Противник также обратил повышенное внимание на национальные районы СССР, где им были запланированы мероприятия по провокации вооруженных выступлений в тылу. Немцами были осуществлены переброски вооруженных отрядов и групп в Калмыкию, Казахстан, на Северный Кавказ, в Крым, а для распространения идей так называемого Национально-трудового союза нового поколения (НТСНП) – в Орловскую и Брянскую области. Эти формирования были ликвидированы совместными контрразведывательными и чекистско-войсковыми операциями территориальной контрразведки органов НКГБ, ГУКР «Смерш» НКО СССР и НКВД СССР.
Имели также место попытки установления местонахождения лагерей военнопленных для организации массовых выступлений. Кроме того, агентура врага постоянно получала задания по организации убийств офицерского состава армии и чекистских органов.
Летом 1944 г., по результатам проверки состояния розыскной работы на фронтах и в военных округах, в Москве собралось совещание начальников вторых отделов и отделений по розыску. На нем было определено, что данные оперативные мероприятия являются прерогативой не только этих подразделений «Смерш», но и всех оперативных сотрудников военной контрразведки. Подготовленную осенью 1943 г. Инструкцию по организации розыска агентуры разведки противника следовало знать всему оперативному составу. При этом особое внимание армейских чекистов было обращено на составление и использование специальных алфавитных списков, фотоальбомов и сборников с указанием биографических данных и примет разыскиваемых вражеских агентов, ориентировок по разведывательным органам, а также на применение опыта смершевцев-розыскников. Для оказания практической помощи по розыску на фронты выезжали помощники-направленцы начальника ГУКР «Смерш» и другие ответственные работники главка, а руководящие сотрудники фронтовых и армейских аппаратов – в корпуса, дивизии, бригады и другие соединения.
В феврале 1944 г. В.С. Абакумов докладной запиской в ГКО рапортовал И.В. Сталину об издании «Сборника материалов об органах германской разведки, действующей на советско-германском фронте». Он предназначался в помощь контрразведчикам-розыскникам, а также для информирования командующих и членов военных советов фронтов, армий и военных округов. В апреле 1944 г. в органы «Смерш» был разослан аналогичный сборник об органах финской военной разведки.
Не меньшее внимание было уделено совершенствованию розыскных мероприятий в тылу Действующей армии. Широко практиковалось применение специальных розыскных групп с включением в них агентов-опознавателей, которые были ранее на службе в немецких спецорганах или в учреждениях оккупационного режима, но впоследствии добровольно заявили о себе советской контрразведке. Они знали в лицо вражеских шпионов, диверсантов, пособников и предателей, могли хорошо ориентироваться во враждебной среде и на оккупированной территории. Их использовали в ходе розыскных мероприятий в тылу советских войск, в прифронтовых населенных пунктах, на железнодорожных станциях, в поездах, в питательных пунктах, в местах дислокации запасных полков, среди скопления военнослужащих, прибывающих к линии фронта, а также среди местного населения.
С 1 октября 1943 г. по 1 мая 1944 г. советской контрразведкой были переброшены в тыл противника 345 зафронтовых агентов, в том числе 50 перевербованных германских разведчиков; вернулись после выполнения заданий – 102. Внедрились в разведорганы – 57, из них 31 вернулся (из указанных 102), остались выполнять задания «Смерш» – 26. В ходе операций было перевербовано 69 германских разведчиков, из них по паролю в советские органы госбезопасности явились 29, остальные остались в немецких разведшколах. По данным разведчиков, возвратившихся из тыла врага, было задержано 43 германских агента. Всего за указанный выше период было выявлено 620 официальных сотрудников и 1103 агента разведорганов. Из числа выявленных агентов арестованы органами «Смерш» 273.
За апрель 1943 – февраль 1944 г. зафронтовая агентура «Смерш», проникшая в немецкие части РОА и карательные отряды, организовала переход на советскую сторону через линию фронта и к партизанам 1202 участников этих формирований. Летом 1944 г., по представлению В.С. Абакумова, отмечая проявленное мужество и большие заслуги агентов «Смерш» в борьбе с немецкими разведорганами, Указом Президиума Верховного Совета СССР орденами и медалями были награждены 14 зафронтовых разведчиков и агентов-опознавателей.