Губные власти в Новгороде попали в распоряжение шведского оккупационного правительства, о чем свидетельствует челобитная губных старост Шелонской пятины, поданная в декабре 1612 г., в которой они просили дать конкретные указания по вопросам организации губного дела, не прописанным в полученном ими наказе.
Из этих и других фактов можно сделать очевидный вывод, что в эпоху Смуты Разбойный приказ пребывал в состоянии кризиса, так как его связь с агентами на местах была чрезвычайно зыбкой. Вообще, на территориях, где московское правительство не имело власти, функции Разбойного приказа брали на себя те, кто контролировал эти территории. Однако нам неизвестно о создании альтернативного Разбойному приказу учреждения ни у одной из сил, противостоявших центру.
Практически сразу после освобождения Москвы от польского гарнизона началось восстановление системы приказов Московского государства. Документы старого приказного делопроизводства находились в крайнем беспорядке, а не собрав и не систематизировав их вновь, запустить работу центральных государственных учреждений было едва ли возможно. Составители Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года едва ли смогли бы кодифицировать законодательные новеллы со времени Ивана IV в единый памятник, если бы из Разрядного приказа им не прислали тетради с необходимыми указами.
В то же время вскоре после освобождения столицы Вторым ополчением создается особое ведомство во главе с кн. Федором Волконским, под руководством которого находились дьяки Пешек Жуков и Яков Демидов, а также большое количество подьячих, обеспечивавших громадное делопроизводство. Это учреждение экстраординарного характера, действовавшее в конце 1612 — начале 1613 г., то есть еще до избрания Михаила Романова на царство, разбирало «многие дела судные, и разбойные и татиные, и холопьи, и всякие земьские дела» и сосредоточило в своих руках огромную власть, выполняя функции судебных приказов и функции Разбойного приказа в том числе.
Довольно остро после Смуты, особенно в 1613–1618 гг., в Разбойном приказе стоял кадровый вопрос. Почти все дьяки служили здесь лишь около года. Большое значение для деятельности учреждения в этот период имела работа дьяка Т. Г. Корсакова, начавшего свою службу еще с середины 1590-х гг., и подьячего Н. В. Постникова над составлением новой редакции Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года. Она предназначалась для собственного пользования в приказе, а не для распространения среди губных старост и других агентов. Редакторы скомпоновали Указную книгу как черновой материал для дальнейшей законодательной работы. Несмотря на такой ее неофициальный характер, Указная книга получила распространение на местах уже с начала 1620-х гг. Это свидетельствует о том, насколько сильно приказные люди в провинции нуждались в подобном кодексе.
Осенью 1617 г. с походом на Москву выступил королевич Владислав, добиваясь обещанного ему в 1610 г. престола. В очередной раз сумятица военного времени была на руку ворам и разбойникам, да так, что зачастую население не могло понять, с кем оно имело дело: с литовцами, черкасами, русскими предателями или с обыкновенными преступниками.
Уже после заключения Деулинского перемирия в декабре 1618 г. воеводы, губные старосты и приказные люди многократно писали в Разбойный и другие приказы о том, что истцы требуют приставов, чтобы изъять поличное у тех, кто ограбил их во время войны, но дать приставов без указа из Москвы местные власти не решались. В результате 10 июля 1619 г. был вынесен приговор Боярской думы, запретивший расследование краж и разбоев, совершенных во время похода Владислава в 1617–1618 гг., «потому что война была о ту пору, а не розбой». Гарантировалась и неприкосновенность имущества, взятого во время боевых действий или найденного где-либо на дороге, но лишь в том случае, если оно было записано в специальные книги на местах. Если же подобная запись отсутствовала, то имущество отписывали на государя, однако и тогда ответчик не преследовался по закону.
Амнистия, провозглашенная на собрании московских бояр, стала своеобразным послесловием к заключительному этапу Смуты, завершившемуся принятием Деулинского перемирия в декабре 1618 г. Что же до выработанных на исходе Смуты методов восстановления деятельности Разбойного приказа и его агентов на местах, то они активно использовались и позднее во время царствования Михаила Федоровича, а со временем даже стали частью административной рутины, получив дальнейшее развитие во второй половине XVII в.