Иван Четвёртый и Избранная Рада понимали, что необходимо было реформировать управление государством и реформировать армию, перевооружать её современным стрелковым и пушечным вооружением.
А это требовало огромных денег, а казна была почти пуста. Огляделись вокруг — у кого оказались в России деньги? Деньги оказались у «скромной» и «аскетичной» христианской церкви и её богатейших монахов в монастырях, которые оказались крупнейшими эксплуататорами, торговцами и ростовщиками. И, несмотря на то, что в ближайших советниках царя, в Избранной раде, были священник Сильвестр, митрополит Макарий, и сам Иван Грозный был глубоковерующим христианином, но деньги решили взять у церковников. И статьи Судебника уже предусматривали ликвидацию податных льгот монастырей, то есть монастыри должны были платить в казну все налоги.
Также запрещалось в результате ростовщичества и образовавшихся безнадёжных долгов закабалять дворян, превращать дворян в холопов, которые вынуждены были со своими семьями работать до конца жизни на монастыри. А возможность закабаления крестьян в холопов сохранялась. Хотя сохранялась свобода крестьян в виде свободного выбора места жительства в Юрьев день.
Это, конечно же, не могло понравиться церковникам, начались бурные обсуждения и возмущения.
К тому же церковники знали, что уже готовиться радикальный закон о конфискации огромных земельных владений у Церкви.
Закончилось это всё оригинально — наведением порядка среди церковников, в церковной жизни. В 1551 году Иван Грозный созвал церковный Собор, на котором предложил церковным иерархам ответить на сто вопросов о жизни Церкви, которые сформулировал сам царь, и во многих вопросах уже виднелись ответы самого царя. Озадачил.
Как видим, вопросов у Ивана Грозного к Церкви набралось немало. Поэтому этот церковный Собор назвали Стоглавым. Через некоторое время церковный Собор дал ответы, которые были помещены в книгу «Стоглав». Почти со всеми предложениями Ивана Грозного церковники согласились, кроме меркантильных, — дружно воспротивились конфискации земельных владений, то есть никак не желали следовать примеру Сергия Радонежского и Нила Сорского, не хотели скромной жизни, аскетизма, самопожертвования и жить своим трудом, упорно позиционировали себя как элитное правящее богатое сословие.
И чтобы царь им оставил владения и богатства, церковники пошли на существенные уступки — навели в своём царстве порядок: привели к единообразию церковные обряды, разработали внутренние правила поведения для самих себя, для духовенства, и даже(!) согласились признать местных русских святых общероссийскими, до этого в особом почитании были только иностранные святые, в основном византийские.
Иван Грозный согласился оставить Церкви «старые» владения, отобрал все земли, приобретенные Церковью в последние десятилетия «под шумок» в мутный период фактически боярского правления, и поставил под контроль новые сделки Церкви с землею, — впредь без «одобрямс» царя Церковь не смела приобретать земли — ни за долги, ни путём купли, ни путём дарения. Иван Грозный применил метод «между двух зол» — Церковь выбрала для себя меньшее зло.
К тому же налоги в стране были повышены в несколько раз. В казне появились деньги, и царь стал реорганизовывать армию — были сформированы стрелецкие полки, солдаты получили обмундирование нового образца, огнестрельное оружие, артиллерию и денежное жалование.
Вскоре в результате деятельности царя, Избранной рады и Боярской думы органы управления государством, царские чиновники были структурированы в Приказы — аналог наших министерств; Посольский приказ — министерство иностранных дел, Разбойный — министерство внутренних дел и т.д.
Тогдашнюю прокуратуру — Челобитный приказ возглавлял знаменитый Алексей Адашев, который докладывал еженедельно о всех жалобах и несправедливостях непосредственно Ивану Грозному.
Внутри страны отменялось кормление на должностях. Вместо ненавистных народом назначаемых кормленщиков были введены органы местного (земского) самоуправления, в которых избирали достойных людей из дворянства и их помощников — целовальников, названных так, ибо целовали крест во время клятвы служить честно и справедливо. Такая же система была введена среди городского (посадского) населения и государственных (черносошных) крестьян, которые выбирали себе старосту.