Исключения делались для насильственно мобилизованных немцами, а также мелких служащих (истопников, уборщиц, рядовых канцелярских служащих). Последние арестовывались только при наличии конкретных материалов о совершении предательства. Для выявления оставленных немцами агентов, а также складов оружия и боеприпасов военные контрразведчики через местное население устанавливали лиц, которые не являлись жителями данной местности, организовывали тщательный осмотр всех подвальных, чердачных и складских помещений, разрушенных зданий.
Задачей первостепенной важности в начале 1942 г. продолжал оставаться розыск забрасываемой гитлеровскими спецслужбами агентуры в прифронтовую полосу и глубокий советский тыл. К этому времени стало ясно, что противник поставил обучение своей агентуры на поток и развернул на оккупированной территории многочисленные разведывательные органы и школы. По некоторым зарубежным оценкам, основанным на анализе архивных документов абвера, в период с 1942 по 1944 г. эта спецслужба постоянно имела за линией советского фронта 500–800 агентов. Только в группе армий «Центр» немецко-фашистской разведкой ежедневно забрасывалось в советский тыл 8—10 агентов.
20 февраля 1942 г. было издано указание НКВД СССР № 66 об усилении оперативно-чекистской работы по выявлению агентуры разведывательных органов воюющих с СССР стран, которое ориентировало органы безопасности на розыск забрасываемой в тыл обученной в разведывательных школах агентуры[3]. В последующие месяцы органами военной контрразведки были достигнуты при решении этой задачи определенные положительные результаты. Так, 6 апреля 1942 г. особым отделом Калининского фронта были арестованы агенты-радисты германской военной разведки Г.Ф. Фоменко и И.М. Дьяченко. У задержанных изъяли радиостанцию, два пистолета, два парашюта, поддельные документы, 4 тыс. рублей советскими дензнаками и запас продовольствия на 10 дней. Оба агента были одеты в форму военнослужащих Красной армии и снабжены соответствующими документами. На допросе Фоменко и Дьяченко показали, что они находились в лагере военнопленных, откуда были отобраны и направлены в разведывательную школу в г. Борисов, а после обучения заброшены в советский тыл для ведения разведки на коммуникациях войск Красной армии.
Отличительной особенностью начального периода войны являлась периодическая заброска агентуры в составе групп численностью до 15–20 человек. К примеру, 25 февраля 1942 г. в комендатуру станции Веженка, расположенную в 7 км от г. Белева (Западный фронт), прибыла группа бывших военнопленных в составе 10 человек. Командир группы лейтенант РККА Карнаух заявил, что военнослужащие являются членами заброшенной в советский тыл диверсионной группы, имеют при себе мины для совершения взрывов на железнодорожных путях и документы военнослужащих НКВД.
Особо следует подчеркнуть, что в указании НКВД СССР № 66 Управлению контрразведки и Управлению особых отделов НКВД было предписано организовать планомерное выявление и изучение дислокации, состава и методов работы разведывательных и контрразведывательных органов воюющих с СССР стран. Ставилась задача практиковать засылку надежной агентуры в тылы противника для подставы ее германским разведорганам с задачей выявления дислокации и личного состава этих органов, а также лиц, подготавливаемых противником к переброске на нашу территорию. Это исключительно важное и своевременное решение фактически ориентировало органы контрразведки на выявление агентуры противника уже на стадии ее подготовки. Развернувшаяся вслед за этим работа по проникновению во вражеские разведорганы и разведывательные школы была очень сложной по своему исполнению, но принесла с течением времени неплохие результаты и существенно повысила эффективность розыска вражеских агентов.
На протяжении первой половины 1942 г. органы военной контрразведки зачастую путем проб и ошибок продолжили вырабатывать оптимальную для военного времени систему организации своей оперативной работы. В условиях продолжавшихся ожесточенных боев на всех фронтах, отмобилизования новых частей и соединений, значительных потерь среди личного состава военной контрразведки и прихода им на смену сотрудников из территориальных и транспортных органов безопасности войсковых офицеров сделать это было не так просто. Неслучайно основные результаты по разоблачению и задержанию агентуры, диверсантов и террористов спецслужб противника были достигнуты в начальный период войны во многом в результате фильтрационной работы.