Деятельность особых отделов НКВД в годы войны по проверке и фильтрации военнослужащих, вышедших из окружения или бежавших из плена, является объектом критики многих современных исследователей истории советских органов государственной безопасности. Нельзя не согласиться, что для военнослужащих, зачастую с боями вышедших из окружения или бежавших из плена, было морально тяжело проходить проверку и подвергаться допросам со стороны работников особых отделов. Имели место и нарушения, в том числе грубый нажим на проверяемых. Однако нельзя не учитывать остроту переживаемого момента, а также реальную практику спецслужб противника по заброске своей агентуры в советский тыл под соответствующей легендой. К тому же сотрудники особых отделов подходили к организации проверки избирательно. Для военнослужащих, вышедших из окружения в составе подразделений, как правило, проверки не было, либо она была минимальной. Более серьезная работа велась в отношении лиц, вышедших из окружения или бежавших из плена в одиночку либо при сомнительных обстоятельствах.
По мере накопления опыта система мер по розыску агентуры противника органов военной контрразведки совершенствовалась, и уже к концу 1942 г. основные результаты стали приносить оперативно-разыскные, заградительные, чекистско-войсковые и другие оперативные мероприятия, а не фильтрационная работа.
Проверка и опрос военнослужащих, находившихся в плену или вышедших из окружения при сомнительных обстоятельствах, практиковались вплоть до окончания Великой Отечественной войны. Однако помимо фильтрационной работы военная контрразведка стала получать очень ценную информацию от своих агентов, внедренных в разведывательные органы и разведывательные школы противника, а также из других источников. Результаты зафронтовой работы активно использовались органами военной контрразведки для организации розыска агентов абвера, прошедших обучение в разведывательных и диверсионных школах и заброшенных в советский тыл. Ставшие известными особенности тактики заброски, экипировки агентов и диверсантов врага, признаки фиктивности документов доводились контрразведчиками до военного командования, личного состава, участвовавшего в несении комендантской и патрульно-постовой службы.
Военные контрразведчики установили, в частности, что вражеская разведка снабжает свою агентуру различными советскими и воинскими документами: паспортами, удостоверениями командного и начальствующего состава, красноармейскими книжками, командировочными удостоверениями, оперативными предписаниями и различными справками. Эти документы были частично захвачены разведкой в период наступления германской армии или отобраны у военнопленных и гражданского населения, изъяты у убитых и раненых бойцов, командиров и политработников либо сфабрикованы. К примеру, одна только абергруппа-107, дислоцировавшаяся на оккупированной советской территории в городах Бежице и Орле, в 1941–1943 гг. имела около 20 гербовых печатей штабов различных советских дивизий, до 40 печатей стрелковых полков, свыше 10 печатей эвакогоспиталей, 5–6 печатей армейских госпиталей, печати штаба Западного фронта, несколько печатей райкомов ВКП(б) и комсомола, гербовые печати горотдела и райотдела НКВД.
В феврале 1942 г. органами военной контрразведки был составлен сборник признаков подделки документов, использования противником экипировки и легенд прикрытия. Во многих частях были разработаны памятки-инструкции по правилам проверки документов.
В период наступательных действий органы военной контрразведки принимали все меры к тому, чтобы захватить официальных сотрудников, агентуру, обслуживающий персонал разведорганов противника, а также их документацию. Изучение трофейной документации, допросы сотрудников и обслуживающего персонала позволяли получить установочные данные на тех агентов, которые были ранее заброшены неприятелем в наш тыл. В ряде случаев ценную информацию удавалось получать и путем опроса населения прифронтовой полосы. Ориентировки о выявленных агентах регулярно рассылались во все органы безопасности для организации их розыска в масштабах страны.