Предполагалось, что заседание съезда откроет Свердлов. Но Свердлов так и не открыл его. Вместо этого, к удивлению левых эсеров, делегаты-большевики прошли за сцену, спустились по черному ходу вниз и покинули театр. К шести часам вечера убрали левоэсеровскую охрану съезда. Только после этого левым эсерам наконец объявили, что они задержаны в связи с событиями в городе. Сразу же пополз слух, что убит Мирбах. Общее число задержанных составило около 450 человек.
Фактическими военными действиями за пределами Большого театра руководил Троцкий как нарком по военным делам. Он задействовал в основном латышские части. «Вы разгромили одну из самых больших политических комбинаций и не знаете, кого вы громили», — сказал Троцкий двусмысленно на следующий день командиру латышей Иоакиму Вацетису, вручая ему пакет с деньгами54.
В 4 часа дня 7 июля Совнарком объявил населению, что «восстание левых эсеров в Москве ликвидировано», а «левоэсеровские отряды» обратились в бегство. В тот же день всех левых эсеров, занимавших ответственные посты в советском правительстве, сместили и заменили большевиками, а СНК образовал особую следственную комиссию по расследованию событий 6–7 июля. 9 июля Троцкий, выступивший на съезде Советов, в работе которого уже не участвовали левые эсеры, объявил о том, что партия левых эсеров «совершила окончательное политическое самоубийство» и «уже не может воскреснуть». В ответ съезд потребовал «суровой кары для преступников» и заявил, что левым эсерам «не может быть места в Советах». Все это позволило Свердлову уже 10 июля заверить большевистских делегатов съезда, что большинство арестованных левых эсеров «завтра, самое позднее послезавтра будут освобождены как явно непричастные к выступлениям»55. Операция по ликвидации партии левых эсеров была завершена56.
10 июля Свердлов доложил новообразованному на съезде ВЦИКу о возможном разрыве Брестского договора57. С возобновлением войны, видимо, смирился в те дни и Ленин. 10 июля он вызвал к себе Вацетиса, чтобы в ходе общей беседы задать вопрос, интересовавший Ленина больше всего: «Будут ли сражаться латышские стрелки с германскими войсками, если немцы начнут наступать на Москву?». Вацетис ответил утвердительно. 13 июля брат секретаря Ленина Владимира Бонч-Бруевича, перешедший на службу к большевикам генерал Михаил Бонч-Бруевич, сказал Вацетису, что Россия «вступает снова в мировую войну вместе с Францией и Англией» против Германии: «это дело уже налажено»58.
Предупредительная вежливость советского правительства по отношению к Германии исчезла. Оно отказалось присутствовать на религиозной церемонии у гроба убитого германского посла, а на траурные проводы тела Мирбаха в Германию явился только Чичерин, и то с опозданием на час, тем самым заставив всю процессию ждать. Чичерин был человеком исключительной пунктуальности, и его поведение немцы рассматривали как вызов. К тому же он появился без головного убора — чтобы не снимать шляпы при проводах гроба посла, в неряшливом виде, и это тоже произвело на немцев соответствующее впечатление.
14 июля в 11 часов вечера Рицлер вручил Чичерину текст полученной из Берлина ноты. В ней содержалось требование о вводе в Москву для охраны германского посольства батальона войск германской армии. Можно было бы ожидать, что отказ будет считаться прямым вызовом Германии. Но события в те дни развивались, казалось, вопреки обычной логике. Как вспоминал Владимир Бонч-Бруевич, после убийства Мирбаха «призрак почти неизбежной войны стал постепенно отдаляться. Все вздохнули свободно». Большевики «отчетливо сознавали, что, несмотря ни на что, немцам необходимо дать отпор». Получив германское требование о вводе в Москву войск, Ленин, по воспоминаниям Бонч-Бруевича, «улыбнулся, даже тихонько засмеялся»59, и сел за столик писать ответ.
15 июля написанный Лениным текст обсуждался на заседании ЦК. Протокол его числится в «ненайденных». Но в тот же день составленный Лениным документ огласили во ВЦИКе. Сообщив об ультиматуме Рицлера и отклонении его советским правительством, Ленин указал, что на требование немцев о вводе в Москву батальона солдат для охраны посольства советское правительство ответит «усиленной мобилизацией, призывом поголовно всех взрослых рабочих и крестьян к вооруженному сопротивлению и уничтожению, в случае временной необходимости отступления, всех и всяческих, без всяких изъятий, путем сожжения складов и в особенности продовольственных продуктов, чтобы они не могли достаться в руки неприятеля […] Война стала бы для нас тогда роковой, но безусловной и безоговорочной необходимостью», — заключил Ленин60 и был поддержан единогласно ВЦИКом.