С военной точки зрения это упрямство со стороны союзника было исключительно неприятно для немцев. Их вооруженные силы были полностью задействованы, и у вермахта не было стратегических резервов. Единственной формой основного тактического резерва была переброска танковых и моторизованных соединений из одной группы армий на усиление другой. У ОКВ в результате буквально не было средств для наращивания нажима на Ленинградский фронт советских армий без привлечения финских войск или оказания давления на финнов, чтобы заставить их подчиниться своим требованиям. Таким образом, к началу сентября возникли объективные предпосылки в пользу решения «блокировать» Ленинград вместо штурма и захвата этого города.
Гитлер, с нетерпением следивший за ходом операции на северном и южном флангах Восточного фронта, уже начал планировать захват Москвы.
6 сентября он издал директиву № 35, предусматривающую возврат танковых групп Гота и Гудериана на центральный сектор Восточного фронта и подготовку к решающему наступлению на советскую столицу. Поскольку танковые дивизии понесли значительные потери, необходимо было также дополнительно передать группе армий «Центр» и 4-ю танковую группу Гепнера. Директива далее приказывала перебросить с авиабаз в Эстонии 8-й авиационный корпус пикирующих бомбардировщиков на юг для поддержки армий фон Бока.
Гитлер решил отвести району Ленинграда статус «второстепенного театра военных действий», а его блокаду поручить шести-семи пехотным дивизиям.
Такие силы были бы достаточно сильны для сдерживания за забором из колючей проволоки умирающих от голода жителей Ленинграда, но далеко не достаточны, чтобы справиться с обороняющими город советскими армиями, пусть даже ослабленными боями и испытывающими в это время нехватку вооружения. К тому же даже после захвата 8 сентября немцами Шлиссельбурга блокада была далеко не плотной и оставляла гарнизону Ленинграда опасную для немцев свободу маневра.
Понимая это и зная, по слухам из ОКХ, о готовящейся директиве, Лееб составил план захвата Ленинграда штурмом. Он надеялся начать наступление 5 сентября, за день до получения директивы, но 41-й танковый корпус Рейнгардта был так ослаблен боями, что ему требовалась трехдневная передышка для переоснащения и пополнения, пока немецкая пехота закреплялась на левом берегу Невы и отражала яростные контратаки 54-й советской армии южнее Ладожского озера.
9 сентября 41-й корпус перешел в наступление, 1-я танковая дивизия наносила удар вдоль левого берега Невы, а 6-я танковая наступала по обе стороны железной дороги, ведущей к Ленинграду. Обе дивизии скоро увязли в полосе противотанковых рвов и оборонительных земляных укреплений, построенных в предшествовавшие недели строительными батальонами и ополченцами.
Русским не хватало артиллерии и многих других видов оружия, которые не производились в самом Ленинграде. Но они широко использовали минометы, а в приморских районах по немецким тылам и батареям вели огонь тяжелые орудия кораблей Балтийского флота. На поле боя в одиночку и парами действовали тяжелые танки КВ, которыми часто управляли водители и механики Кировского завода, по-прежнему выпускавшего около четырех танков в день. В этих упорных, подчас рукопашных боях русские качества — смелость, стойкость, умелое использование маскировки и засад — с лихвой перекрывали нехватку боевой техники и просчеты командования в управлении войсками и тактике, которые приводили к поражениям в приграничных сражениях и на Лужском оборонительном рубеже.
Немецкие танковые дивизии, натолкнувшись на прочную оборону, несли чувствительные потери. В первый же день наступления 6-я танковая дивизия потеряла подряд четырех сменявших друг друга командиров.
В оправдание решения фон Лееба о штурме Ленинграда после получения директивы Гитлера можно напомнить, что все старшие немецкие офицеры считали войну с Россией уже выигранной. Вопрос для них заключался не в том, «одержана ли» победа, а «как»? И что еще важнее: «кто»? Кто будет увенчан лаврами за эти блестящие успехи на военном поприще? Даже Гудериан который одним из первых почувствовал силу возрождающейся мощи советского оружия, верил в то время что его самостоятельные действия и стратегия принесут немцам победу еще до конца 1941 года — ему в голову не могло прийти, что альтернативой будет полный разгром Германии и штурм Берлина. Эта самоуверенность усугубляла интриги между генералами в ОКХ, приводила к игнорированию и невыполнению ими нежелательных приказов и указаний.