Директивой НКВД СССР от 28 марта 1942 г. № 129 об усилении борьбы с агентурой противника, действующей на нашей территории с поддельными документами, органам контрразведки было предписано организовать во фронтовой и прифронтовой полосе проверку и жесткий контроль документов у всех лиц, передвигающихся в одиночном порядке либо в составе небольших подразделений и команд, а также тщательную фильтрацию задержанных. При проверке документов особое внимание обращать на их подлинность, время выдачи, подписи и содержание документа, обязательно проверяя и сличая все имеющиеся у данного лица документы, практикуя краткий устный опрос. Все граждане мобилизационных возрастов, подозрительные женщины, пытавшиеся завязать знакомство с военнослужащими, а также подростки, обнаруженные в расположении воинских частей и не проживавшие в данном населенном пункте, подлежали задержанию до выяснения их личности и причин появления у линии фронта[4].
Органы военной контрразведки приняли меры по усилению контроля передвижения военнослужащих и гражданских лиц по проселочным дорогам, в обход населенных пунктов. На этих маршрутах выставлялись специальные посты, секреты, проверявшие документы у подозрительных лиц. Все вызывавшие сомнение задержанные также подлежали фильтрации. Большую роль в выявлении и розыске вражеской агентуры по-прежнему играла развернутая с первых месяцев войны заградительная служба. Она включала в себя контрольно-пропускные пункты и заградительные отряды войск НКВД по охране тыла действующей армии.
Принимаемые меры позволили повысить эффективность борьбы с вражеской агентурой как непосредственно в прифронтовой полосе, так и в глубоком советском тылу. За период с января по июль 1942 г. органами НКВД были в общей сложности арестованы 7755 агентов противника, а всего с начала войны – 11 765 человек. Большая часть была задержана в результате работы органов военной контрразведки и войск по охране тыла действующей армии. Органами НКВД СССР было выявлено к этому времени 36 школ германской военной разведки на временно оккупированной территории, в которых обучались одновременно до 1500 агентов-разведчиков и диверсантов, завербованных врагом главным образом из числа военнопленных командиров и бойцов Красной армии. Как правило, противник забрасывал в начальный период войны свою агентуру через линию фронта группами по 3–4 человека, реже – по 10–20 человек. С марта 1942 г. немецкая разведка начала практиковать также заброску агентуры самолетами.
Уже весной 1942 г. Управление особых отделов НКВД СССР, другие органы безопасности начали направлять на места ориентировки директивы о конкретных разведывательных подразделениях и школах противника, подготовленной в них агентуре, используемых легендах, документах прикрытия и т. п. Со временем в Управлении особых отделов НКВД (позднее ГУКР Смерш НКО) были сформированы литерные дела на конкретные разведслужбы, а работа по ним, включая накопление необходимой информации, стала носить системный характер.
Бывшие сотрудники разведорганов противника после окончания Второй мировой войны достаточно критично оценивали эффективность свой работы по заброске агентуры в советский тыл. Так, по оценке одного из бывших офицеров абвера, из 100 заброшенных агентов 60 не выполняли свое задание и просто исчезали, примерно 20 являлись с повинной в советские органы безопасности и лишь 20 человек стремились реально работать на немецкую разведку.
Особую актуальность и остроту проблема борьбы с вражескими агентами и диверсантами приобрела летом 1942 г. в условиях, когда советские войска вели ожесточенные оборонительные бои под Сталинградом и на Северном Кавказе. Согласно сообщению особого отдела НКВД Сталинградского фронта, только за август 1942 г. на фронте были арестованы 110 немецких агентов, в том числе на линии фронта – 97 человек. 11 арестованных агентов прошли обучение в Варшавской, Полтавской и Яблоньской (в районе г. Люблин, Польша) разведывательных школах абвера. В ходе следствия было установлено, что немецкая разведка в течение месяца направляла свою агентуру в тыл Красной армии главным образом с заданиями по совершению диверсий, сбору разведывательных данных на линии фронта и в прифронтовой полосе, а также склонению советских солдат к переходу на сторону немецких войск.
В период боев на Северном Кавказе органы военной контрразведки столкнулись с деятельностью специального разведывательно-диверсионного полка «Бранденбург-800». В начале битвы за Кавказ диверсантам этого полка удалось провести несколько успешных операций в тылу советских войск.