Существенное влияние на уровень собираемости акцизных платежей за нефть и газ оказала неоплата топливно-энергетических ресурсов потребителям. Задолженность по налоговым платежам в федеральный бюджет на 1 декабря 1997 года достигла 109,9 триллиона рублей, в том числе недоимка — 95,4 триллиона рублей, отсроченные платежи — 14,6 триллионов рублей.
Уровень собираемости налогов по отношению к реальной налогооблагаемой базе не превышал 60 процентов. Нарушения налогового законодательства выявлялись при документальных проверках на каждом втором предприятии. По оценкам Счетной палаты, в теневом секторе экономики обращалась товарная масса на сумму не менее 350 триллионов рублей, что привело к сокрытию налогооблагаемой базы, недопоступлению в бюджет 80—100 триллионов рублей ежегодно.
Проверки, проведенные в 1997 году в системе РАО «Газпром», АО «Нефтяная компания «Роснефть», МПС России, РАО «ЕЭС России», выявили серьезные недостатки в исполнении налогового законодательства и уплате налогов и других обязательных платежей в бюджет, включая сокрытие доходов и уклонение от уплаты налогов. Годовое задание по неналоговым доходам за 1997 год выполнено на 159,9 процента. Сумма неналоговых поступлений составила 39,3 триллиона рублей, или 1,47 процента к ВВП против 0,93 процента, предусмотренных законом.
Финансирование расходов федерального бюджета в 1997 году составило 394,6 триллиона рублей, или 74,5 процента к утвержденному бюджету на год и 93,6 процента к секвестированному бюджету. Фактическое исполнение расходов на функционирование федеральных органов власти составило 91,5 процента от утвержденного годового показателя, при этом расходы администрации президента и правительства профинансированы на 115,2 процента, Совета Федерации — 64,3 процента, Госдумы — 73,4 процента, Счетной палаты — 70,6 процента.
Бюджетные ассигнования на национальную оборону были обеспечены только на 66,9 процента. Расходы на правоохранительную деятельность профинансированы на 64,8 процента. Счетная палата в очередной раз выявила серьезные нарушения при использовании средств федерального бюджета. Так, в ряде случаев гарантии и поручительства давались Минфином России в нарушение законодательства. Например, вопреки указу президента РФ от 12 мая 1997 года «О прекращении предоставления гарантии и поручительств за счет средств федерального бюджета» Минфин задним числом подписал 14 договоров поручительства о предоставлении Денежных и вексельных кредитов коммерческим банкам на общую сумму 2031,2 миллиарда рублей (без учета деноминации). В 1995–1997 годах вопрос участия банков в финансировании расходов федерального бюджета посредством привлечения их кредитов под гарантии и поручительства Минфина РФ от имени правительства в министерстве не был отработан.
В этой ситуации выбор банков из числа ранее уполномоченных осуществлялся без необходимых экономических обоснований, представленные на конкурс отчетные данные банков Минфином даже не проверялись. Счетная палата также установила, что письменные предложения Минфина об участии в конкурсе вручались в частном порядке представителям банков в департаментах Минфина, а не отправлялись почтой, как это было предусмотрено условиями проведения конкурсов. Кроме того, департаментами министерства также не представлялись экономические обоснования о необходимости заимствований на определенную дату кредитов коммерческих банков для финансирования расходов из федерального бюджета, а Главным управлением федерального казначейства Минфина не учитывались реальные остатки бюджетных средств на банковских счетах.
Более того, проверкой установлено, что больше половины гарантий и поручительств предоставлялись Минфином при наличии денег, достаточных для финансирования бюджетополучателей без привлечения кредитов коммерческих банков. Следовательно, банкам просто давали заработать. Получатели бюджетных средств не были инициаторами получения средств от кредитных учреждений. Они практически ставились перед фактом необходимости заключения кредитных договоров на условиях, определенных Минфином (сроки, объемы, процентные ставки), с выбранными им же коммерческими банками.
Исполнявший обязанности министра финансов Михаил Задорнов заявил, что в целом согласен с выводами, которые сделала Счетная палата относительно практики предоставления гарантий и поручительств Минфина по кредитам коммерческих банков. Минфин признал, что эта практика была порочной, и решительно от нее отказался. М. Задорнов уверен, что правительство больше не вернется к такому способу финансирования госрасходов. Результаты проверок были направлены в правительство, Госдуму, Совет Федерации и Генеральную прокуратуру.