Реформаторы во главе с Никоном и царём столкнулись не просто с «непониманием», но с упорным сопротивлением не только священников и монахов, но и прихожан, то есть народа. Сторонники старых порядков, оппозиционеры назвали себя староверами. Их решили легитимно сделать врагами.
«Великий Собор 1667 года поступил совершенно неправильно, объявив раскольников еретиками. Ведь их расхождение с новой церковью относилось не к догматам, а только к обрядам. Анафема на раскольников, провозглашенная так называемым «Великим Собором», только испортила всё дело», — писал в далёкой Аргентине исследователь истории наш эмигрант Борис Башилов.
Никон не поступал не только по основным заповедям Христа, но даже согласно поучениям Савла-Павла, который учил христианских священников: «Пасите Божие стадо. и не господствуя над наследием Божиим, но подавая пример стаду». Примеру Сергия Радонежского, Нила Сорского, Серафима Саровского не много священников и монахов следовало.
Произошёл раскол церкви народа. Поскольку царь и Никон были единомышленниками, и, кроме того, когда царь покидал Москву, то российское правительство оставлял под руководство доверенному Никону, — поэтому власть и сила у Никона была огромная. И Никон не стал церемониться с со своими многочисленными противниками и, отбросив всякие увещевания и убеждения, применил силу, насилие — непокорных сажали в тюрьмы, на цепь, били, пытали, ссылали в ссылки, вешали на виселицах и т.д. То есть — народ испытал на себе русскую христианскую православную инквизицию, и очередной раз в своей истории «истинную» христианскую любовь и христианское милосердие.
И неудивительным оказался мирный союз двух христианских «чистильщиков» — в 1685 году европейские иезуиты открыли в Москве иезуитскую школу и начали проповедовать среди иностранцев и русских католичество. Похоже, они обменивались «опытом».
Бывший единомышленник царя Алексея Романова и Никона протопоп Аввакум возмущался: «Огнём, да кнутом, да виселицей хотят веру утвердить! Которые апостолы научили так? Не знаю!
Мой Христос не приказал нашим Апостолам так учить, еже быть огнём, да кнутом, да виселицей в веру приводить». В 1681 г. приказом царя Фёдора самого Аввакума сожгли, а в следующем году отрубили голову Никите Пустосвяту. Монахи знаменитого Соловецкого монастыря 10 лет держали вооружённую оборону. Фактически опять началась гражданская война. Тысячи несогласных с Никоном русских людей — староверов опять побежали подальше от власти, от Москвы в Сибирь, лесную глушь и опять к казакам, у которых беглых набралось уже несколько армий.
И хотя царь Алексей Романов убрал Никона с поста Патриарха в 1658 году, но реформы-чистки и казни продолжал проводить и без Никона. А царь разругался с Никоном потому, что Никона понесло, вернее — вознесло, он «тихим сапом» пытался вознестись выше статуса царя. Вначале Никон пошел дорогою некоторых пап — потребовал от светской власти полного невмешательства в церковные и духовные дела, и вместе с этим хитрый Никон оставлял за собой и следующими патриархами право на свое активное вмешательство в светскую власть. И стал вмешиваться — стал критиковать правительство и царя за то, что они ограничивают Церковь в хозяйственной деятельности, в землепри- обретениях и т.п., то есть — в бизнесе. В ответ царь решил вступить на «территорию» Никона — ввести «министерство по делам Церкви» — Монастырский указ. Это ещё больше возмутило и разъярило Никона. И он публично проповедуя в Успенском соборе Московского Кремля стал рассуждать о главенстве и преимуществе власти Церкви над светской властью, священства над царством. То есть, грамотный Никон вспомнил старую логику христианского «святого» юриста Августина:
«Всякое государство, если оно не служит церкви, является ничтожной шайкой грабителей. Бог вложил в руки церкви меч духовный, а в руки императора — меч светский, который должен служить первому». Церковное государство в российском государстве выросло до такого уровня и набрало такой силы, что решило в очередной раз попытаться главенствовать. Закончилась эта попытка Никона увольнением с должности Патриарха царём, а вселенский собор 1666 года это решение Алексея Романова подтвердил, узаконил; и Церковь в России утихомирила свои амбиции «порулить». Но во главе с царём и новым Патриархом продолжала реформы и борьбу против упорных староверов.
Царские отряды ловили беглецов, устраивали засады и находили поселения в лесной глухомани. А староверы при обнаружении своих поселений — сжигали себя заживо в знак протеста. Сколько тысяч погибло таким образом людей — одному Богу известно. Милюков считал, что около 20 тысяч русских людей покончили свою жизнь самосожжением.