочет продолжить свою борьбу с испанским правительством. Французам было все равно — лишь бы Миранда вышел из игры и уехал подальше, но пока его предпочли держать в тюрьме.
Положение Миранды становилось все отчаяннее, ведь он выступал против «жулика Сен-Жюста» и против Дантона, предавшего его. Однако вскоре ситуация изменилась. Дантон был казнен в апреле 1794 года. Робеспьер был лишен всех гражданских прав и вместе с Сен-Жюстом казнен в июле 1794 года.
Полиция проверила все источники финансирования Миранды и не нашла никаких нарушений. Миранда получал деньги за генеральское звание, а также от своих богатых покровителей. Тем временем тюремное заключение Миранды продолжалось. Он приобрел новых друзей в тюрьме, в их числе известного ученого и антиквара Энтони де Куинси.
В декабре 1794 года Миранда сделал блестящий ход против Конвента, написав письмо, где осудил «отвратительные принципы Робеспьера, которые требуют от человека приносить свои интересы в жертву общественным». Идеи тиранов — от Тиберия до Филиппа II, — оправдывающие их бесчинства, он назвал «дьявольскими». Миранда закончил свое письмо с присущим ему достоинством: «Я не прошу пощады у Конвента. Я требую самого строгого судебного разбирательства для себя и тех, кто осмелился… скомпрометировать устремления французского народа и его национальный образ». Подозреваемый в революционной измене и проведший в тюрьме более года, Миранда демонстрировал достойную восхищения силу духа.
26 января 1795 года Миранду наконец освободили из тюрьмы Ла-Форс и тут же препроводили в роскошные апартаменты на улице Святого Флорентина, стоимость которых составляла 1400 фунтов в год — невероятная по тем временам сумма! Миранда, так долго лишенный общения с женщинами, пустился во все тяжкие. Женщины, театры, элегантные приемы — его привычные удовольствия… В тюрьме, кстати, он встретил давнюю знакомую — Дельфину, красавицу маркизу де Кюстин. Ее муж также был пленником Ла-Форс. Миранда вновь страстно увлекся ею. Но вскоре обнаружил, что Дельфина одинаково благосклонна к Шатобриану, Фуше, Александру Богарне, М. де Гроши, Луи де Сегуру, Бойси д’Англесу и доктору Кореву. Страстная и умная Дельфина была, несомненно, нимфоманкой. Это открытие охладило пыл Миранды. Они продолжали встречаться, но уже не были любовниками. Незаконная дочь Людовика XV, Дельфина была искуснейшей кокеткой и, согласно свидетельствам современников, «любила всех, даже своего мужа». Она засыпала Миранду письмами, часто встречалась с ним. И провожала его, когда он уезжал из Франции.
Тюремное заключение Миранды не помешало ему принимать посильное участие в революционной борьбе. И теперь он приступил к выработке собственной умеренно-либеральной программы, в основе которой — анафема политическому экстремизму. В частности, он проявил невероятную для атеистического века терпимость по отношению к либерально мыслящим церковнослужителям. Миранда восхвалял также достоинства Джорджа Вашингтона, «заслужившего доверие соотечественников не популярностью, которой он избегал, а спокойствием духа и честностью намерений». Это высказывание говорит о том, что нигилизм Миранды уступил место уважительному отношению к чужим Достижениям.