Ухудшение русско-французских отношений требовало прекращения войны с Османской империей. Победа русской армии под Слободзеей оживила переговоры, тем более что Россия решила умерить свои требования «одною Молдавиею с Бессарабиею. Ежели турецкие министры будут крайне затруднены уступкою всего княжества, то довольствоваться определением границы по реке Серет, продолжа оную по Дунаю до впадения его в Черное море». Но все же Стамбул отказался от соглашения. Тогда 22 марта (3 апреля) 1812 г. Александр I уведомил командующего русскими войсками на Дунае генерала от инфантерии М. И. Кутузова о возможности в самом крайнем случае «заключить мир, положа Прут, по впадении оного в Дунай, границею». В итоге 16 (28) мая 1812 г. в Бухаресте был подписан мирный договор, согласно которому в состав России входило междуречье Прута и Днестра до Килийского устья Дуная. До того центральная и северная части Бессарабии входили в состав вассального Молдавского княжества, а южные районы с городами Бендеры, Аккерман, Измаил, Каушаны были владениями Османской империи.
В 1813 г. в Бессарабии было создано областное правительство с участием местных бояр и русских чиновников. 17 (29) апреля 1818 г. был издан «Устав образования Бессарабской области», согласно которому при назначаемом Санкт-Петербургом полномочном наместнике учреждался Верховный совет, обладавший высшей административной и судебной властью. Областные и местные органы власти по-прежнему находились в руках молдавских бояр. 17 (29) февраля 1928 г. «Устав» был отменен и Бессарабия вошла в состав Новороссийского генерал-губернаторства. Тем временем согласно Аккерманской русско-турецкой конвенции от 25 сентября (7 октября) 1826 г. внутренняя автономия Дунайских княжеств была восстановлена, а после Русско-турецкой войны 1828–1829 гг. по Адрианопольскому мирному договору еще больше расширена, в частности из них были выведены турецкие войска. Одновременно к России была присоединена дельта Дуная. До 1834 г. Молдавия и Валахия оставались занятыми русскими войсками и управлялись генерал-губернатором П. Д. Киселевым, чья деятельность была направлена на сближение княжеств между собой и проведение некоторых реформ управления.
Вновь вопрос о принадлежности территорий в устье Дуная встал во время Крымской войны 1853–1856 гг., в ходе которой на стороне Османской империи против России выступили Англия, Франция и Сардинское королевство. Согласно Парижскому мирному договору 1856 г. Россия уступала Османской империи дельту Дуная и Южную Бессарабию, которая в административном плане включалась в состав вассального Молдавского княжества, не являвшегося в то время субъектом международного права. Согласно договору русский протекторат над Дунайскими княжествами был заменен коллективным протекторатом 7 держав (Англия, Франция, Австрия, Россия, Пруссия, Османская империя и Сардиния) и подтверждалась их автономия в составе Османской империи. В 1859–1861 гг. на основе объединения Валашского и Молдавского княжеств возникло новое государство — Объединенные княжества Молдавия и Валахия, которое с 1862 г. приняло название Румыния, — также находившееся в вассальной зависимости от Османской империи.
В условиях нового обострения обстановки на Балканах и Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. возник вопрос о возвращении России Южной Бессарабии. Согласно прелиминарному Сан-Стефанскому договору от 19 февраля (3 марта) 1878 г. в обмен на возврат России Южной Бессарабии Румыния, чья независимость признавалась Османской империей, получала Северную Добруджу с Констанцей. Однако румынское правительство заявило, что не признает акт, «заключенный без нас, против нас и к нашему ущербу». Соответственно, пытаясь сохранить Южную Бессарабию и получить Северную Добруджу, Бухарест обратился к великим европейским державам, но конкретных обещаний добиться не удалось. В итоге Берлинский конгресс (1 (13) июня — 1 (13) июля 1878 г.) признал независимость Румынии при условии, что она примет санкционированные конгрессом территориальные изменения (Южная Бессарабия менялась на Северную Добруджу, при этом дельта Дуная оставалась за Румынией) и обеспечит равноправие всех населявших ее народов и религиозных конфессий.[1]