К концу 1941 г. фронтовые органы военной контрразведки подвели первые итоги борьбы с вражеской агентурой и диверсантами с начала войны. Так, согласно спецсообщению особого отдела НКВД Ленинградского фронта от 16 декабря 1941 г. № 145636, направленному в адрес члена Военного совета Ленинградского фронта, секретаря ЦК ВКП(б) и Ленинградского обкома и горкома ВКП(б) А.А. Жданова, контрразведчиками фронта за этот период были «арестованы и репрессированы за шпионаж, диверсионную деятельность и других лазутчиков германской разведки 143 человека, из них: а) агентов германской разведки, завербованных до войны – 27 человек; б) резидентов германской разведки – 2 человека; в) агентов из числа быв. военнослужащих, находившихся в плену, – 84 человека; г) агентуры из жителей местностей, занятых противником, – 24 человека; д) агентов из жителей прифронтовой полосы – 6 человек».
Военные контрразведчики к этому времени установили, что основной «базой» германских разведорганов до начала войны являлись антисоветские зарубежные организации, в том числе ОУН, и специально подготовленные шпионские группы из числа лиц немецкой национальности. С началом боевых действий они составили костяк агентов, засылавшихся в советский тыл в составе групп с разведывательными заданиями. Так, в конце июля 1941 г. в Лужском укрепрайоне были задержаны два немецких агента: Я. Карафиат – студент Пражского медицинского института, и К. Шункару – украинец, румынский подданный. В ходе следствия было установлено, что группа агентов германский разведки, в которую входили арестованные, в красноармейской форме была переброшена за линию фронта с задачей пробраться в район Пулково, откуда по радио передавать сведения о передвижении частей Красной армии. Группа была снабжена радиопередатчиком, шифром и оружием.
С продвижением вражеских войск в глубь советской территории немецкая разведка перешла к упрощенным методам работы и стала активно использовать в качестве агентов попавших в плен военнослужащих частей Красной армии, изменников Родины, перешедших на сторону врага, «враждебный элемент» из населения местностей, временно занятых противником, а в некоторых случаях и подростков. Подобного рода агентура в начальный период войны получала поверхностную подготовку и собирала сведения преимущественно в интересах военного командования тактического уровня.
Аналогичная картина в целом складывалась и на западном направлении. В докладной записке особого отдела НКВД Западного фронта от 30 декабря 1941 г. № 70991‑сч командующему фронтом Г.К. Жукову и члену Военного совета фронта Н.А. Булганину были приведены данные о результатах работы особых отделов фронта за период с 22 июня по 28 декабря 1941 г. Всего были арестованы и разоблачены 505 агентов немецкой разведки, из них: завербованных до войны – 4, переброшенных через фронт из числа военнопленных – 380, жителей временно занятых противником районов – 76, жителей прифронтовой полосы – 43, внедренной в штабы войсковых соединений агентуры – 2. Особый отдел фронта сделал вывод о том, что немецкая разведка в условиях военной обстановки осуществляет массовую вербовку агентуры, особенно из числа военнопленных и добровольно перешедших на сторону врага. Особенно интересовало германскую разведку московское направление, куда забрасывалась основная масса завербованной агентуры.
Следует оговориться, что при оценке количественных показателей деятельности органов военной контрразведки в 1941–1942 гг. необходимо учитывать их относительную достоверность. В тяжелейших условиях первого периода войны, не владея в полной мере информацией о тактике противника, оперативные и следственные подразделения военной контрразведки и территориальных органов безопасности в ряде случаев допускали ошибки, которые трагически сказывались на судьбах конкретных людей. Среди руководства и оперативного состава порой складывалось искаженное либо преувеличенное представление о реальной направленности разведывательно-подрывной деятельности вражеских спецслужб.
После начала наступления под Москвой в конце 1941 – начале 1942 г. были приняты меры по упорядочению фильтрационной работы органов военной контрразведки. Особыми отделами НКВД на освобожденной частями Красной армии территории было обнаружено значительное количество бывших советских военнопленных и лиц, находившихся в окружении противника. По мнению Л.П. Берии, эту категорию лиц необходимо было тщательно проверять и выявлять среди них «изменников Родины, шпионов и дезертиров». Об этом 25 декабря 1941 г. он написал И.В. Сталину, предложив создать специальные лагеря НКВД.