Разбойный приказ должен был координировать деятельность губных учреждений. Вплоть до конца XVI в. губные старосты были обязаны самостоятельно решать все дела вплоть до вынесения и исполнения приговора. Впрочем, с конца 1540-х по середину 1550-х гг. им дозволялось в случае возникновения каких-либо сложностей отсылать все материалы в Разбойный приказ, чтобы там приняли решение. Но уже наказы 1555–1556 гг. снова требуют «списков в розбойных и татиных делех <…> на Москву к бояром к докладу не посылать <…>». К концу столетия (вероятно, к середине или концу 1590-х гг.) ситуация изменилась — теперь все приговоры выносились исключительно в Разбойном приказе. Обычно губной староста отсылал в Москву статейный («кто в какой статье сидит») список заключенных вместе с материалами их дел, а в приказе, рассмотрев документы, выносили приговор, который записывался против имени тюремного сидельца или в его деле.
В 1601–1603 гг. грозным предвестником событий Смутного времени в России были неурожаи, наступившие из-за климатических аномалий. Охвативший страну великий голод среди прочего привел и к небывалому росту преступности. Для борьбы с разбойниками правительство снарядило вооруженные экспедиции дворян-сыщиков в Тулу, Владимир, Волок Ламский, Вязьму, Можайск, Медынь, Ржев, Коломну, Рязань, Пронск. Столичные эмиссары прибегали к самым жестоким мерам. Так, в инструкциях, данных бельскому сыщику, от него требовалось «пытати [разбойников] крепкими пытками и огнем жечь», а самым «пущим» преступникам разрешалось ломать ноги.
Кульминацией борьбы с разбойниками стала расправа с многочисленной и сильной бандой Хлопка Косолапа, действовавшей неподалеку от Москвы. В сентябре 1603 года царские войска под руководством воеводы Ивана Федоровича Басманова разогнали преступников и взяли в плен самого Хлопка. Однако победа далась большой ценой: правительственный отряд попал в засаду, устроенную разбойниками, и понес большие потери. В бою среди прочих погиб и воевода.
Мы располагаем крайне ограниченным количеством источников по истории Разбойного приказа в Смутное время. При этом можно с уверенностью говорить, что для него события начала XVII в. были довольно тяжелым испытанием. Нормальное функционирование Разбойного приказа зависело от того, насколько хороша была его связь с губными старостами на местах. Естественно, что во время ожесточенной гражданской войны едва ли было возможно оперативно отправлять необходимую документацию и надеяться на получение ответа из приказа. На практике это привело к тому, что губным старостам приходилось решать дела без резолюции московских дьяков, сталкиваясь с еще большими трудностями в борьбе против усилившейся преступности, обостряемой политической нестабильностью.
Мы располагаем двумя упоминаниями о Разбойном приказе в Смутное время. Во-первых, известно, что в июне 1606 г. его возглавляли боярин Иван Никитич Романов и дьяк Третьяк Григорьевич Корсаков. Во-вторых, в конце июля 1608 г. с польским отрядом, в который входили Марина Мнишек, ее отец и польские послы, был отправлен к западной границе дьяк Разбойного приказа Д. Раковский, служивший в нем как минимум с 1604 г. Это последнее известное нам упоминание о данном учреждении вплоть до 1613 г. После свержения Василия Шуйского Разбойный приказ, вероятно, либо совсем перестал функционировать, либо его существование носило эфемерный характер. В условиях, когда Москва почти постоянно подвергалась атакам ополчений, поддерживаемых многими уездами, и большая часть страны не подчинялась столичным властям, а некоторые регионы признали новых самозванцев, контроль Разбойного приказа над губными учреждениями на местах был практически невозможен.
Первое народное ополчение 30 июня 1611 г. приняло приговор, в котором определялись его организационные основы. В числе прочего руководителями ополчения было решено воссоздать Разбойный и Земский приказы «как преж сего на Москве было» для борьбы с воровством, разбоями, убийствами «на Москве в полках и под Москвою, и по городам, и в волостех или по дорогам». Неизвестно, действительно ли Разбойный приказ занял свое место в административной структуре Первого ополчения, но раз ополчение стремилось взять всю власть в свои руки, то оно должно было установить контакт с губными старостами. По-видимому, подобным образом действовало и Второе ополчение. Нет точных данных, существовал ли в его составе Разбойный приказ, но, несомненно, дьяки из ополчения хотя бы отчасти выполняли его функции. Например, в Шую, последовательно поддерживавшую Нижегородское ополчение, в 1611/12 году прибыл только что назначенный губной староста Посник Калачов. Традиционно назначение губных старост было одной из прерогатив именно Разбойного приказа.