Ливонского магистра беспокоили инструкции ревельского совета на предварительных переговорах в Руине. В них шла речь об отказе от духовной власти и о провозглашении магистра светским герцогом Лифляндским. Как следует из письма И. Ломюллера Хайдеку, в начале апреля 1526 г. он должен был отправиться в Венден по поручению Альбрехта для переговоров с Плетенбергом. В его более позднем письме говорится о запланированных тайных переговорах с рижским бургомистром и несколькими членами совета, участвовавшими в ландтаге.
Совет уже имел контакты с Альбрехтом, который, еще будучи верховным магистром, предлагал взять Ригу под свою защиту и покровительство. Однако на это совет ответил молчанием. Ливония пока не была готова последовать прусскому примеру. Всем хотелось, чтобы ничего не менялось и «цветущая Ливония» таковой бы и оставалась.
Говоря об ордене, стоит отметить две разнонаправленные тенденции. С одной стороны, среди гебитигеров были противники и евангелического учения, и секуляризации. Причина этого видится в несоответствии внутренней структуры организации принципам наследственного права. К тому же магистр подтвердил свою приверженность прежней вере. С другой стороны, многие среди рыцарей поддерживали происходящие изменения. Даже в окружении главы ордена были открыто исповедовавшие евангелическую веру: например, орденский канцлер (состоявший на службе, но являвшийся братом ордена) Лоренц фон Охтерн. Впоследствии, в период с 1530 по 1544 гг., он будет женат на дочери своего предшественника и получит ряд земель в лен от ландмайстера Германа фон Брюггенея.
Плетенберг оказался в затруднительном положении. С одной стороны, он доказал и папской курии, и императору свою приверженность католицизму, отказавшись от мысли последовать по стопам Альбрехта Бранденбург-Ансбахского. С другой, он не мог не наблюдать кризис «римской веры» и усиление позиций протестантизма. В особенности эти тенденции прослеживались в городах. Их идейным вдохновителем был уроженец Швабии Мельхиор Гофман, одной из центральных идей которого было скорое наступление Страшного суда. Но не менее, если не более важными были его мысли о возможности каждым человеком исполнять обязанности духовного лица, что автоматически ставило под угрозу существование церковных институтов. Это, безусловно, было достаточно опасное утверждение для церковных иерархов, и вполне логичным следствием стала высылка проповедника из города.
Поведение сторонников евангелической веры было вынесено для обсуждения на Вольмарский ландтаг. Согласно его рецессу, сословиям не дозволялось никаких нововведений до той поры, когда не будет созван всеобщий собор. Кроме того, регламентировалась процедура решения имущественных споров. Судя по всему, этот пункт был как раз последствием тех беспорядков, о которых речь шла выше. Магистр в этот раз поддержал архиепископа, в том числе и по вопросу мужских и женских католических монастырей, за которыми были сохранены их привилегии. Города этот рецесс не поддержали, что явствует из отсутствия их печатей на документе.
Лучше понять отношение Плетенберга к евангелической вере помогает анализ его контактов с протестантскими проповедниками, например с Тегетмаером. С одной стороны, последнему было разрешено проповедовать евангелическое учение, но с другой — магистр запретил ему служить литургию на немецком языке. Кроме того, Плетенберг просил передать проповеднику, чтобы он не способствовал распространению смуты. Скорее всего, эти увещевания были связаны с начавшимся крестьянским восстанием в Гарриене и Вирланде. Магистр был обеспокоен тем, что оно могло нарушить стабильность положения его вассалов, в чьей поддержке он нуждался. В пользу этого говорит тот факт, что он пошел навстречу рыцарству во время ландтага, однако за его рамками дав Тегетмаеру согласие на чтение проповедей, хотя и с некоторыми ограничениями.
Одновременно с урегулированием Дерптской распри и предложением Плетенбергу провести секуляризацию в 1526 г. в рижском совете начинает формироваться пропрусская партия. Ее наиболее активным представителем был рижский синдик Ломюллер. Рига развивает активные контакты с Вильгельмом Бранденбургским, братом прусского герцога и бывшего великого магистра Альбрехта Бранденбургского. Он претендовал на пост коадъютора при рижском архиепископе.
Магистр был осведомлен о планах Вильгельма и стремился им помешать. Это прослеживается в попытке Плетенберга обратиться в Рим с просьбой оставить за ним владение землями в том случае, если Вильгельм будет назначен коадъютором, чему он не мог воспрепятствовать, и не оставлять последнему никаких прав владения.