К Соборному уложению 1649 г. и Новоуказным статьям 1669 г. окончательно сформировалась триада основных преступлений, подведомственных Разбойному приказу, — разбой, татьба и убийство. Причем эти опасные правонарушения толковались законодателями довольно обширно. В частности, ряд преступлений (например, браконьерство в Соборном уложении и Новоуказных статьях) рассматривался как частный случай разбоя или татьбы. Что касается поджога, то он упоминается в данном памятнике косвенно, при этом сам факт борьбы Разбойного приказа с поджигателями не вызывает сомнения. Важным изменением, отразившимся в Соборном уложении, стало исчезновение из него расплывчатой категории ведомых лихих людей, что сделало юрисдикцию Разбойного приказа более ясной, изъяв из нее профессиональных преступников вообще.
Особо следует сказать о колдовстве, которое приблизительно в течение последнего десятилетия правления Алексея Михайловича преследовалось Разбойным приказом и его агентами. В наказе, выданном воеводе Городецка и Бежецкого верха в 1667 г., впервые среди тех, кто был подсуден Разбойному приказу, упоминаются ведуны. Актовый материал конца 1660 годов не оставляет сомнения в том, что Разбойный приказ целенаправленно взялся за дела, связанные с колдовством. В наказной памяти шуйским властям по грамоте из Разбойного приказа требовалось выяснить и сообщить в Москву о том, какие сведения о порче местных жителей имеются у посадского человека Никифора Степанова, предлагавшего сжечь колдуна Григория Трофимова. Интересные данные содержатся в двух грамотах, выданных в сентябре 1669 г. Первая была отправлена на Вологду о сыске угрожавших порчей людей, а вторая позволяет предположить, что приказ в этот период времени мог заниматься и сыском раскольников, на что указывает грамота на Балахну о сыске по «еретическому делу».
Власть Разбойного приказа в основном действовала на территории европейской части России, не распространяясь на Поволжье, Сибирь и ряд отдельных регионов. Кроме того, в компетенцию этого учреждения входило управление московскими большими тюрьмами и местами заключения в провинции.
В первом упоминании Разбойной избы содержалась информация о ее местоположении. 11 декабря 1552 г. литовский посол Ян Гайко был приглашен на аудиенцию у митрополита. Въехав в Кремль на коне, он спешился на Соборной площади «против Пречистые (т. е. Успенского собора) и Грановитые палаты», потом, пройдя между Успенским собором через церковь Ризоположения, он через Малые ворота вошел в Малую палату резиденции митрополита. После аудиенции он был приглашен митрополитом к столу, которого он с приставом дожидался «в Розбойной избе на площади». При этом неясно, о какой площади идет речь в данном случае — о Соборной или об Ивановской. В контексте документа безымянное название площади употребляется в самом начале как в отношении Соборной площади, так и в отношении места расположения Разбойной избы. Необходимо также учесть и тот факт, что, вероятно, изба, в которой литовский посол дожидался стола, должна была находиться где-то относительно неподалеку от митрополичьих палат.
В 1540–1550 гг. Ивановская площадь еще не была местом, где располагались почти все приказы. Очевидно, что ситуация изменилась к концу 1560-х — началу 1570-х гг., когда Штаден однозначно помещает основные приказы (в т. ч. и Разбойный) на Ивановской площади, которая легко идентифицируется благодаря упоминанию о соседнем с ней Архангельском соборе. Все эти факты в совокупности позволяют предположить, что, по крайней мере в начале 50-х гг. XVI в. Разбойная изба могла располагаться не на том же месте, где было ее местонахождение в конце столетия при Борисе Годунове и в XVII в.
В 1591 г. для приказов было построено новое каменное здание П-образной формы. Его можно видеть на первом подробном плане Московского кремля (т. н. Кремленаград), который принято датировать самым началом времени правления Бориса Годунова. На плане под цифрой 10 обозначено само каменное здание приказов, под цифрой 11 — каменная палата Посольского приказа, стоявшая неподалеку, а также под цифрой 7, как обозначено на примечании к плану — Rosbono pricaes, Tribunal aut Ius grassatorum («Разбойный приказ — трибунал или суд разбойников» — А. В.). Однако, скорее всего, по недосмотру составителя плана цифру 7 не успели нанести на план, так что о местонахождении приказа приходится судить исходя из более поздних источников. Причем сам факт вынесения Разбойного, как и Посольского, приказа в примечаниях к плану отдельной цифрой говорит нам о том, что они имели каждый отдельное свое собственное помещение.