Чего хотела Россия получить в Ливонии? В этом плане очень интересен проект «Русской Ливонии», содержащийся в датско-русском договоре 1562 г. В эту территорию Иван IV желал включить «Гестонию» («Истлант»), которая делилась бы на «державу Феллинскую», «державу Каркускую», Пернов, «державу Иарвенскую», «Латышский язык» и «Ливский язык», а также часть Курляндии. По сути, царь претендовал на всю Ливонию, что делало его конфликт с польским, датским и шведским королями неизбежным.
Весной 1561 г. в Кракове и Вильно это обстоятельство окончательно осознали и было решено, пока не развязалась масштабная русско-литовская война, решить ливонскую проблему. 30 мая 1561 г. Сигизмунд обратился к ордену с требованием: Рига, Пернов и Виттенштейн должны отойти короне, и польский монарх получает право верховного командования над всеми подразделениями, сражающимися с русскими в Ливонии, неважно, на чьи деньги наняты их солдаты. Это фактически лишало орден собственной армии, которая, впрочем, и так была уже разбита. В Ливонии начались боевые столкновения уже русских и литовских войск: так, 31 августа 1561 г. М. Радзивиллом был взят Тарваст, который оборонял русский гарнизон.
Миколай Радзивилл в августе 1561 г. отправился в поездку по орденским замкам для переговоров об условиях их перехода под власть короля. 8 сентября в Риге он озвучил эти условия.
— Магистр и рижский архиепископ пожизненно сохраняют свой статус, считаясь вассалами польского короля, при этом последнему принадлежит власть высших решений по всем вопросам.
— Сигизмунд должен самостоятельно урегулировать вопрос о прежнем подчинении Ливонии Священной Римской империи.
— Ливония становится такой же составной частью государства Ягеллонов, как Польша, Литва, Пруссия, Мазовия и т. д.
— Управление ливонскими землями осуществляют местные, немецкие чиновники.
— Король не вмешивается в дела религии.
— Гарантируются все привилегии и права собственности городов и землевладельцев.
В сентябре-октябре Радзивилл провел тяжелые переговоры с Ригой, отказывающейся признавать эти условия. Но достичь договоренности с городом не удалось. 25 октября Сигизмунд велел представить новые условия инкорпорации. К ним добавилась гарантия по защите Ливонии от ее врагов, прежде всего русских.
21 ноября литовские дипломаты вынесли на обсуждение более детальный проект. По нему Ливония присоединялась в первую очередь к Литве, а ее отношения с Польшей должны быть оформлены специальным решением польского сейма. Касательно имперского сюзеренитета над орденом Сигизмунд должен в самом недалеком времени провести соответствующие переговоры с империей. Для Риги была принята нейтральная и ни к чему не обязывающая формулировка: она «пребывает среди владений польского короля».
Проект вызвал протесты ливонской делегации, главным образом из-за привилегированной позиции Риги. Но послам было сказано, что если они не примут условий Сигизмунда — «Литва не будет бороться за Ливонию». 28 ноября 1561 г. Второе Виленское соглашение зафиксировало раздел Ливонского ордена.[233] Все его владения официально переходили под юрисдикцию Короны. Последний магистр ордена Кетлер признал себя вассалом Сигизмунда II Августа и получил в ленное владение Курляндское и Земгальское герцогства. Архиепископ Вильгельм и коадъютор ордена были наделены небольшими землями для своего содержания, а их владения перешли к Сигизмунду.
К соглашению не примкнула Рига, объявившая себя независимой. В январе 1562 г. Радзивилл вел тяжелые переговоры о подчинении города польской короне, завершившиеся безрезультатно, несмотря на специально подготовленную королевскую привилегию рижанам. Тогда 3 марта 1562 г. Кетлер официально сложил свою власть с Риги, а 5 марта Радзивилл принял присягу магистра, архиепископа и ливонских сановников. Эта дата и считается днем гибели Ливонского ордена. Собственно Ливонская война с участием армии Ливонского ордена была закончена. Орден погиб.