Действие романа разворачивается в самых разнообразных точках географического и временного пространства: родовом имении героев, волжских городах Симбирске и Алатыре, в «двух столицах» — Петербурге и Москве, и даже за границей — в Италии, Швейцарии, Финляндии. Читатель получает возможность увидеть молодого Ленина, оказаться на тайной встрече подпольщиков с Надеждой Крупской и даже посетить жилище Максима Горького на Капри! Но автор не ограничивается современностью: пространство романа распахнуто в прошлое и будущее. Взгляд писателя проникает сквозь века и переносит читателя во времена татаро-монгольского нашествия, правления Ивана Грозного и Бориса Годунова, Екатерины II и Александра III, когда, по мнению Чирикова, закладывались основы национального характера.
В поисках универсальной формы, которая смогла бы наиболее полно и точно передать замысел, Чириков включил в «Отчий дом» отрывки из своих прежних публицистических статей и очерков, фрагменты мемуаров, значительный этнографический и исторический материал. В сюжетных перипетиях, системе образов и поэтике «Отчего дома» нельзя не заметить отсылок к предшествующим произведениям Чирикова. То есть писатель действительно предъявил итог всего созданного и продуманного им ранее. Так, образ Григория — дворянина, вернувшегося из ссылки женатым на простой крестьянке, в эпопею Чирикова «проник» из его пьесы «Дом Кочергиных» (1910), в основу которой была положена борьба вокруг наследства, но в пьесе этот конфликт имел еще чисто бытовой характер — о принятии в «наследство» России речи еще не шло. Какие-то линии эпопеи восходят, как уже упоминалось, к автобиографической тетралогии «Жизнь Тарханова». В частности, семейство, где отец был толстовцем, а сын — народовольцем, мечтающим совершить террористический акт, Чириков запечатлел во второй части тетралогии, нарисовав, как в одном жизненном пространстве вынуждены были существовать народники, народовольцы, толстовцы, постепеновцы и к чему это приводило. Тогда же он попытался вглядеться в «Ноев ковчег», который представляла собой русская жизнь на рубеже веков с ее сумятицей, противоречиями во взглядах, партийных программах, дебатами по поводу перспектив устроения жизни. В «Отчем доме» этот «Ноев ковчег» обернется уже, как определит взаимоотношения своих наследников Анна Михайловна Кудышева, подлинным «зверинцем».
Но особенно бросается в глаза сходство «Отчего дома» с романом «Семья», который в некотором роде можно проинтерпретировать как вариацию библейской легенды о возвращении блудного сына. Иными словами, разочарование Тарханова в избранном поприще (писательский труд), отход от общественной деятельности, осознание вечных семейных ценностей как определяющих бытие личности и является обретением заблудшей душой «Дома Отца Моего». Поэтому и возникает в последней части тетралогии перенос акцента с линии Тарханова на жизнь его детей: именно их, а не свои книги и идеи оставляет он после себя. А «Отчий дом», соответственно, стал своеобразным «перевертышем» этой мифологемы.
Блудные дети собираются под отчим кровом, но это не только не приносит счастья и успокоения, а, напротив, приводит к полному уничтожению родительского гнезда. И первым сигналом грядущего разрушения общего дома становится «отселение» младшего из сыновей — толстовца Григория, который начинает под влиянием жены устраивать в своем жилище хлыстовские сборища, а потом и вовсе исчезает, находя успокоение в монашеской обители. Средний — Дмитрий — террорист, приводит в свой дом жандармов и, чтобы не попасть им в руки, кончает с собой. Это, в свою очередь, становится причиной безумия его матери, смерть которой символизирует конец «отчего дома». Остающийся же жить «в родных палестинах», приспособившийся к обстоятельствам старший, Павел Николаевич, уже ничего общего не имеет с корнями: это льстивый политик, готовый раболепно служить новым идеям, сулящим выгоду. Его мечта — не сохранение Общего дома (России), а кресло депутата Государственной думы. Имение же, по сути, переходит в руки человека «со стороны» — то ли жены, то ли вдовы Григория, распутной Ларисы.