А когда скончался 7 января1598 года царь Фёдор Иванович и династия Рюриковичей прекратилась, то у Годунова появились реальные шансы стать царём, основать свою династию Годуновых. И с удвоенной силой стал расшвыривать подальше от Москвы неугодных ему людей: бояр Милославских, Шуйских, а затем вступил в борьбу с боярами Романовыми.
Борис умудрился митрополитом поставить своего человека — Иова, а затем сделал всё, чтобы усилить власть своего сторонника — всемерно способствовал введению в России патриаршества, и Иов стал Патриархом.
Захотелось Годунову и поэкспериментировать с уже закрепощённым крестьянством, вернее, угодить боярам — узаконил временные «заповедные лета», увековечив закрепощение; узаконил владельцу искать убежавшую собственность, — то есть усиливал рабство; увеличил налоговое бремя.
Бояре, наблюдая все старания Годунова и его грязные методы, поступили оригинально — боярские и княжеские роды решили упразднить вообще монархическую форму правления в России, а ввести коллективное правление — делегировать верховные властные полномочия Боярской думе, то есть Россия фактически превращалась в боярскую (парламентскую) республику. И боярское совещание потребовало у народа присягнуть Боярской думе.
Для народа это было довольно неожиданно и непривычно, вечевые и княжеские дохристианские времена были уже в далёком прошлом, а новые поколения при христианстве уже привыкли жить при монархах и не подозревали, что можно по-другому. В первой моей книге, надеюсь, было достаточно убедительно объяснено, с какой целью было введено на Руси христианство, поэтому неудивительно, что этому, казалось бы, симпатичному предложению формы правления воспротивился, кроме рвавшегося к абсолютной власти Бориса Годунова, Патриарх Иов, который собрал альтернативный Боярской думе Собор и выдвинул на престол Годунова. В России возникло двоевластие и запахло очередной гражданской войной, многие из которых мы рассматривали в первой книге — в первых столетиях второго тысячелетия. Ответ-выбор должен был дать народ. Причём в более тяжёлом положении оказался властолюбивый самовыдвиженец Годунов, для которого важна была легитимность — поддержка народа. За народ (лекторат) и пошла политтехнологическая борьба, в которой проворней, сообразительнее и хитрее оказались Годунов с Иовом.
Вероятнее всего, они вспомнили недавний эффективный трюк Ивана Грозного с отбытием в Александрову слободу — когда народ упрашивал его вернуться на престол, и он «уговорился» на новых условиях. На этот раз сценарий немного модернизировали — Борис Годунов, которого якобы уже не интересовал престол, якобы решил уединиться от светской суеты, от придворных интриг в Новодевичий монастырь, углубиться в раздумье в одиночестве. Следующий театральный ход был за патриархом Иовом — ему якобы понравился этот красивый и скромный ход Годунова, он вместе со священниками собрал побольше народа и двинулся ходом с иконами и хоругвями к монастырю упрашивать Годунова вступить в царствование Россией. Но Годунов якобы от такого лестного предложения скромно отказался — не готов, не по нему шапка Мономаха и т.п. Народу эта притворная скромность понравилась. И Иов организовал ещё большее шествие к монастырю на уговоры, и со второго раза Годунова «уговорили», он согласился.
И Иов в Успенском соборе в том же 1598 году поспешил «боговен- чать» Годунова царём России. Но не для всех оказался авторитетом шустрый патриарх Иов, — грамотные бояре, в отличие от народа, поняли «маневр» и отказались признавать решение Иова, признавать царём Годунова и ему присягать.
Начались долгие компромиссные переговоры, и только через два месяца часть бояр согласились присягнуть Годунову, и Годунова в очередной раз провозгласили царём.
Благодарный Иову Годунов вернул существенные налоговые льготы Церкви, отобранные Иваном Грозным, раздал чины дворянам, выплатил долги служивым людям, дал льготы купцам, в том числе и иностранным. Таким образом рядом с Москвой образовалась немецкая купеческая слобода Кукуй. Это — тот самый знаменитый Кукуй, в котором провёл свои молодые разгульные годы Петр Первый. Годунов был поклонником Западной Европы и даже разрешил построить в Кукуе протестантскую церковь.
Годунов довольно умело, талантливо и ровно руководил страной, но — сорвался. Подвело властолюбие и жажда мести. Годунов обнаружил рост популярности в народе богатого боярского рода Романовых, который ратовал ранее за правление Боярской думы и решил перестраховаться — Фёдора Никитича Романова постригли в монахи и под именем Филарета сослали в монастырь, а его двоих малолетних детей как заложников бросили в тюрьму.