Торжественное открытие I Государственной думы состоялось 27 апреля 1906 г. Ужиться с ней самодержавие, однако, не смогло. Попытки кадетов убедить правящие круги пойти на превращение Российской империи в «обычную» конституционную монархию, в частности, сделать министров ответственными перед Государственной думой, успехом не увенчались. Расценив действия депутатов как посягательство на прерогативы короны, правительство Горемыкина вступило в конфронтацию с Государственной думой. Последняя, в свою очередь, не была настроена на сотрудничество с властью. Многие депутаты видели в Думе чуть ли не Учредительное собрание. Некоторые представители придворно-бюрократических сфер выступали, впрочем, за соглашение с кадетами. Влиятельнейший неофициальный советник Николая II дворцовый комендант Д. Ф. Трепов высказывался даже за формирование кадетского правительства и вел на этот счет переговоры с П. Н. Милюковым. Некоторые сановники считали целесообразным создание коалиционного (полукадетского, полубюрократического) кабинета. Вокруг всех этих планов в июне 1906 г. разыгрывались хитроумные политические интриги.
Важнейшее место в ряду проблем, обсуждавшихся I Государственной думой, занимал аграрный вопрос. Кадеты подготовили так называемый законопроект 42-х, составленный в соответствии с их аграрной программой. За постепенную национализацию земли и введение уравнительно-трудового землепользования ратовали трудовики (законопроект 104-х). Законопроект 33-х, правда, отвергнутый Думой без обсуждения, предусматривал немедленное и полное уничтожение частной собственности на землю. В целом характер аграрных прений в Думе вызывал недовольство правящих кругов.
В конечном счете после долгих колебаний в верхах возобладала точка зрения сторонников разгона Думы. В начале июля 1906 г. I Государственная дума была распущена. Часть депутатов, переехав в Выборг, обратилась к народу с Манифестом, который призывал население ответить на роспуск Думы отказом платить налоги, давать новобранцев на службу в армию. Роспуск I Государственной думы прошел сравнительно спокойно. Одновременно в отставку ушел и И. Л. Горемыкин. Новым главой правительства Николай II назначил П. А. Столыпина, занимавшего с апреля 1906 г. пост министра внутренних дел.
Столыпин в отличие от своего предшественника, бесспорно, обладал качествами крупного государственного деятеля. Он понимал необходимость проведения серьезных реформ, призванных ввести развитие страны в нормальную колею. Широкая программа соответствующих преобразований была изложена им уже в августе 1906 г. в правительственной декларации, сопровождавшей закон о введении военно-полевых судов.
Революционное движение в стране между тем продолжалось, хотя в целом по масштабам и не достигало уровня 1905 г. Летом 1906 г. вспыхнуло военное восстание в Кронштадте и Свеаборге. В сельских местностях Урала, Прибалтики, Польши, Кавказа шла настоящая партизанская война Широкого размаха достиг эсеровский террор. В августе 1906 г. эсеры-максималисты (Союз социалистов-революционеров — максималистов; объединял наиболее экстремистски настроенных членов партии) устроили взрыв на даче Столыпина на Аптекарском острове в Петербурге. В результате были убиты 32 и ранены 22 человека. Эсеры, социал-демократы и анархисты активно «экспроприировали» денежные средства, бывшие собственностью государства и частных лиц. При этом среди боевиков, принадлежавших к левым (равно как и к правым) организациям, было немало чисто уголовных элементов, использовавших те или иные политические лозунги для придания своей «деятельности» идейной окраски или просто «ловивших рыбу в мутной воде». В этих условиях 19 августа 1906 г. Николай II утвердил закон о военно-полевых судах, которым отныне могли предаваться те или иные лица в случае, если «учинение преступного деяния является настолько очевидным, что нет надобности в его расследовании». В 1906–1907 гг. по приговорам военно-полевых судов были казнены 1102 человека.
20 февраля 1907 г. начала свою работу II Государственная дума. По своему составу она была в целом левее первой. Кадеты, чья деятельность в I Думе разочаровала широкие слои населения, потерпели на выборах тяжелое поражение, потеряв 80 мандатов. Значительно усилились правый и левый фланги. Довольно большую фракцию (65 человек) образовали социал-демократы, отказавшиеся от бойкота, 37 мест завоевали эсеры, 104 — трудовики. Правые партии и октябристы получили 54 мандата. В центре внимания II Думы, как и ее предшественницы, находился аграрный вопрос. Кадеты продолжали выступать за отчуждение части помещичьей земли и передачу ее крестьянам за выкуп. Крестьянские депутаты настаивали на национализации земли. В конечном счете со II Думой правительство ужиться также не смогло. 1 июня 1907 г. Столыпин предъявил социал-демократической фракции обвинение в подготовке военного заговора. 3 июня 1907 г. II Государственная дума была распущена Одновременно появился новый избирательный закон, резко перераспределявший голоса избирателей в пользу помещиков и крупной буржуазии. Третьеиюньский государственный переворот (новое Положение о выборах в Думу в нарушение Основных законов было утверждено царем без санкции Думы и Государственного совета) означал поражение революции 1905–1907 гг.