27 декабря было принято постановление ГКО, которым Наркомат обороны обязывался создать сборно-пересыльные пункты (СПП) для помещения в них бывших военнослужащих Красной армии, находившихся в плену и окружении противника, обнаруживаемых в освобожденных местностях. В этот же день был отдан приказ наркома обороны И.В. Сталина № 0521 о формировании армейских СПП (один на армию) и фронтовых проверочно-фильтрационных пунктов (ФПФП), специальных лагерей для проверки военнослужащих, освободившихся из плена. Их число не было постоянным и колебалось в зависимости от обстановки на фронтах.
28 декабря 1941 г. появился приказ НКВД СССР, которым было поручено заместителям наркома внутренних дел СССР В.В. Чернышеву и И.А. Серову в трехдневный срок организовать специальные лагеря НКВД: Грязовецкий (Вологодская область), Южский (Ивановская область), Тамбовский (Тамбовская область), Новоаннинский (Сталинградская область). В последующем было создано еще шесть лагерей. В эти лагеря направлялись все военнослужащие, задержанные на освобожденной от противника территории для первичной проверки. В ходе фильтрации осуществлялся личный досмотр и бралось письменное объяснение об обстоятельствах пребывания в плену. Завершалась проверка во фронтовых фильтрационных лагерях и спецлагерях НКВД и сборно-пересыльных пунктах. На 29 января 1942 г. в спецлагерях НКВД содержались 32 147 бывших военнослужащих Красной армии и Военно-морского флота, ранее находившихся в плену и окружении противника. Спустя месяц, по состоянию на 23 февраля 1942 г., всего были освобождены из плена и собраны из находившихся в окружении лиц уже 128 132 человека.
В ходе наступления под Москвой в начале 1942 г. части Красной армии освободили ряд городов и районов, где в течение нескольких месяцев хозяйничали фашистские оккупанты. Первыми в освобожденные населенные пункты вместе с боевыми подразделениями вступали органы военной контрразведки. В отсутствие других правоохранительных органов и органов власти военные контрразведчики должны были принимать по горячим следам неотложные меры по задержанию агентуры спецслужб противника, немецко-фашистских пособников, выявлять и изымать оставленную немецкими разведорганами документацию. Таким образом, на период наступления наиболее актуальными задачами для органов военной контрразведки стали задержание на освобожденной территории лиц, активно сотрудничавших с оккупантами, а также борьба с разведывательной деятельностью спецслужб противника непосредственно на линии фронта и в прифронтовой полосе.
18 февраля 1942 г. НКВД СССР издал указание № 64 о задачах и порядке организации оперативно-чекистской работы на освобожденной от немецко-фашистских оккупантов территории СССР. В указании предписывалось немедленно с изгнанием оккупантов восстанавливать в освобожденных районах органы государственной безопасности. Для этого территориальным органам направлять в освобожденные города и районы заранее подготовленные оперативно-чекистские группы НКВД, которые развертывали свою работу по договоренности с особыми отделами НКВД.
Как органы военной контрразведки, так и территориальные органы НКВД начинали свою работу на освобожденной территории с арестов всех выявленных пособников оккупантов, оставленной фашистскими спецслужбами агентуры, диверсантов и террористов. Сотрудники органов военной контрразведки опрашивали местных жителей, заявителей в отношении лиц, оказывавших содействие оккупантам, тщательно изучали захваченные документы немецких учреждений. Особое внимание уделялось выявлению и постановке на учет личного состава немецких разведывательных, контрразведывательных, полицейских и административных органов, их агентуры, в том числе оставленной на освобожденной территории, изменников Родины, участников карательных отрядов, других предателей и пособников, участников созданных оккупантами националистических и различных антисоветских организаций. Перечисленные лица подлежали немедленному аресту.
Весьма внушительным был и перечень лиц, которые хотя и не арестовывались, но подлежали проверке и контролю со стороны органов безопасности. В условиях военного времени и особенно применительно к 1941–1942 гг. в него попали и некоторые категории жителей оккупированной территории, которые с позиций сегодняшнего дня не представляют опасности для государства. В частности, к ним относили владельцев жилых домой, в которых размещались учреждения оккупантов, членов и кандидатов в члены ВКП(б) и ВЛКСМ, прошедших регистрацию у немцев, содержателей притонов и домов терпимости, всех без исключения лиц, служивших в созданных немцами учреждениях и предприятиях и т. п. Подлежали взятию на учет бывшие троцкисты, правые, представители других бывших антисоветских партий, оказавшиеся на оккупированной территории.