Перед вторым туром, намеченным на 17 апреля, председатель Госдумы Г. Селезнев имел встречу с Б. Ельциным и высказал общее настроение большинства депутатов, которые будут голосовать против кандидатуры С. Кириенко. Президент ответил: у него нет другого кандидата на пост премьера и если кандидатура С. Кириенко не получит одобрения в Госдуме, то он воспользуется своими конституционными правами.
Упорство Б. Ельцина победило: с большим трудом, путем различных комбинаций и компромиссов кандидатура С. Кириенко все же прошла — с третьей попытки!
Началось формирование нового кабинета. Оно проходило в русле так называемой административной реформы, объявленной Б. Ельциным в феврале 1998 года в Послании Федеральному собранию. Реформа предполагала приведение структуры и состава высшего органа исполнительной власти в соответствие с недавно принятым федеральным конституционным законом «О Правительстве РФ». В нем шла речь о существенном расширении полномочий федеральных министерств при одновременной ликвидации института первых вице-премьеров и существенном сокращении количества «обычных» вице-премьерских постов.
С. Кириенко сразу же утвердил четырехмесячный план сокращения (на 30 процентов) и реорганизации аппарата правительства. Как заявил новый премьер, план будет осуществляться поэтапно, по мере передачи компетенции в решении тех или иных организационных и технических проблем.
Политологи отмечали, что с политической точки зрения реорганизация правительства выглядела крупнейшей с весны 1997 года кадровой чисткой. Всего в состав кабинета, наряду с самим премьером и тремя его заместителями, вошли 22 федеральных министра и 11 руководителей государственных комитетов. Последние, как и руководители федеральных служб, официально в структуру правительства не входили. Два министерства и шесть госкомитетов были ликвидированы, еще три реорганизованы. Произошло перераспределение ряда функций: вместо Министерства по внешнеэкономическим связям и торговле на базе его инфраструктуры создали Министерство промышленности и торговли, к которому отошел ряд полномочий существенно ослабившегося Минэкономики; образовали Министерство науки и технологий.
Существенно изменился и кадровый состав правительства. К руководству министерств и ведомств пришли пятнадцать новичков, в том числе один вице-премьер, и руководитель аппарата правительства, восемь федеральных министров и пять руководителей государственных комитетов и федеральных служб.
Новые руководящие должности в кабинете С. Кириенко получили заместитель председателя правительства С. Христенко, ранее работавший заместителем министра финансов при А. Чубайсе и М. Задорнове; руководитель аппарата правительства Н. Хваткое — очередной земляк С. Кириенко и Б. Немцова, ранее возглавлявший Борский коммерческий банк в Нижнем Новгороде. Именно этот банк выступил одним из учредителей банка «Гарантия», которым, как известно, еще год назад руководил новый глава правительства.
Министром топлива и энергетики стал С. Генералов, прежде работавший заместителем председателя правления банка «МЕНАТЕП» и старшим вице-президентом холдинга «Роспром»; министром юстиции — П. Крашенинников, бывший при С. Степашине его первым заместителем; министром сельского хозяйства и продовольствия — В. Семенов, бывший руководитель подмосковной агрофирмы «Белая дача» — главного поставщика элитной овощной продукции к руководящим кухням; министром природных ресурсов — В. Некрутенко, до того занимавший пост начальника департамента собственности и регулирования естественных монополий аппарата правительства; министром здравоохранения — О. Рутковский, прежде работавший директором Первой градской больницы в г. Москве; министром региональной и национальной политики — Е. Сапиро, возглавлявший законодательное собрание Пермской области; министром земельной политики и жилищно-коммунального хозяйства — И. Южанов, считавшийся выдвиженцем «питерской» команды А. Чубайса, имевший опыт руководства Роскомземом.
В числе новичков также депутат Государственной думы из фракции «Яблоко» О. Дмитриева, занявшая пост министра труда и социального развития; депутат Госдумы из группы «Российские регионы» В. Гоман, ставший руководителем Государственного комитета по делам Севера; заместитель С. Кириенко в Минтопэнерго С. Новиков, получивший пост руководителя Государственного комитета по государственным резервам; первый заместитель прежнего руководителя Государственного таможенного комитета А. Круглова; В. Драганов, ставший руководителем ГТК; депутат Госдумы от фракции НДР М. Сеславинский, получивший пост руководителя Федеральной службы по телевидению и радиовещанию, и единственный «политический» назначенец, ранее возглавлявший соответствующий профильный профсоюз В. Будько, ставший руководителем Федеральной службы по регулированию естественных монополий на транспорте.