Первые годы после завершения Смуты стали началом нового этапа в истории Разбойного приказа, ознаменовавшегося не только возобновлением деятельности этого учреждения, но и созданием новой редакции Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года.
Немаловажным событием стало назначение в 1621 году на пост судьи этого приказа героя Смуты, боярина кн. Д. М. Пожарского. К этому времени Пожарский уже был главой Ямского приказа и, таким образом, совмещал обе важные должности вплоть до 1628 г. До нас дошло немного сведений о его руководстве Ямским приказом: известен принятый Д. М. Пожарским и А. Подлесовым приговор 1620/21 года, возможно, он также имел отношение к двум царским указам 1627 г. о количестве ямских подвод.
Гораздо лучше мы можем представить себе его деятельность во главе Разбойного приказа. Благодаря докладам, сделанным кн. Д. М. Пожарским (что само по себе говорит о проявленной им инициативе) на заседаниях царя и Боярской думы, были приняты 4 законодательных акта, занесенных в Указную книгу приказа.
«Деятельность Пожарского в этом ведомстве (Разбойном приказе — А. В.) отразилась в народном сознании», — так писал историк Ю. М. Эскин, ссылаясь на одну из здравниц, произнесенных комарицким крестьянином в 1624 г., которая сохранилась в материалах «слова и дела»: «Дай господи <…> государь здоров был, а нынче де смиряет воров боярин князь Дмитрий Михайлович Пожарской». Все эти факты довольно красноречиво говорят о той оценке, которую русское общество дало административной деятельности Пожарского.
Известно, что Смута ослабила власть как центрального правительства, так и местных учреждений (впрочем, для последних — в меньшей степени), а равно и степень взаимодействия между ними. В это же время отмечался доставшийся от кризисной эпохи всплеск преступности. Местные органы власти не справлялись с ней, поэтому из Разбойного приказа в течение почти 20 лет после избрания Михаила Романова в помощь посылались сыщики.
Однако экстраординарные средства, становясь массовыми, по определению теряют свою эффективность. Это вынудило правительство принять меры по восстановлению эффективности губных изб.
В 20-х гг. XVII в. началось распространение института губных старост на большую территорию юга России (прежде всего, «польских городов»). Причиной тому могли стать челобитные местных жителей. Происходило усиление власти Разбойного приказа в регионе, ведь ведомство не располагало своими постоянными агентами, а пользовалось услугами сыщиков и воевод.
В это же время из Разбойного приказа направляются указные грамоты с целью восстановления финансирования губных органов и упрочнения их организационных основ.
Вторая четверть XVII в. стала временем проверки Разбойного приказа и губных органов на актуальность: периодически возникал вопрос о необходимости проведения преобразований. Возвращение к базовым нормам функционирования ведомства и его агентов, сложившимся до Смуты, было проблематичным из-за изменившихся жизненных реалий. Изменения в укладе русской жизни первой половины XVII в. привели и к расширению компетенций Разбойного приказа вскоре после составления Соборного уложения. Теперь в компетенцию учреждения попадали и бытовые убийства, ведовство и некоторые другие преступления. Это обусловило необходимость расширения законодательной базы, так как при составлении Соборного уложения использовался Литовский статут и Кормчая книга («градские законы греческих царей»), а последняя даже продолжила использоваться в приказе наряду с Уложением.
К середине XVII в. Разбойный приказ и находившиеся у него в подчинении губные избы вполне оправились после событий Смутного времени. Зримым символом восстановления стала XXII глава Соборного уложения, где содержалась не только максимально полная систематизация всего уголовного законодательства, но и новые еще более четкие организационные основы деятельности самого приказа и его агентов. Однако недостатком систематизации было то, что она по большей части была обращена к правовой реальности прошлого, в основе своей восходившей еще к середине XVI в. Столетие, разделяющее принятие Судебника 1550 г. и Соборного уложения 1649 г., принесло немало перемен в структуру местного и центрального управления. Пожалуй, наиболее значительным для исследования предложенной темы является факт смены института кормленщиков выборными представителями различных слоев общества, которых позднее потеснили воеводы. Таким образом, в середине XVII в. Разбойный приказ и губные старосты боролись с преступностью в сложных условиях, когда оба эти института, созданные в историческом контексте середины XVI в., были мало приспособлены к новым явлениям в системе государственного управления середины XVII в.