Новая аграрная политика создавала почву и для острых социальных конфликтов. Общинные традиции оказались весьма живучими. В целом по Европейской России лишь 26,6 % выделившихся из общины получили согласие сельского схода, тогда как остальные пошли на укрепление земли в собственность против воли односельчан. Ситуация в отдельных губерниях, однако, могла существенно отличаться от общероссийской. Выход из общины, во всяком случае, часто сопровождался столкновениями выделяющихся с крестьянами-общинниками, последних — с властями, которые столь же интенсивно стремились покончить с общиной, как прежде пытались ее законсервировать. Реформа не ликвидировала и застарелого антагонизма между крестьянами и помещиками, порожденного не только экономическими факторами, но и привилегированным положением дворянства, чуждостью его образа жизни всему деревенскому быту, который не мог сколько-нибудь ощутимо измениться за сравнительно непродолжительный период проведения новой аграрной политики.
Борьба в верхах вокруг столыпинской программы реформ (1907–1911).Столыпинский «пакет реформ» не исчерпывался планами модернизации российской деревни. Преобразование аграрного строя, осуществлявшееся в ходе наступления на общину, требовало реорганизации системы местного самоуправления, с тем чтобы дать крестьянам-собственникам больше мест в земствах, где абсолютно доминировало дворянство. Этой цели служил проект земской реформы, подготовленный Министерством внутренних дел и предусматривавший, помимо прочего, некоторое ослабление жесткого бюрократического контроля над земствами. Проект реформы местного суда восстанавливал институт мировых судей, введенный в 1864 г. и ликвидированный в эпоху контрреформ. Этот акт был призван несколько усовершенствовать систему местной юстиции, носившую архаичный, сословный характер и обрекавшую крестьян на юридическое бесправие. Впрочем, уже в 1906 г. указом 5 октября ликвидировались некоторые правоограничения, существовавшие для сельского населения (паспортные, в поступлении на гражданскую службу и т. п.). Важное место в своей программе П. А. Столыпин отводил и вероисповедному вопросу. В его «пакет» входил ряд законопроектов, призванных облегчить положение старообрядцев и насильственно обращенных в православие униатов. Отмена дискриминационных ограничений, установленных для инославных церквей (т. е. христианских, но не православных), разрешение перехода из православия в другие христианские веры, облегчение смешанных браков — все это должно было смягчить остроту религиозной борьбы и — реализуя, в известной мере, принцип свободы совести — придать более правовой, современный характер государственному строю России. Составными частями столыпинской программы являлись также проекты преобразования местной администрации, предусматривавшие укрепление губернского и уездного звеньев бюрократического механизма, проект введения всеобщего начального обучения. Наконец, намечались реформы в области рабочего законодательства (введение страхования рабочих и др.).
Все эти проекты готовились еще до прихода Столыпина к власти, и он застал их на разной стадии разработки. Однако собранные в единый «пакет» вместе с актами, реализовавшими новую аграрную политику, они стали составными частями целостной программы, направленной на модернизацию страны, на предотвращение нового революционного взрыва.