В непосредственном подчинении у судей и дьяков находились подьячие, на которых ложилось основное бремя делопроизводственной работы. Для суда, контроля и управления многочисленными губными избами требовалось немало канцелярских служащих. Уже в 1620 гг., как отметила Н. Ф. Демидова, «только в трех приказах (Большого прихода, Новгородской четверти и Разбойном) имелось от 22 до 27 человек». Численно эти учреждения превосходил только Разряд, Поместный, Большого и Казенного дворца приказы. Во второй половине XVII в. общее количество подьячих колебалось между 30 и 50, приблизительно треть из которых составляли неверстанные, т. е. служившие без жалования подьячие.
В отличие от судей и дьяков, подьячие часто служили десятилетиями, а потому неудивительно, что они были подлинными знатоками делопроизводства и законодательства. Эти чиновники черпали знания не только из поступавших к ним донесений. Именно подьячие Разбойного приказа часто отправлялись вместе с сыщиками для борьбы с преступностью на местах, случалось, что кого-то из них командировали для проведения следственных действий, например, такое случалось в Московском уезде, а к концу XVII в. некоторое количество старых подьячих регулярно ездило по городам, собирая пошлины и недоимки и занимаясь судебными делами.
Низшее звено сотрудников Разбойного приказа составляли приставы, исполнявшие отдельные поручения и содержавшие под стражей подозреваемых и преступников, сторожа, охранявшие помещения приказа, и палачи, пытавшие и казнившие по приговору судей.
Значимым событием в деятельности Разбойного приказа стало составление Указной книги 1555–1556 гг., структурно состоящей из одного царского указа, двух приговоров царя и Боярской думы (большая часть одного из которых вошла также и в дополнительные статьи к Судебнику 1550 г.), образцового наказа медынским губным старостам и одной памяти о правеже долгов. Самые важные нормы этого памятника сводились к расширению губных округов до уровня уезда и оформлению статуса губных старост как агентов правительства по самому широкому кругу вопросов, в том числе выполняющих полицейские функции. Руководили этим процессом бояре кн. Д. И. Курлетев и И. М. Воронцов, видимо, возглавлявшие Разбойный приказ в 1552–1555 гг. В ноябре 1555 г. главой Разбойного приказа стал боярин кн. И. А. Булгаков, упоминающийся на том же посту и в 1558 г., а в 1557/58 году судьей приказа был боярин В. Д. Данилов, который либо сменил Булгакова на некоторое время, либо управлял уже после него.
Во время опричнины не было создано особых опричного и земского Разбойных приказов, но произошедшее в стране разделение коснулось и этого ведомства. В наказе белозерским губным старостам 1571 г. фигурирует новая норма, которая устанавливала, что если кого-либо из опричнины поймают в земщине на разбое, то земские губные старосты должны ехать в опричнину, чтобы там судить обвиняемого вместе с опричными губными старостами. Если же земского человека ловили в опричнине, то судить его надо было старостам вместе в земщине. Имущество, оставшееся после компенсации потерпевшим и казни виновного, также должно было поступать в ту часть государства, откуда был этот человек. При этом пошлины (два алтына с рубля), которые брали губные старосты от ведения дел, отсылались только дьякам Разбойного приказа.
В целом введение опричнины усложнило деятельность Разбойного приказа и его агентов на местах, так как на функционирование приказной системы накладывались еще и не всегда ясные взаимоотношения между двумя частями одного государства.
В это же время (1564–1570 гг.) в Разбойном приказе в чине дьяка служил Г. Ф. Шапкин. О нем сообщал в своих «Записках о Московии» Генрих Штаден, который, между прочим, уличал самого Шапкина и его коллег по приказу в том, что они корыстовались за счет невинно оговариваемых преступниками людей. Впрочем, из других источников нам известно, что подобным образом поступали и губные старосты с целовальниками. В конце 1560 гг. (но не позднее 1570 г.) в приказе служили дьяки М. Вислый и В. Я. Щелкалов, которые создали новую редакцию Указной книги Разбойного приказа. М. Вислый до того, как стать дьяком, в 1536–1549 гг. был городовым приказчиком, а в 1549–1552 гг. — губным старостой Кирилло-Белозерского монастыря. Он имел достаточный опыт службы в структурах местного управления и прекрасное представление о предмете своей работы.