И снова нужно было считать «плюсы» и «минусы». Первых, на первый взгляд, казалось достаточно. Свежеиспеченный выпускник Горного института получал Сибирь в свое «геологическое владение», ведь до него в этом регионе просто не было штатных геологов! Сибирь с точки зрения геологии, да и других наук была абсолютно темным неисследованным пятном, что сулило массу открытий. Здесь уже собирались строить Транссиб, полным ходом развивалась добыча золота и других полезных ископаемых. Но и сомнений было предостаточно. Неисследованность Сибири оборачивалась неустроенностью быта. Одно дело отправиться в глухой угол (а именно такой и была, по сути, Сибирь в те годы) самому, и совсем другое, когда у тебя за спиной жена с шестимесячным ребенком. И все же Владимир решился. 1 сентября 1888 г. семья Обручевых выехала из Санкт-Петербурга. Через семнадцать дней они наконец-то добрались до Иркутска.
Молодой геолог постепенно втягивался в работу. Вначале занимался разведкой угольных месторождений на одном из притоков Ангары, затем исследовал залежи графита на байкальском острове Ольхон, осмотр залежей слюды и ляпис-лазури. Летом 1890 г. Владимир отправился еще дальше на север, для изучения месторождений золота, расположенных в бассейне рек Витима и Олекмы. В следующее лето он повторил поездку в Олекмо-Витимский золотоносный район. А затем поступило достаточно неожиданное предложение от Русского географического общества: принять участие в экспедиции известного путешественника Г. Н. Потанина, отправлявшейся в Китай и Южный Тибет.
В октябре 1892 г. Владимир Афанасьевич выехал из пограничного города Кяхта, а через два года, в октябре 1894 г., прибыл в китайский город Кульджа. За это время, как подсчитал сам ученый, он прошел 13 625 км, на протяжении 12 705 км он проводил геологическую съемку местности. За время экспедиции была собрана коллекция из семи тысяч образцов, в том числе 1200 отпечатков ископаемых животных и растений.
Перечисление всех открытий и достижений этой экспедиции займет не одну страницу. Из Кяхты уезжал скромный провинциальный геолог – домой возвращался уже ученый с мировым именем. Его статьи и путевые очерки из Китая печатались в газетах и журналах. Парижская академия наук удостоила В. А. Обручева денежной премии имени П. А. Чихачева, затем он получил премию имени Н. М. Пржевальского, а еще через год – высшую награду Русского географического общества – Константиновскую золотую медаль. Двухтомный труд «Центральная Азия, Северный Китай и Наньшань» был издан в 1900–1901 гг., а популярное описание путешествия в Центральную Азию Владимир Афанасьевич подготовил через 45 лет, выпустив в 1940 г. книгу «От Кяхты до Кульджи».
После возвращения из Центральной Азии Обручеву дважды, из Москвы и Петербурга, поступали предложения заняться преподавательской деятельностью. Оба раза он отказывался – не чувствовал в себе тяги к преподаванию, но в 1900 г. согласился возглавить кафедру геологии и стать деканом горного отделения в только что созданном Томском технологическом институте. Решение вполне объяснимое – жизнь и преподавание в Томске позволяли продолжить исследования Сибири и Центральной Азии, которые по-прежнему манили ученого, тем более что в смете института были предусмотрены деньги на экспедиции.
Преподаванию Владимир Афанасьевич отдал одиннадцать лет. За это время он несколько раз исследовал золотоносные районы Сибири, в 1905–1906 и 1909 гг. совершил три поездки в Пограничную Джунгарию (Синьцзян). И естественно, занимался своими непосредственными обязанностями: административными и учебными делами факультета и кафедры, созданием учебных коллекций минералов, подготовкой литературы для студентов и т. д. Меж тем отношения Обручева с властью становились все более напряженными. Он протестовал против жестокого разгона казаками студенческих демонстраций, писал в газеты фельетоны, высмеивающие попечителя учебных заведений, добился для женщин права учебы в институте. И ему в итоге это припомнили. Летом 1911 г. из института был отчислен его старший сын Володя, а осенью того же года «попросили» и самого Владимира Афанасьевича.
После отставки Обручевы переехали в Москву. Сыновья поступили в московские вузы, но для главы семейства путь на университетскую кафедру был закрыт. Это, естественно, не означало, что в жизни ученого наступил период бездействия – он очень много работал, обрабатывал и систематизировал результаты экспедиций прошлых лет, когда появлялась возможность, проводил экспертизы золотоносных месторождений. И в это же время Владимира Афанасьевича все больше и больше захватывает «старое увлечение» – литературная деятельность.