Цезарь относился к Марку Антонию благосклонно, и тот при содействии диктатора стал народным трибуном и авгуром — членом коллегии жрецов. В 49 г. до н. э. он вместе со вторым народным трибуном ЛуциемКассием Лонгином выступил в Сенате с горячей поддержкой всех полномочий Цезаря, всех его действий. Марк Антоний сделался таким пылким сторонником Цезаря, что предложил ему даже царский венец, от которого великий политик мудро уклонился.
Сенат не разделял столь восторженного отношения к Цезарю и намеревался принять постановление, ограничивающее его полномочия. Однако народные трибуны Марк Антоний и Луций Кассий Лонгин наложили на него вето. Тогда был отдан приказ арестовать народных трибунов — большая политическая ошибка! Арест народного трибуна — это покушение на святые принципы римского мироустройства.
У Марка Антония появились основания опасаться за свою жизнь. Ведь относительно незадолго до этого, в 60-х гг. до н. э., был разоблачен заговор аристократа Катилины, а его участники арестованы и казнены в Мамертинской тюрьме. Боясь, что с ними произойдет то же самое, Марк Антоний и Луций Кассий Лонгин бежали и примкнули к войску Цезаря в Цизальпийской Галлии (на северной границе Италии).
Надо сказать, что их появление подтолкнуло Цезаря к тому, чтобы в январе 49 г. до н. э. двинуть войско на Рим. Именно на этом пути он, согласно легенде, перешел реку Рубикон и произнес великие слова: «Жребий брошен!»
Марк Антоний лично участвовал в решающем сражении гражданской войны — битве при Фарсале (в Северной Греции). В этом сражении ярко проявился полководческий гений Цезаря. В отличие от многих других военачальников он был способен вовремя отступить от первоначального плана.
Помпей накануне битвы у себя в шатре читал «Илиаду» Гомера. Его вдохновляли образы древнегреческих героев. Он и сам был прекрасным воином, но не обладал той гибкостью сознания, которой был наделен Цезарь.
Помпей предполагал, что десятый легион Цезаря одним броском заберется на холм, устанет и сделается легкой мишенью для атаки. Но все пошло иначе. Легионеры по пути остановились и отдохнули. К тому же Помпей не знал, что за спинами не очень многочисленных всадников Цезарь спрятал несколько когорт. Заметив скопление конницы на левом фланге у Помпея, Цезарь понял, что там возникнет давка. Когда войско Помпея пошло в атаку, конница Цезаря расступилась, а пешее войско стало бить всадников копьями в лицо. Те растерялись и повернули коней. После еще нескольких точных маневров армия Цезаря одержала победу. О своем главном сопернике он сказал: «Помпей не умеет побеждать».
Несмотря на безусловную победу в сражении, Цезарь еще не стал полным хозяином положения. Помпей остался жив и сумел бежать, а в гражданских войнах никто не может считаться победителем, пока не уничтожен главный противник. Поэтому, несмотря на прежние добрые отношения и даже родство (он был одно время женат на родственнице Помпея), Цезарь погнался за проигравшим соперником и настиг его в Египте. Правда, еще до прибытия Цезаря Помпей был коварно убит. Его голову торжественно преподнесли Цезарю — тот с отвращением отвернулся.
Убедившись в гибели Помпея, Цезарь не сразу покинул Египет. Его очаровала повзрослевшая уже Клеопатра VII. Он ценил в женщинах не только красоту, но и интеллект. Клеопатра была прекрасна — и при этом знала несколько языков, могла поддержать беседу. Так или иначе, Цезарь был покорен и не мог ее оставить.
Тем временем реальная власть перешла к Марку Антонию — консулу, ближайшему к Цезарю человеку, и он всеми силами обеспечивал порядок в Риме. В 47 г. до н. э. народный трибун Публий Корнелий Долабелла возглавил восстание плебеев и вольноотпущенников против долгов. Он утверждал, что граждане не должны платить за жилье. Марк Антоний жестоко расправился с восставшими.
В 45 г. до н. э. Цезарь вернулся в Рим, по пути разбив Боспорского царя Фарнака. Именно об этом он писал Клеопатре: «Пришел, увидел, победил». Ему было за сорок, и он хотел, чтобы молодая возлюбленная оценила его доблесть. Он прибыл в Рим триумфатором (это был его четвертый по счету триумф). Марк Антоний был правой рукой Цезаря, но о заговоре против него, видимо, не знал.
Цезарь правил разумно, действовал в интересах Рима. В отличие от многих своих предшественников (например, Суллы), он не создавал атмосферы постоянного ужаса. Пламенные республиканцы, такие как Цицерон, все еще надеялись восстановить республику.