С началом войны резко ужесточился лагерный режим. Если раньше бригады ходили на шахту без конвоя, то с началом войны вели с конвоем. Среди вольно-наемного состава была проведена соответствующая, крайне грубая работа об усилении бдительности, где лагерный состав, исключая бытовиков, изображался как «потенциальный» резерв врага169.
Хотя в первые шесть месяцев войны охрана оставалась на удивление небрежной, к началу 1942 года вооруженное восстание в одном отдаленном лагпункте Воркутлага заставило администрацию строже охранять заключенных и усилить их изоляцию от незаключенных.
Разработка Печорского угольного бассейна стала оборонным приоритетом после встречи Тарханова со Сталиным и Берией весной 1940 года, но только после начала реальной войны нужда в воркутинском угле стала острой. За первые месяцы войны Советский Союз в короткий срок потерял свои западные территории, захваченные немецкой армией, и из‑за этого воркутинский уголь приобрел критическое значение. К концу 1941 года немецкая армия оккупировала почти всю Украину, тем самым лишив СССР примерно половины угледобывающей промышленности170. Добыча угля в первые шесть месяцев 1942 года составила лишь треть от добычи за тот же период 1941 года. Дефицит угля обострялся еще и тем, что количество грузовых вагонов тоже сократилось до трети от довоенной цифры171. После потери Донбасса на Украине и Московского угольного бассейна Воркута стала ближайшим источником угля для Ленинграда, который был почти полностью блокирован с сентября 1941 до января 1944 года. Кроме того, воркутинский уголь был необходим для снабжения союзных кораблей, прибывавших в Мурманск для доставки помощи по программе ленд-лиза172. Общий дефицит угля в Советском Союзе, особенно экстремальный в Ленинграде, заставлял в авральном режиме выполнять планы по расширению воркутинского угледобывающего комплекса.
Одновременно с внезапным увеличением спроса на уголь начали резко падать поставки продуктов и других необходимых ресурсов. В первый год войны продовольствие поставлялось вполне стабильно, вероятно, потому, что лагерь имел оборонное значение. В 1942 году умерли сорок семь заключенных на тысячу, что примерно вдвое превышало общую смертность советского населения в тыловых областях, но было в пять раз меньше общей смертности по ГУЛАГу173. Однако уже зимой 1942/43 года в Воркутлаге возник критический дефицит продовольствия. С октября по декабрь 1942 года Воркутлаг получил лишь четверть от объема провизии, выделенного ему по центральному плану. Это создало ситуацию, которую начальник лагеря Тарханов описал как «почти катастрофическое состояние с питанием з/к». В ежегодном отчете начальству он писал:
Уже к ноябрю месяцу 1942 года <…> полностью отсутствовали такие необходимые продукты как рыба, сахар, к концу года не было никаких круп, в связи с тем увеличился расход муки взамен круп, при ограниченных запасах мука и зерна. Уже в январе 1943 года были исчерпаны все запасы муки и зерна, лагерь находился под угрозой полного срыва выдачи хлеба всему населению. Только благодаря подошедшему фуражу и использованию ячменя на перемол муки <…> получили возможность выпекать хлеб174.
Этот дефицит почти сразу же сказался на здоровье заключенных: за последние три месяца 1942 года умерло почти столько же узников, сколько за первые девять175. Но худшие последствия наступили в следующем году. В течение 1943 года умерло втрое больше узников, чем в 1942 году, – почти 15% от всего контингента заключенных.
В лагере нарастало отчаяние, вызванное трудностями военного времени, растущими требованиями по добыче угля и уменьшением снабжения, и оно еще усилилось из‑за приказов прекратить освобождение некоторых категорий заключенных. Несколько тысяч польских солдат и офицеров освободили из Воркутлага в 1941 году, чтобы призвать их в армию Андерса, но для остальных заключенных, большинство которых составляли «контрреволюционеры», перспективы выйти на свободу сильно ухудшились. В день нападения немцев, 22 июня 1941 года, по всем лагерям телеграфом разослали циркуляр НКВД с приказом «прекратить освобождение из лагерей, тюрем и колоний контрреволюционеров, бандитов, рецидивистов и других опасных преступников»176. 29 апреля 1942 года к заключенным, не подлежащим освобождению, были причислены граждане и жители государств – противников СССР (независимо от статьи), «члены антисоветских политпартий и участники буржуазно-националистических контрреволюционных организаций», граждане СССР, принадлежащие к национальностям государств – противников СССР (включая Литву, Латвию и Эстонию), и иммигранты из Бессарабии, осужденные за контрреволюционные преступления177. Самые «опасные» из заключенных, чьи сроки заканчивались во время войны, оставались в местах лишения свободы178. Таким образом, в течение войны около тысячи узников Воркутлага оставались в лагере после окончания сроков их заключения179. Менее «опасные» заключенные после окончания сроков могли покинуть зону, но должны были оставаться в ее окрестностях на положении ссыльных, чего раньше не было180. К концу войны в Воркуте было около 3 тысяч таких ссыльных181. Эта политика предотвращала не только возвращение подозрительных элементов на советский «материк», но и отъезд значительной доли воркутинской рабочей силы в то время, когда в ней остро нуждались для выполнения непосильных задач, поставленных правительством.